此时，永历帝内外交困，陷入一片慌乱之中。
在经历金声桓、李成栋反正之后，由于缺乏统一部署，在永历三年（1649年）一开始就遭到重创。
先是清军攻破围困4月之久的南昌城，金声桓、王得仁在这年正月被杀。接着是清军攻破长沙城，湖广总督何腾蛟被杀。
原来，金声桓在攻取九江后，决定率军攻取戆州，以先恢复江（西）、湖（南两省政权，如此去书李成栋，希望派兵北上，共同夺取戆州。
话说金声桓、王得仁在南昌发动武装叛乱后，当即将东林党人领袖姜日广引入江（西）省内，推起盟主，以作为神主牌
随后，大家就开始大肆封赏亲信，金声桓在军中族人，大多数都被任命为都督的职位，其幕客黄人龙为总兵
而王得仁的妻弟黄天雷则被任命为兵部侍郎；
金声桓与王得仁都各开立幕府，招揽追随者。
这可让金声桓、王得仁喜出望外，看来自己诛杀汉奸，还是颇得人心的吧，如此遇到事情大家还商量办，如此整个事情处置还算稳当。
但正如前面所说的那样，金声桓出自左良玉的明军，王得仁出自李自成的叛军，两人本来出身不同，当然行事等方面也诸多不同，这可对以后发展带来不好影响。
先是王得仁趁清军不备，率军攻破九江，其幕僚胡澹建议道：“现在应该趁着大胜，长驱直入，攻取建业，如此江浙两省毫无防备，夺取建业易如反掌啊。
只要夺取金陵，那么山东、河南必然响应，如此我等只要率军直入中原，整个中原可传檄定也！”
由于清军刚刚平定江南，若是自己率军兵下江南，兵入中原，沿途乡绅必然会夹道欢迎的。
这可让王得仁激动不已，若是那样，大军攻入中原，再创李自成的佳绩也不是不可能的。
但就在这个时候，金声桓让王得仁回到南昌议事。
王得仁春风得意马蹄疾，一口气跑到南昌，向金声桓讲明胡澹建议。
众人一听纷纷认为这是千载难逢的机会，在两广地区，李成栋反正态势日益明显，在江南，不过孔有德等人统帅的汉奸部队驻扎在戆州而已。
但金声桓的幕僚黄人龙则坚决不认可，认为：“赣州在南昌上游，文武重臣及其家眷都在这里，应该先夺取戆州
若不攻占戆州，敌人可能抄袭我们后路啊。”
黄人龙的态度就是金声桓的态度，除此之外，姜曰广也这样认为：“过去宁王造反沿江而下直取南京，老巢被赣州的王守仁所破，最后被对方所害啊。”
在这种情况下，以宋奎光守南昌，金声桓、王得仁率军攻打戆州。
但由于赣州清军早已经知道金声桓反正，在戆州构筑大量工事进行防守，如此经过数月战斗，金声桓难以攻破戆州。
而这个时候，满清已经反应过来，派出征南大将军谭泰、固山额真图尔各、以及尚可喜、耿精茂所率领的8万大军星夜南下，在永历2年5月攻陷九江。
随后各路大军齐头并进，相继攻陷饶州广信，继而谭泰率领各路大军包围南昌。
在这种情况下，金声桓一面向湖（南的何腾蛟求援，向南面的李成栋求援，而另一方面，率领大军星夜回援南昌。
但还是晚了一步，金声桓回援南昌后，清兵已经杀到南昌城下，双方一战，金声桓不能抵抗，只有退守南昌
谭泰率领大军团团包围住南昌，阻挡吉安、袁州等地部众向南昌运粮，在这种情况下，永历帝只好令李成栋率军前往救援。
对南明作战威风八面的李成栋早已经没有昔日风采，大军在占领信丰后，为绿营将领高进库率领部众所阻挡。
而南昌城被围，到永历三年1月城中粮尽，杀人而食，金声桓看到外无援军，如此南昌城早晚将破，下令打开东城门放百姓出逃觅食，清军亦解一面之围，容百姓逃离。
金声桓部下士卒见此情景，争相出逃，如此城池被攻破，而金声桓杀死自己妻子，焚房舍，身中二箭，投帅府荷花池死。
