唐军班师回朝，君臣、军民欢欣鼓舞，弹冠相庆。
长安城，像是过元宵一样热闹。
李二对参与讨伐高昌的将领做了封赏。
李在古被赐予辅国大将军，属正二品！
另外，被李二赠予绢布五百匹！
此次讨伐高昌，侯君集虽是主帅，但李二知道李在古发挥了很大作用。
若不是李在古攻破田地城，并且阻击西突厥援军，侯君集便无法轻易攻取高昌城。
“叮！恭喜主人，武力值增加2点！”
“叮！恭喜主人，政治值增加1点！”
“叮！恭喜主人，统率值增加2点！”
“叮！恭喜主人，技力值增加500点！”
李在古得到封赏之后，卧龙军师系统又传来提示音。
“叮！恭喜主人，由于武力值爆棚，召唤术中的‘燕云十八骑’、‘大汉虎贲军’使用时限上升为每次召唤出来，可以维持至少十二个时辰！”
不久之后，李二任命李在古为安西都护府都护。
侯君集本来凭借这次讨伐高昌的战功中，可以达到其人生定点。
他身为主帅，大的功劳自然属于他。
可是，就在李二要对侯君集进行封赏之时，李在古带着几名将领弹劾侯君集。
李在古等人弹劾侯君集的内容主要有二：
其一，侯君集磨碑自述功劳。
其二，军纪败坏，中饱私囊，放任将士掳掠百姓财物。
关于第一点，是因为侯君集听从姜行本的建议，要建碑刻功。
侯君集自以为功劳盖天，便授意姜行本磨掉了汉代班超记功碑，刻上侯君集讨伐高昌的内容，称赞侯君集的功勋。
李在古等人认为，侯君集此举过于张狂，自认为功劳能盖过汉代班超，居然没有经过朝廷允许，私自磨掉班超功碑而自述其功。
至于第二点，更是不能饶恕，相当于违反军纪。
侯君集率军进入高昌都城后，带头破坏军纪。
侯君集将无辜的平民发作官奴婢，又盗取各种金银珠宝，将士们看到主帅这样干，也都纷纷效仿。
侯君集担心将士们向朝廷告发他，便没有严肃军纪，听之任之。
朝廷中的文臣武将听到李在古等人弹劾侯君集的事，不禁哗然。
李二知道李在古的为人，他不是那种随意谗言之人，若他不是实在看不过眼，若他没有十足把握，定然不会弹劾侯君集。
以长孙无忌为首，多名大臣立即向李二进言，要李二下令处置侯君集。
曾经“嫉恶如仇”，喜欢对违法乱纪者弹劾的魏征，这个时候却沉默起来。
魏征之所以明知道侯君集做了错事，而没有弹劾他，并不是魏征不落井下石，而是魏征与侯君集之间的关系匪浅。
魏征曾经向李二推荐过侯君集，还说侯君集有宰相之才。
换言之，魏征根本就是与侯君集站在同一条道上的人。
他当然不会弹劾侯君集，正想着办法帮侯君集免去牢狱之灾。
李二本想保存侯君集，毕竟侯君集支持发动玄武门事变，并且参与率军控制唐高祖和朝臣，其功劳很大。此后，他又立过不少军功。
可是，侯君集如今所犯之事，惹了众怒，李二唯有将其下狱审判。
就在这个时候，银青光禄大夫岑文本站出来替侯君集求情。
岑文本给李二呈上一封奏疏，长篇大论的引经据典，为侯君集开脱罪名。
岑文本奏疏中列举了汉武帝、汉元帝、晋武帝、隋文帝等君主的例子，劝说侯君集功大于过，不应下狱，反而要受到封赏才对。
李二本来就想过保存侯君集，看完岑文本奏疏，更是找到了替其开脱的理由，便释放了侯君集。
最后，侯君集功过相抵，既没有受到封赏，也没有受到惩罚。
不过，这件事之后，侯君集把李在古当成了眼中钉肉中刺。
侯君集平时与岑文本并不是很熟，只是点头之交，他不明白岑文本为什么要帮他。
但不管怎样，岑文本帮了他，他获得释放之后，立即登门拜访岑文本，以示感谢。
岑文本对侯君集说，他只是做了认为对的事，并不是因为对方是何人。
侯君集辞别岑文本，回到家中。
他总觉得岑文本帮自己，目的不纯。
不管怎么说，岑文本是帮了自己，这个恩情，日后有机会一定会报答。
侯君集虽然没有受到处罚，但他自以为在西域立了功，却因贪污而被下狱囚禁，心中怏怏不乐，怨恨朝廷对他不公。
与此同时，李二授封归唐后的麴智盛为左武卫将军、封金城郡公。授其弟麹智湛为右武卫中郎将、天水郡公。
在唐军平定高昌后，李二与部分大臣考虑到高昌等西边地区的重要性，经过深思熟虑，多次商议，李二决定按照大唐的制度在高昌地区实行州县制，以高昌为西州，并在交河城设置了安西都护府。
同时，为了便于大唐朝廷能够在西州地区征集军队，又设置了折冲府。
后来，这些折冲府的府兵对打击西突厥、抵御吐蕃、维护丝绸之路等，发挥了重要的作用。
李二考虑到李在古多次参与西边地区的军事，又在沙州做过刺史，对西边地区熟悉，因此任命李在古为安西都护府首任都护！
李在古出任安西都护府都护后，按照大唐在中原的制度，对高昌实施均田制、租庸调制、驿站制度，以及兴修水利及设置官市，使得大唐对高昌的统治很快便稳定下来。
李在古经营安西都护府的同时，向李二送去一份奏疏。
奏疏的内容是提醒李二，要警惕西突厥，特别是要警惕西突厥的乙毗咄陆可汗欲谷设。
欲谷设觊觎大唐，之前高昌与大唐作对，也是此人从中作梗。
李在古除了提醒李二要警惕欲谷设之外，还就应对西突厥的方法上提了建议。
李在古认为，西突厥所管治的地方表面上看起来很大、很广，但实际上西突厥内部四分五裂。
欲谷设并没有完全统治整个西突厥，有不少部落首领不服他的统治。
其中，以乙毗沙钵罗叶护可汗为首弩失毕部更是一直与欲谷设作对，多次兵戈相见。