明代胡氏“古林书堂“刊本将《灵枢》并为十二卷，也是与其所刊《素问》十二卷本相匹配。至于明刊《道藏》本之《灵枢》只有二十三卷而不是五十卷，则是因为《灵枢》较《素问》文字量少的缘故。
总之，王冰次注的二十四卷本《素问》是现存最早、又经北宋校正医书局校正的版本。
史崧改编的二十四卷本《灵枢》是现存最早和唯一行世的版本。
《黄帝内经》分为《素问》和《灵枢》两部分。
《素问》重点论述了脏腑、经络、病因、病机、病证、诊法、治疗原则以及针灸等内容。
《灵枢》是《素问》不可分割的姊妹篇，内容与之大体相同。除了论述脏腑功能、病因、病机之外，还重点阐述了经络腧穴，针具、刺法及治疗原则等。
《黄帝内经》的成书是对华夏上古医学的第一次总结，是仅存的战国以前医学的集大成之作。所引用的古文献大约有50余种，其中既有书名而内容又基本保留者有29种，以“经言“、“经论“、“论言“或“故曰……“、“所谓……“等方式引用古文献而无法知其书名者也很多。这些古文献对了解先秦时期中医发展的状况具有非常重要的历史意义。
《黄帝内经》还蕴藏了很多哲理科学，譬如对人才管理的启示，《黄帝内经》主张以医道医德尽显人道品德。
德，作为华夏古代自然观的重要范畴，其外延，最终已转化为形成天地万物及自然天象运行的客观规律，而人才以内在之“厚德“外化为才学之“载物“，也是一种顺应自然和谐的内外统一。《黄帝内经》的问世，使中医的医德有了最早的文字表述和阐释。《内经》概括和总结了当时医家对医德的认识，形成了较为完善的医德思想，宣告了中医医德理论的诞生。
《内经》中的医德思想内涵丰富、外延广泛，可以分为医学养生道德、医学预防道德、医学治疗道德和医学护理道德四个方面。人的身、心、行共同构成了生命，三者整合才能使人和谐发展。“德“管的就是心，身心不合，无以“扶正祛邪“，人才的选拔任用，也是应该遵循德才兼备，以德为先，与时俱进，和谐发展。
《黄帝内经》是第一部中医理论经典。中医学作为一个学术体系的形成，是从《黄帝内经》开始的，所以《黄帝内经》被公认为中医学的奠基之作。
《黄帝内经》是第一部养生宝典。《黄帝内经》中讲到了怎样治病，但更重要的讲的是怎样不得病，怎样使在不吃药的情况下就能够健康、能够长寿。《黄帝内经》有一个非常重要的思想:“治未病“。《黄帝内经》中说:“不治已病治未病，不治已乱治未乱。“
《黄帝内经》是第一部关于生命的百科全书。《黄帝内经》以生命为中心，里面讲了医学、天文学、地理学、心理学、社会学，还有哲学、历史等，是一部围绕生命问题而展开的百科全书。国学的核心实际上就是生命哲学，《黄帝内经》就是以黄帝的名字命名的、影响巨大的国学经典。
《黄帝内经》全面总结了秦汉以前的医学成就，它的着成标志标志着华夏医学由经验医学上升为理论医学的新阶段。在整体观、矛盾观、经络学、脏象学、病因病机学、养生和预防医学以及诊断治疗原则等各方面总结了战国以前的医学成就，并为战国以后的中国医学发展提供了理论指导，奠定了坚实的基础，具有深远影响。历代着名医家在理论和实践方面的创新和建树，大多与《黄帝内经》有着密切的渊源关系。
《黄帝内经》在华夏医学有很高地位，后世历代有所成就医家，无不重视此书，对华夏医学的发展也产生了不可忽视的影响。《黄帝内经》以朴素的唯物主义观点和辩证思想，阐述人与自然以及生理，解剖，病理，诊断和养生防病治病方面的原则问题。成为华夏医学的基石，中医理论体系的源泉，临床各科诊治的依据，后世奉为“经典医籍“，为学中医者必读之书。是研究中医学的重要文献，也是华夏民族宝贵的文化遗产。作为华夏传统医学的理论思想基础及精髓，在汉民族近二千年繁衍生息的漫漫历史长河中，它的医学主导作用及贡献功不可没。
《黄帝内经》是中医学理论体系的渊薮，是一部综合论述中医理论的经典着作。它的集结成书是以古代的解剖知识为基础，古代的哲学思想为指导，通过对生命现象的长期观察，以及医疗实践的反复验证，由感性到理性，由片断到综合，逐渐发展而成，提出了许多重要的理论原则和学术观点。不仅奠定了中医学理论体系的基本框架，同时，也为后世中医学的不断完善与向前发展提供了可能。《内经》一书不仅是当时医学发展水平的最佳见证，同时，也是现代中医学研究发展的可靠基石。
首先，《内经》一书奠定了人体生理、病理、诊断以及治疗的认识基础。其基本素材来源于华夏古人对生命现象的长期观察、大量的临床实践以及简单的解剖学知识。如《素问·经脉别论》中“饮入于胃，游溢精气，上输于脾，脾气散精，上归于肺，通调水道，下输膀胱。“以及《素问·灵兰秘典论》中的“膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣“的记载，是对人体水液代谢过程的形象描述，成为后世治疗水肿病从肺、脾、肾三脏入手的理论基础。现代治疗肾源性水肿、心源性水肿多从调治肺、脾、肾入手，其理论来源显然出自《内经》。再如，《素问·生气通天论》“高粱之变，足生大丁，受如持虚“，是指过食粱厚味容易使人罹患疔疮类疾病。