1859年5月12日，魏宣武以古大力第二师为主力，配属任柱军部直属骑兵旅、军部直属炮兵师第一旅，军部重炮卒，军部辎重师第一旅，军部直属探子旅第一卒趁甘肃清兵新败，从固原出发，准备进军甘肃。这时，王茂林来了，他告诉魏宣武，甘肃清兵新败，但是未伤筋骨，甘肃回民多，和汉人矛盾不易调和，且甘肃较偏远落后，取之无益，不如固守固原、平凉、庆阳三处，让清兵去面对回汉矛盾，眼下最重要的巩固陕西、河南两省。魏宣武思考良久，认为有理，就止住了古大力。
于是，魏宣武在固原建兵营，建立甘肃省行政机构和地方部队，以投降入了天道教的王义刚为甘肃省刺史，马三多为总教，刘铁柱为统制，虽只下辖二府一州，但是在甘肃、陕西边境也有了一块坚固的根据地。
第二次鸦片战争爆发后，英法联军凭借其优势的海上力量，接连攻陷中国沿海重镇，1858年6月（咸丰八年），清政府被迫与英、法、美、俄等国签订了《天津条约》，并约定第二年正式换约。
《天津条约》签订后，清政府对条约中的苛刻条款相当不满，咸丰帝认为“万难允准”，希望英、法等国能放弃这些条款，同时为防英、法舰队再次入侵，清政府任命蒙古亲王僧格林沁为钦差大臣，会同礼部尚书瑞麟组织大沽和京东防务。英、法等国政府对从《天津条约》获得的权益并不满足，认为应当借换约的机会再次挑起战争，向清政府索取更多的利益。1859年6月，前来换约的英、法公使拒绝按照清政府指定的路线前往北京，而是在舰队保护下直闯禁止外国船只进入的大沽口，并拆毁中国军队布设的障碍，中国守军奋起还击，第二次大沽保卫战由此爆发。
1859年5月，石达开自湖南永州府(今零陵)兵分两路，北上围攻宝庆(今邵阳市)，设大营于城南澄水桥，分兵进扎城东泥湾与资江西岸神滩渡。清军水陆设防，意在坚守。6月上、中旬，太平军接连进攻城外清营，并添筑营垒，合围宝庆。下旬，湘军刘岳昭、刘长佑等部驰援宝庆，相持战局形成。7月，湘军李续宾部进抵水竹。15日，石达开以主力强攻湘军东路半边街、高家冲清营，未能获捷。27日，李续宾乘东路鏖战之机在西路渡江攻陷太平军田家渡至清水塘一线营垒，城外湘军连成一气，战局遂致逆转。石达开于是改变计划，南下广西。8月14日，太平军撤围，南趋东安。1859年，天京受江南大营围困，洪秀全急调原本在长江上游安徽一带的陈玉成回救天京，陈玉成只好退出太湖、潜山，率主力大军前去解围，陈玉成于1859年6月受封英王，于1860年春扫灭了江南大营。但是这段时间内，湘军曾国荃部趁着安徽一带的太平军极度空虚，开始攻打集贤关，围攻安庆。1859年正月，太平天国江浦守将薛之元叛变，他投降了清廷，献上了江浦和浦口两处城关，清廷赐他四品顶戴，并赐名薛成良。李秀成不敢怠慢，连夜奔袭而来与陈玉成合力夺回了两处关隘，于1859年秋受封忠王。1859年9月，韦俊及其侄韦以琳在池州向湘军水师提督杨载福投降，授予“游击”之衔。1859年4月，洪仁玕到天京，天王大喜过望，立刻封他为福爵，接着晋封义爵，加主将，不到一个月又封他为开朝精忠军师顶天扶朝纲干王，命他总理朝政。他总理朝政不久，就向天王上了名为《资政新篇》的奏折，提出了他的建国纲领。不久，魏宣武得到了《资政新篇》，认为确是治国之论，治理两省对其进行了借鉴。
