明朝成化年间，江南应天府有个叫柳青的书生，生得眉目清秀，性情温良，只是家道中落，父母双亡，独自住在城南一座旧宅里。这柳青虽饱读诗书，却屡试不第，年过二十仍是个白衣秀才。这日正值清明，柳青备了香烛纸马，往父母坟前祭扫。归来时天色已晚，行至城西桃花巷，忽见一户人家门前围着许多人，内中传出啼哭之声。柳青本是个热心肠的，便驻足询问。邻人告诉他，这户姓周的人家，主人周老丈前日病故，留下个十六岁的女儿玉娘，今日债主上门，说周老丈生前欠下百两银子，要拿玉娘抵债。
柳青拨开人群进去，只见一个瘦弱女子跪在灵前，哭得梨花带雨，旁边几个凶神恶煞的汉子正要拉扯。柳青心中不忍，上前拱手道：“诸位且慢，欠债还钱天经地义，何苦为难一个孤女。”那为首的债主冷笑道：“你是什么人？既要充好人，便替她还了这百两银子。”柳青摸摸怀中，只有三五两散碎银子，一时语塞。正为难时，忽想起祖传的一块玉佩尚值些钱，便咬牙道：“诸位随我回家取钱便是。”
当下柳青领着债主回到家中，取出玉佩。这玉佩是柳家祖传之物，通体碧绿，雕着双龙戏珠，少说也值二百两银子。债主见了，眼睛发亮，正要伸手去接，忽听门外有人道：“且慢！”只见一个青衫老者飘然而入，取出一锭金子放在桌上，“这百两债我替他还了，玉佩还请收好。”债主见了金子，欢天喜地地去了。柳青忙向老者施礼：“多谢老丈相助，不知高姓大名？”老者笑道：“老夫姓白，单名一个云字。适才路过，见公子义举，甚是敬佩。”二人叙话间，柳青方知白云是游历四方的隐士，当下煮茶相待，谈至深夜。
次日清晨，柳青醒来，见桌上留书一封，白云已飘然而去。信中写道：“公子心地仁厚，他日必有大成。今赠《青囊经》一部，好生研习，可济世救人。”柳青翻开经书，见是医家典籍，内载诸多疑难杂症治法。自此柳青白日读书，夜间研习医理，不觉半年过去。
这年夏天，城中突发时疫，患者上吐下泻，不过三两日便虚脱而死。官府张榜求医，应者寥寥。柳青想起《青囊经》中恰有治疫良方，便揭了榜文，按方配药，在城中设棚施诊。不出半月，疫情渐止。知府大喜，欲保举他做官，柳青婉拒，只求将祖宅修葺一番。自此柳青医名远播，每日求医者络绎不绝。
一日，柳青正在诊病，忽见周家玉娘携着个老嬷嬷前来。原来玉娘自父亲去世后，寄居在姑母家中，如今姑母病重，特来求医。柳青随玉娘前往，见病人已昏迷不醒，诊脉后道：“此是中风之症，尚可救治。”取出金针，在病人头顶、手足几处穴位施针。不过半个时辰，病人悠悠转醒。玉娘感激不尽，取出绣帕一方相赠。柳青见帕上绣着并蒂莲花，针脚细密，知是玉娘亲手所绣，心中感动。
此后玉娘常来请教医理，柳青也时常规劝她好生度日。二人渐生情愫，只是未曾说破。却说城中有个富商赵员外，年过五旬，妻妾成群，这日在街市偶见玉娘，惊为天人，立即遣媒人来提亲。玉娘姑母贪图财礼，满口应承。玉娘闻讯，连夜来找柳青，哭诉道：“那赵员外最是狠毒，前年娶了城西李家的女儿，不过半年就把人折磨死了。我宁死也不从他！”柳青沉吟良久，道：“既如此，我有一计。”附耳低语一番。
