袁术对秦谊也是非常器重，将自己收养的一个宗室女送给秦谊，为炫耀自己的军力安排秦谊到自己麾下大将孙坚部中观战。
秦谊便来到梁东孙坚部，恰逢孙坚出营会战董军部将徐荣。秦谊对留守的孙坚长子孙策说道：“徐荣用兵狡诈，孙公可能会失败，我们最好提前做好应对接应孙公，说不准还能反败为胜！”
孙策准备在孙权的撤退路线上设伏，但是秦谊却是执意定在另外一条路线上埋伏，并对孙策说：“徐荣狡诈，必定会堵截孙公的退路，到时候孙公未必能够按照预定路线撤回来，我看战场的地势，到时候孙公可能会在逼迫之下从小道逃回！”
孙策于是按照秦谊的想法布置埋伏，结果孙权兵败之后被徐荣逼迫，只能朝着小路逃命，正好带着徐荣的追兵撞到了秦谊的埋伏圈中。徐荣部遭受埋伏后大乱，孙坚也是带着溃兵反杀一波，最终反败为胜。
当听闻孙坚依靠秦谊反胜之后，袁术也是称赞道：“如果不是秦谊，那么我就要被袁本初这个家伙给嘲笑了。有秦谊这样的一个儿子，即便是死了也会很开心的！”
7、回乡隐居
秦谊辗转多地，见识了酸枣、河内和鲁东三处讨董联军的作为，心下失望，也是选择回乡隐居。
原平豪强赵氏，与秦氏之间颇有仇隙，闻听秦谊归乡，族长赵盛对族中子弟说道：“秦文合如今不足二十便已经名满天下，等他年纪大了以后，岂不是能够做到三公九卿，将来还有我们的活路吗？”于是赵盛便勾结雁门郡的乌桓人，在秦谊出门时袭击他。
当时秦谊身边仅有十几个人，但是乌桓人却是有一百多人。多亏了典韦和黄忠陪在秦谊身边，典韦在前面用戟拼杀，黄忠在后面用弓射击，前后杀掉了五十余名乌桓人，这才让秦谊脱身。
秦谊查明是赵氏在图谋自己，却并没有马上发作，却是明言要招收学生，传授学业。原平县中的豪强世家纷纷前来拜会秦谊，席间秦谊却是将赵氏谋害自己的事情说出来，原平豪族们义愤填膺，纷纷表示愿意相助秦谊讨伐赵氏，最终赵氏也是被秦谊灭族。
当时天下纷扰，原平县令高崇多次拜访秦谊，认定只有秦谊才能安定原平，秦谊在多次邀请之后，也是注定出来为父老乡亲多做一些事情。
8、胡笳退敌
雁门太守王泽想要重修定襄长城，征发郡中百姓前往定襄修理长城。原平县中百姓因为徭役繁重，大多不愿意前往。秦谊却觉得接下来天下将会大乱，边郡将得不到朝廷的支援，重修长城抵御鲜卑人很有必要，出面说动县中百姓服此徭役。
秦谊利用滑轮等简易机械，在极短的时间内修复了善无长城，并且制作了几具八牛弩，瞄准鲜卑大人可能登高远望城墙的地方。当鲜卑大人魁头带领各部贵人远窥善无长城，秦谊发动八牛弩，毙伤多名鲜卑贵人。
魁头无法击破善无长城，转而向邻近的中陵县跑去，在那里与王泽的雁门边军发生激战。秦谊虽然过来支持，但是情势对汉军越发不利。
秦谊觉得汉军情势不利，但是魁头部的情况同样不好，于是在军营中用胡笳吹奏起鲜卑人的曲子来。当听到秦谊吹奏的曲子后，鲜卑人也是心生思乡之情，从中陵撤军。
9、保境安民
初平二年（191年），占领上党的张杨，接受雒阳朝廷河内太守的任命，移镇到河内，将原先的上党分给了之前的部众，准备前往沾县任职的秦谊也是被张杨分了一个壶关。
张杨军军纪不好，留在上党的部众多有害民之举。在接手壶关之后，秦谊也是邀请张杨的部下严刚、孙亮和刘尚到壶关一叙，趁机诛杀了严孙二人，刘尚则因为没有害民之举被秦谊赦免。秦谊经此收编了这三人的部众，占据了上党壶关北面几个县。
紧接着秦谊打出“保境安民”的旗号，剿灭境内的盗匪，甚至还出兵解决掉为祸太原的大盗商曜，名震并州。
与此同时，南匈奴准备进攻西河郡，西河太守崔钧向雒阳和太原求援不至，只好向秦谊求救。秦谊尽起手下战兵，又联络太原士族，最终凑出了一支一万人的联军，前往西河抵挡匈奴。
面对着数倍于己的匈奴大军，秦谊沉着指挥，在蔺县利用马具骑兵大破南匈奴大军，斩俘两万余人，将南匈奴赶出长城并迫使南匈奴臣服，同时趁势收复被匈奴占据的上郡。
经过此战，秦谊声名大振，并州士人豪强无不倾心。
10、长安风云
秦谊一直没有忘记董卓的残暴统治，组织了一支精锐士兵准备到长安去暗杀董卓，因为相信王允并不真心投靠董卓，也是提前找王允商议，结果知道王允也在谋划刺董，加入到这个团队之中。
初平三年（192年）四月二十三日清晨，秦谊和吕布等在北掖门外暗杀掉董卓，秦谊因功被封为上党太守，都亭侯，讨逆将军。
杀掉董卓之后，王允控制朝政大权，也是想要尽诛凉州人，甚至连秦谊的老师蔡邕也不肯放过。秦谊多次找王允求情，晓之以情动之以理，都不能让王允改变自己的心意。
在一次劝说王允失败之后，秦谊气愤得拔出自己的佩剑斩断了桌角，说道：“王公如此刚愎自用，绝对是国家的祸患，恐怕没几日西凉人就要杀到长安来了！”
然后秦谊便带领自己的部曲从雒阳狱中将蔡邕劫走，城门校尉崔烈与秦谊有旧，也被秦谊强行带走。
正如秦谊所预料的那样，王允的政策果然激起董卓余部的反抗，六月李傕与郭汜率领的凉州军攻破长安城，太常种拂、太仆鲁旭、大鸿胪周奂、越骑校尉王颀等人壮烈殉国，王允被围困在皇宫中，最后也是惨遭杀害。