捻军在这一年里数次借道豫东，大都遵守约定，期间有不法小头目“打粮”、掳掠，均被地方部队捕戮。清兵袁甲三部多被抽往北京或江苏，无力进攻河南。张芾则在甘肃重整团练，暂时也不能进攻陕西。
借此机会，魏宣武在河南、陕西两地鼓励富商大贾大力勘探、开采矿产，开设银行、邮政，把贸易税降为三十分之一，所有私人企业天道教均占一成干股。利用各类学校和技师力量，大力研究制造先进枪炮和机器设备。开设了官办天道银行，以王文德为总办，发行天宝银元，十银元可兑白银一两，发行天宝铜钱，一天宝银元可兑铜钱一百个，发行以天宝银元计量的天宝银票，官府资金存入天道银行，不收存民间资金，两省所有金、银矿勘测开采也归天道银行管理。所有土地均分给了百姓，只收十分之一的农、茶税，其他苛捐杂税一律废除，禁止除民间猎户外私藏兵器，猎户打猎工具也需向官府登记。在各乡办小学、县办中学、府办高级中学、省办大学，继续推行部队屯垦制度以供养公职人员及军队。公职人员和部队实行象征性薪饷制度，以官府出钱、粮、物，百姓出劳力于农闲时大力修路造桥、兴修水利，大力禁烟。经过治理，1859年四处战乱之中，唯河南、陕西富庶且和平，四处灾民、流民均到河南、陕西求生，人口很快就达到了近六千万，对到河南、陕西的百姓，魏宣武采取官贷种粮、农具，鼓励引导其垦荒的政策、选其中手艺人招入各公私企业进行安置。
军队方面，新成立野战第三师，以秦汉任师帅、李太春任总教、清军张国梁战死后来投的参将罗虎任副师帅。曾顺的水军有自制浅水炮舰五艘，各舰均装备大口径宣武炮三门，小口径宣武炮五门，另有木制小艇二十艘，进攻不行，自保有余，至此，魏宣武麾下野战部队已达二十多万人。戴天德已研制出了手摇式连发枪，一分钟可发射子弹100发，但是这种枪太笨重，枪管还易发热，所以没有批量生产装备部队。在戴天德、沈节、冯文彪和洋工程师们的研究下，宣武步枪经过改革，解决了后膛转膛步枪的漏气问题，制造出了类似于八年后法国夏塞波研制的装备法国军队的后膛转膛制式步枪，并于1859年1月达到批量生产，因当时原材料供应增加，枪管、炮管制造工艺改进，各种机器设备的仿造，宣武步枪的产量达到了月产一万支，宣武炮月产达到了小口径三百门、大口径一百门，都翻了番，质量也得到了很大改进，枪刺厂的投产也让部队完全淘汰了长矛。各种子弹、炮弹也大量生产，亨利带来的一个洋技师会生产一种没有烟的“火棉”，可制成无烟火药，只是不太稳定易爆炸，戴天德组织人员对其进行专门研究。
魏宣武与古大力、秦汉、关保、任柱、萧子规、沈节等编写了《步兵操典》、《骑兵操典》、《炮兵操典》、《辎重操典》、《探子术》、《传令兵术》等教材，从队列、刺杀、格斗、负重、耐力、速度、弹跳、攀援、射击、骑术、化装、测绘兵、操炮等，经过整训，部队战斗力大大提高。
另外，凡家中缺少劳动力的各村地方部队均会帮助耕种土地，两省各县都建了专门收容残疾人的福音堂、专门收容丧失劳动力孤老的积善堂、专门收容孤儿的育婴堂，两省省府各成立了一家医院，中医、西医都有。各战败清军、太平军、捻军部队时不时都有兵将来投，魏宣武选其可造之材分入各类学堂学习，储备军、政、工人才。天道教在各省都得到了大量推广，全国教徒已达一千万人，海外各国天道教徒也达到十余万人，魏宣武委任亨利为西洋主教。经过1859年的积蓄力量，魏宣武的陕西、河南两省可谓人丁兴旺、民风淳朴、兵精粮足。