王得仁受伤被擒，凌迟处死。
大学士姜曰广投水自尽。
……
而听到金声桓被杀之后，永历帝追封金声桓为榆林王，谥忠烈；王得仁为建国公，谥忠壮。
而仅仅过了七天，何腾蛟也因为自己自私而被清军杀害，何腾蛟被杀，固然有大环境不好的原因，但更深层次的，是他的咎由自取。
他实际上是一个“盛名之下，其实难负”的人，一方面勇于任事，面对挫折失败永不低头；
另一方面，却自私偏见，处处洋溢着一股“小家子气”。
在江（西）、广东相继举起“反清复明”的大旗，孔有德等汉奸部队被迫大踏步后撤时，湖（南的当时“革命”形势，不是小好，而是大好！
但就在这一个“阳光灿烂的时刻”，何腾蛟却做出了一个令“仇者快，亲者痛”的反常举动。
他让手下的“第一猛男”郝永忠同志，忽然对正在宝庆与清军浴血奋战的陈友龙部，背后狠狠地捅了一刀。
何腾蛟之所以这样做，是因为他和陈友龙不仅有“国怨”，还有“家仇”。
国怨”就是我们的何大督师，不能把“复湘”的头功让风头正盛的郝永忠给占了。
因为在他看来，湖（南是他的“何家大院”，以前从他的手里丢掉了，现在就得还在他手里夺回来，别人无权“越位行动”。
“家仇”就是陈友龙，在跟着“刘铁棍”降清后，为了能在孔有德面前混张好脸，竟然领兵跑到何腾蛟的老家——贵（州黎平，把何的母亲孙氏、老婆徐氏等家属一百多口人，都抓到清营充当人质，让年过半百的何腾蛟，一夜之间变成了“痛苦的单身汉”。
毫无戒备的陈友龙部被背后捅了一刀后，气得嗷嗷乱叫。
但胳膊是拧不过大腿，恶狼是斗不过猛虎的，他唯一能做的，就是领着一帮子残兵败卒，跑到永历帝那里告御状。
因为何腾蛟的自私，转眼宝庆又成为清军的“囊中之物”。
赶跑陈友龙后，意气风发的何腾蛟指挥军队不但收复了湖（南道州、永州、衡州三个大城市，还攻克了泸溪、辰溪、新田、黔阳等多座县城，逼得清军乖乖退到湘乡、长沙一带固守待援。
但占的地方多了，力量也就分散了，如此何腾蛟成为“强弩之末”，无力再次发动新的攻势。
而此时堵胤锡请出忠贞营进攻长沙，在李赤心、高必正的统帅下，以最快的速度赶到常德，并在这里击败了湖（南长沙总兵徐勇派来的援兵。
随后，忠贞营乘胜东进，收复益阳、湘潭、衡山、湘乡等地，11月11日，包围长沙。
不断流动作战的忠贞营，虽然缺少攻城的大炮，但弓箭、鸟铳还是应有尽有的。
在攻打长沙的时候，忠贞营发明了升级版攻城术——双重爆破法，就是在城墙下面挖出两层地道，埋上两层炸药，先引爆上面的一层，等清军前来抢堵缺口时，再引爆下面的一层火药，形成第二次打击。
眼看长沙城旦夕可下，何腾蛟传令忠贞营停攻长沙，速救南昌。
军令如山，堵胤锡只得在11月16日，怅然若失地带着忠贞营向江（西）进发。
挤调走忠贞营的何腾蛟，直到次年的正月，何腾蛟也没有组织起一支像样的军队，去打长沙。
这时，多尔衮手中的最后一支满族王牌师，已经在靖远大将军、郑亲王济尔哈朗的率领下，风尘仆仆地从京城赶到了湖（南。
何腾蛟为他的“私心自用”来“买单”的时候到了！
1649年1月20日，进低道林的济尔哈朗从俘虏口中得知何腾蛟与马进忠都在湘潭城中，就连夜进军，何腾蛟兵败被俘，最后被杀害于湘潭流水桥旁的一个小坡下。
听到何腾蛟战死之后，永历帝追封何腾蛟为湘王，谥文烈公。
就在听到湖（南、江（西）两省尽失之际，突然听到孙可望率部进入广（西，声言若义勇军不停止追击的话，自己将会率部直捣南宁，杀向肇庆。