三日后，赵家来迎亲，却见周家门窗紧闭，玉娘已不知去向。原来柳青将玉娘扮作药童，藏在自家药铺之中。赵员外大怒，告到官府，说柳青拐带民女。知府素知柳青为人，又感他治疫之功，便道：“无凭无据，岂可诬赖良医？”将赵员外斥退。
柳青恐赵员外报复，正思对策，忽接京城来信，原是白云先生邀他入京。柳青遂带着玉娘北上。到了京城，见白云住在一条僻静胡同里，宅院虽不大，却清雅异常。白云见柳青携玉娘同来，抚掌笑道：“好事成双，老夫便做个媒人如何？”择吉日为二人完婚。婚后，白云引柳青结识太医院院使，柳青以医术精湛，被破格录入太医院。
却说当朝宰相严嵩，权倾朝野，其子世蕃更是横行无忌。这日严世蕃得了个怪病，浑身奇痒，抓破处流黄水，太医院无人能治。有人举荐柳青，严嵩便召他入府。柳青诊脉后，道：“公子此病，是湿热内蕴，兼有外毒。”开方后，又取出金针施治。三日後，严世蕃病愈，严嵩大喜，欲留柳青在府中为专用医师。柳青婉拒道：“在下志在济世，不敢专侍一家。”严嵩不悦，却也不好强留。
谁知半年后，严世蕃旧病复发，较前更重。严嵩再召柳青，柳青诊脉后暗自吃惊：这病状与先前大不相同，似是中了奇毒。施针用药，皆不见效。严嵩疑心柳青先前未尽全力，大怒之下，将柳青打入天牢。
玉娘闻讯，哭求白云相救。白云道：“此事蹊跷，待我查探。”三日后，白云来见玉娘，道：“原来严世蕃强占民女，那女子的兄长是江湖中人，暗中下毒。如今要救柳青，须得找到解药。”玉娘道：“这却如何是好？”白云道：“我有一计，但须冒险。”便在玉娘耳边如此这般说了一番。
次日，京城来了个游方郎中，在严府附近摆摊，专治疑难杂症。这郎中不是别人，正是白云所扮。恰逢严府管家出来，见白云仙风道骨，便请入府中一试。白云诊视严世蕃后，道：“此毒名曰‘七日断肠散’，中毒者七日之内浑身溃烂而死。幸而今日才是第五日，尚可救治。”严嵩急问解法。白云道：“需用天山雪莲为引，配以三十六味草药，连服三日。只是……”严嵩催问。白云道：“只是此毒非同一般，下毒之人必在附近，若不解开冤仇，只怕救得一时，救不了一世。”
严嵩老奸巨猾，立即命人暗查，果然查出下毒之人。原来那民女被严世蕃凌辱致死，其兄誓要报仇。严嵩为救儿子，只得答应重金抚恤，又承诺好生安葬其妹。白云这才取出解药，其实这解药是柳青早已配好，由白云带入的。严世蕃服后，三日便愈。
严嵩欲重谢白云，白云道：“老夫不敢受赏，只求释放柳青。”严嵩这才知道中了计，但话已出口，只得放了柳青。柳青出狱后，知京城不可久留，遂携玉娘辞别白云，返回应天府。
谁知刚到家门，却见宅院焕然一新，仆从如云。正在惊疑，忽见一个锦衣人迎出，竟是当年那个债主。那人跪地叩头：“小的有眼无珠，昔日冲撞了先生。如今先生名满天下，小的特来投效。”柳青扶起他，问起缘由。原来柳青在京期间，治愈无数疑难杂症，名声早已传遍大江南北。这债主悔不当初，变卖家产来投。
柳青也不计较，依旧行医济世。忽一日，门外来了一队官兵，为首官员下马施礼：“奉旨召柳青入宫。”原来嘉靖皇帝偶感风寒，太医院久治不愈，有人举荐柳青。柳青不敢怠慢，即刻启程。入宫诊视后，道：“陛下此病是虚火上升，需静养调理。”开方后，又教皇帝一套养生功法。旬日之后，皇帝痊愈，大悦，欲封柳青为院判。柳青坚辞，只求返乡行医。皇帝嘉其志，赐“妙手回春”金匾，另赏金银无数。
