因为水间月在群马呆了三个月的关系，柯南这边的主线有了突飞猛进的发展，现在给大家贴一段这三个月被折纸直接跳过的主线剧情……当然全都是网上复制粘贴的……
柯南发现电视台女主播水无怜奈（代号基尔）是黑衣组织成员，并且有一个弟弟。水无怜奈在行动中受伤昏迷，被FBI送入杯户中央医院控制了起来。（425）Vermouth通过事后调查得知了水无昏迷住院的消息。（462-465）同时，一位和水无长得很像的男生本堂瑛佑调入兰的中学，一些行为与水无怜奈相似，引起柯南注意。（429）
在《红与黑的对撞》（491-504）中，水无怜奈和本堂瑛佑的身份揭晓。水无怜奈（原名本堂瑛海）是CIA在组织中的卧底，本堂瑛佑是她的弟弟。柯南在杯户中央医院（水无住院的医院）发现了假装患者住院的黑衣组织成员楠田陆道。不幸因FBI打草惊蛇，楠田陆道自杀身亡，尸体下落不明。Gin等人也因此推测出了水无住院的地点。在水无怜奈的住院地点暴露给组织之后，柯南、赤井和已经醒来的水无进行合作，让FBI探员安德烈?卡迈尔开车运送水无出医院，水无假装袭击卡迈尔，回到组织，以进一步取得组织信任。
另外，我们也得知赤井秀一过去是宫野明美（Sherry的姐姐）的男友，潜入组织后表现出色，可惜因为FBI探员卡迈尔的失误，导致赤井秀一身份暴露，宫野明美被组织杀害。
水无回到组织后，组织头目命令她杀害赤井秀一。水无成功枪杀了赤井，并引爆其尸体。尸体烧剩下的右手指纹通过与柯南手机上留下的指纹对比，证实死者是赤井秀一。
对决之后，本堂瑛佑拒绝了FBI的证人保护计划，推理出了柯南的真实身份，并且打算加入CIA与组织斗争。同时，柯南仿佛对赤井秀一“殉职”的消息并不感到惊慌。（507-508）
水无怜奈提供了新情报——一个代号Bourbon（波本）的黑衣组织成员已经出动，其目标很有可能是灰原。（509）之后，三位身份可疑的人物相继出场——冲矢昴（大学研究生，柯南主动邀请他住进了新一的家里，509）、世良真纯（转学到小兰班上的女高中生，以前在外国留学，自称侦探，646）和安室透（在毛利侦探事务所楼下的波洛餐厅打工，自称侦探，拜毛利为师，667）。
而时隔三个月，现在的主线剧情已经是是世良真纯的刚出场了几集，安室透还没有出场的位置。（651）