在同盟国方面，为了印度尼西亚作战，而进行着密集的准备的时候，日本军队方面也为了印度尼西亚的作战，而做了充足的准备。
由于在此之前，日本陆海军方面已经达成了协议，相关的协议，包括了，双方作战区域的划分，以及双方在整体作战，战役当中，责任的划分，日本陆军将负责苏门答腊岛和爪哇岛的攻击行动，而日本海军则将负责加里曼丹岛和苏拉威西岛以及其他小岛屿的进攻行动。
为了能够更好的执行，进攻任务，日本陆军决定，将之前一直在东南亚地区有不错表现的，山下奉文任命为，印度尼西亚战役的，陆军方面最高指挥官。
而山下奉文在得到了陆军大本营的命令之后，直接在新加坡成立了印度尼西亚作战的司令部，由于在印度尼西亚作战需要考虑的事情，要比在东南亚其他地区作战考虑的事情要多得多。
在东南亚其他地区作战的时候只要考虑在雨林和潮湿炎热地区作战行动就可以了，但是在印度尼西亚作战还需要考虑印度尼西亚当地的火山，以及各种各样复杂的高山地形。
为此山下奉文，在正式发动对印度尼西亚的攻击之前，在新加坡地区组建了日本陆军特六师团。
特六师团，本来的番号是日本陆军第六师团。而由于日本陆军第六师团是正统的步兵师团，没有经过任何的，特种作战训练，再加上山下奉文指挥的日本南方军中，没有任何一个师团是经过特种训练的，为了能够加快攻占印度尼西亚的进程，剩下看完直接命令第六师团的师团长接受特种兵作战训练。
训练完成之后的这个师团，将作为日本陆军攻占苏门答腊岛的先锋部队使用，在山下奉文的计划当中，日本陆军将在日本海军取得在东南亚地区的局部制海权之后，随即发起对苏门答腊岛的进攻，由于在整个印度尼西亚看来，苏门答腊岛是向西北部延伸出去的。
对于同盟国海军来说，维持苏门答腊岛的整个制海权是相当困难的，苏门答腊岛的北部甚至在新加坡以北，这对于苏门答腊岛的防御来说是极其艰难的。
所以说在苏门答腊岛的登陆计划，对于日本陆军来说是比较容易完成的，而且，对于日本陆军来说，说苏门答腊岛的整体作战全程也将会非常的顺利。
毕竟根据日本情报机关的相关情报，在苏门答腊岛北部的亚齐苏丹国，已经同日本人之间达成了一定的协议，在这一协议当中，亚齐苏丹国保证，如果日本军队可以快速的击败同盟国的军队，那么亚齐苏丹国，将在之后的作战中倒向日本军队。
虽然说攻占，苏门答腊岛对于日本陆军来说是非常简单的一个人，但是在，日本陆军的，任务名单当中，苏门答腊岛只是简单的一款，另一个难度系数比较大的是爪哇岛，爪哇岛位于印度尼西亚的南部，而且藏在加里曼丹岛和苏门答腊岛的后面，更可怕的是，爪哇岛上有印度尼西亚最重要的城市，巴达维亚。
这座城市在荷兰人取得对印度尼西亚的统治之前，就是印度尼西亚地区最重要的城市，其曾经是三任殖民者的统治核心，而经过三任殖民者，特别是最后一段殖民者，荷兰人的几百年的加固之后，巴达维亚成为了一个重要的印度尼西亚枢纽城市和要塞型城市。
作为印度尼西亚的首都，巴达维亚一定会被同盟国军队层层保护的。
而在这种情形之下，日本陆军只能指望日本海军在加里曼丹岛取得重大的胜利，才能继续向爪哇岛推进。
毕竟在苏门答腊岛，为攻占，而这样的要被攻占的情况下，加里曼丹岛和爪哇岛组成的防线，还是对于日本来说是难以攻克的，如果在加里曼丹岛被日本还真拿卡的情况下，才有希望，从数个方向爪哇岛发动攻击。
同日本陆军的作战方案有着非常大的，不同的是，日本海军的作战方案，日本海军的作战方案，在最初的时候根本就没有这么详细的规划。
在日本海军的眼中，只要联合舰队能够在，印度尼西亚地区取得海上了，那么，对于任何一座印度尼西亚岛屿来说，日本海军将会非常轻松的就攻占了。
在日本海军具体的作战行动当中，日本联合舰队将从新加坡高校切入印度尼西亚的内海，而另外一支日本海军将从菲律宾方向，进军苏拉威西岛，然后以苏拉威西岛为中心向周围扩张。
与此同时，日本海军陆战队将在沙打捞，沙劳越登陆，这两个英国在一东南亚地区最后的，殖民地，将作为进攻加里曼丹岛南部荷兰殖民地的跳板而存在，在攻占上述地区之后，日本海军主力将向巴达维亚发动攻击。
巴达维亚在日本海军的认为当中是，同盟国海军最后一个防守的重中之重，由于巴达维亚在荷兰印度尼西亚殖民地上具有枢纽性地位，所以同同盟国海军，即便在前期的海战，同盟国海军处于失利的状态，最终也会让自己的剩余力量来守卫巴达维亚的。
在攻占巴达维亚之后，日本军队将在印度尼西亚地区没有任何的敌人，同盟国海军和陆军将会从时遭到毁灭性打击，剩下的情况就是日本海军和日本陆军一起，占领那些同盟国海军，已经放弃的，没有余力防守的岛屿。
而印度尼西亚战役最终会在日本，的全面胜利之下结束，这是无论日本海军还是日本陆军，都非常坚信这一点。
而在印度尼西亚结束之后，日本陆军和日本海军都会进行一次长达一个月左右的休整时期，这是日本陆海军大本营，提前已经制定好了。
由于之前的作战行动能一直没有得到休息，所以为了能够攻击更加坚固的巴布亚新几内亚，太平洋共和国的本土，以及澳大利亚方向，日本陆海军必须做出休整。。。