柳青回到应天，用赏银建医馆，收学徒，不论贫富，一视同仁。这年江南大旱，饥民遍地，柳青开仓放粮，活人无数。百姓感其恩德，联名送“万家生佛”匾额。
却说白云先生飘然而至，见柳青医馆兴旺，欣慰道：“公子仁心仁术，不负老夫所望。”柳青拜谢道：“若非先生当年赠书相助，焉有今日？”白云笑道：“你可知那《青囊经》来历？”柳青摇头。白云道：“此是华佗真传，因战乱失传多年。老夫年轻时偶得，参详三十年不得要领，知是缘分未到。那日见你义救孤女，知是仁厚之人，故转赠于你。”柳青这才恍然。
是夜，白云与柳青在月下对弈，忽道：“天下将有大疫，你当早作准备。”柳青惊问其详。白云道：“老夫夜观天象，见紫微晦暗，恐有三载瘟疫。你可将《青囊经》中治疫方剂广为传播，或可少救苍生。”言毕，取出一卷书册：“此是《青囊经》下卷，载有针灸秘法，你好生研习。”柳青正要道谢，抬头却不见白云踪影，只有明月在天，清风拂面。
柳青知是异人，望空拜谢。此后依言准备药草，编纂医书。果然次年春，南北十三省爆发大疫，柳青率众弟子四处行医，依《青囊经》方剂救治，活人无数。三年后疫情平息，柳青却因劳累过度，一病不起。
弥留之际，柳青将《青囊经》传于得意弟子，嘱道：“医者仁心，切记莫存门户之见，莫分贵贱之别。”又对玉娘道：“我这一生，无愧于心，只是亏欠你太多。”玉娘泣道：“夫君济世救人，功德无量，妾身与有荣焉。”柳青含笑而逝，年仅四十。出殡之日，满城缟素，百姓沿途哭祭，香烟百里不绝。
玉娘守节抚孤，将柳青医道传于子孙。其后代皆以医传家，世称“青囊柳氏”，三百年不衰。而那块双龙玉佩，据说在柳青去世那夜化作青光飞去，有人见白云先生乘龙而去，袖中隐约有碧光闪烁。此后每逢瘟疫流行，常有人见青衫隐士施药救人，疑是柳青魂魄不灭，仍游走人间行医济世。这正是：青衫隐侠去无踪，仁心妙手济世穷。莫道善缘无果报，万家生佛颂高风。
再说那赵员外，自柳青携玉娘离去后，家道日渐衰落。不过数年，因勾结官府、欺压良善事发，被抄没家产，流放边关，饿死途中。而那严嵩父子，专权误国，最终严世蕃被斩，严嵩削职为民，乞食街头，冻饿而死。天理循环，报应不爽，观此岂不令人警醒？
柳青虽早逝，然其医术医德流传后世。那《青囊经》上下两卷，经弟子整理刊行，造福后世医家。至万历年间，有医圣李时珍编《本草纲目》，曾引用其中诸多方剂，盛赞“青囊秘术，实乃医家瑰宝”。而柳青与玉娘的爱情故事，也被编成话本，在勾栏瓦舍传唱，成为一段千古佳话。
这年清明，玉娘携子孙祭扫柳青墓，见坟前不知何人供着一枝新鲜桃花。玉娘恍然忆起当年桃花巷初遇，那个青衫书生仗义相助的情景，不由泪湿衣襟。忽有清风拂过，桃花纷飞如雨，空中似有药香弥漫。孙儿扯着玉娘衣袖问：“祖母，祖父当真成了神仙么？”玉娘遥望天际，微笑道：“你祖父啊，他不过是换个地方行医救人去了。”暮色渐浓，远山如黛，仿佛真有个青衫隐士，背着药篓，踏歌而行，渐渐隐入云雾深处。