虽然说麦克阿瑟将军带领着同盟国美军主力部队，离开爪哇岛，回到澳大利亚，标志着印度尼西亚战役的彻底失败。
但是，日本军队并没有，就这样轻松的占领整个印度迹象，因为在印度尼西亚的境内，还有其他的部队正在奋战着，他们有的人是因为已经没有办法撤离了，有的则是因为需要固守在此地而拒绝撤离。
其中没有办法撤离的，最显着的两个例子就是苏门答腊岛南部的两个步兵师，由于他们已经没有任何，撤退的工具，而且被正面的日本军队拖延症，所以他们的指挥官决定，索性就不撤退了，直接和对面决战。
结果，这样的决定，恰恰是日本军队陷入了巨大的劣势当中，日本的两个步兵师团发动了对美军部队的攻击，但是由于美军部队拥有数量庞大的重武器，而且其还拥有从，其他地区赶来的空中支援，所以说日本军队不但没有取得进展，反而损失惨重，并且连连后撤。
这使得日本陆军南方军司令官，山下奉文非常的没有面子，现在在日本联合舰队已经取得海战的最大胜利的前提下，压力来到了日本陆军的一边，日本陆军如果没能够取得海军，已将巨大的成就的话，那么在大本营会议上，日本陆军的高层一定会被日本海军的高层所嘲笑的。
所以，在这种情况之下，日本陆基航空兵发动了新的大规模空袭。
日本陆军航空兵已经从新加坡方向赶往苏门答腊岛，而且那些日本航空，将配合当地的，日本陆军部队，发动对美国人的攻击，但是这一次轰击在3月3号，遭到了彻底的失败。
由于美国人是拥有大量重装备的，所以说这些重型装备的根本不怕日本陆军飞机的那些轻型的轰炸。
而在如此情况之下，日本陆军，自己的攻击方式已经没有任何的作用了，面对美国人的这种重火力搭配，大规模要才华防守的，防御方式，对于日本军队来说，他们似乎只能寄希望于联合舰队的，大口径火炮了。
但是，日本联合舰队，也没有太大的兴趣去帮助日本陆军解决，现在他们遇到了困境，日本联合舰队遇到的环境不比日本陆军的少，虽然说日本联合舰队在此之前彻底击败了，同盟国的海军主力，并且给同盟国的海军主力予以毁灭性的打击。
但是联合舰队同样在这次攻击当中遭到了一定的损失，而且同盟国海军主力不同，日本联合舰队遭到损失的战舰都是辅助战舰以及其他的运输舰。
这些战舰的失去使得日本联合舰队持续作战能力极度的下降，这也使得日本联合舰队需要把绝大部分的主力舰调回本土，用来维修，或者准备下一次的攻击。
而本土的日本造船厂想要重新生产出那些，特种作战战舰是非常困难的，毕竟日本的工业制造能力可不是美国的工业制造能力。
在这种情形之下，日本联合舰队虽然，向山下奉文表示可以派出一定数量的，战舰前往苏门答腊岛，支援陆军的作战，但是，不可能出动战列舰那些重型战舰。
住在山下奉文听来简直是自己听来最讽刺一个消息，如果日本联合舰队都派出重型战舰的话，那么怎么有大口径火炮来解决美国人的那些重型火力呢？要知道美国陆军拥有的重型火力数量已经超过了整个日本南方军。
虽然山下奉文对联合舰队的这一态度非常的不满，但是由于现在是他有求于联合舰队，而不是联合舰队有求于他，所以山下奉文还是，非常的希望能够得到联合舰队的帮助。
最终还是在日本陆海军联合大本营的会议上，决定了日本联合舰队派遣其麾下指挥的其他的分舰队，对于苏拿岛南部的日本陆军进行支援，而日本陆军必须在得到该支援之后的，15天之内，结束对苏门答腊岛南部的全面攻击，为进一步向爪哇岛发动进攻提供途径。
虽然说麦克阿瑟将军已经从，是印度尼西亚最重要的岛屿上撤离了，但是作为印度尼西亚的首府，巴达维亚还是有一定的防御力量的，这些防御力量由当地的殖民地官员组成，不过当地殖民地的官员全部都是当地人，河南人也跟着卖瓜坐在一起彻底了，而这些当地人并不打算为了荷兰人而和日本人拼命，所以说在麦克阿瑟将军刚刚撤离的第二天，这些当地的殖民地官员就直接向日本当局发出了电报，表示他们愿意投降。
在这种情况之下，日本当局自然派出了代表前往报道一下，接受荷兰人的投降，并且向印度尼西亚人表示，他们会尊重当地印度尼西亚人的自治，只要当地印度尼西亚人愿意给予日本一定的利益，那么日本就会保护当地的印度尼西亚人。
当然，日本人提到的这些利益，主要是包括荷兰人之前在印度尼西亚的全部权利，还有额外的荷兰人在印度尼西亚的油田，以及在印度尼西亚的橡胶等重要的战略物资。
不过日本人自己是不可能开采这些战略物资，他们需要雇佣当地人的开采这些战略物资，所以说在不久的将来，甚至于就是几个月之后，那些曾经与迎接日本人进入印度尼西亚的当地人就会直接感受到，日本人对于印度尼西亚当地人的剥削是比荷兰人还要重的。
不过至少在这个时刻，日本人对于印度尼西亚的当地人还是非常客气的，他们希望能够通过巴达维亚的和平占领而，鲜红是印度尼西亚，其他还没有被日本人占领的地区，表示日本人还是能够讲道理的，并且也愿意跟运动一下，人一定的，自治权，去换取他们彻底脱离同盟国。
这一系列的操作使得日本人很快就在3月中旬，彻底平定了，除了印度尼西亚，最东部的伊利安岛之外的其他所有岛屿。。。