案件发生后，兰考县委、县政府高度重视，立即召开紧急会议，研究部署案件侦破工作。当天上午，以兰考县公安局局长为总指挥的 “9?4” 特大纵火杀人案指挥部在案发现场正式成立。指挥部下设侦查组、技术组、走访组、后勤保障组等多个小组，明确了各小组的职责和任务，一场大规模的侦破行动迅速展开。
省委主要领导在得知案件情况后，也作出重要指示，要求兰考县公安局尽快侦破此案，消除社会影响，安抚群众情绪。县公安局局长在指挥部成立大会上，立下了军令状：“如果这个案子不破，我将引咎辞职！” 这句话掷地有声，不仅展现了公安干警们侦破案件的决心，也让兰考的群众看到了希望。
为了尽快找到破案线索，县公安局从各科室、派出所抽调了 120 多名精干警力，组成了庞大的侦破队伍。这些干警们放弃了休息时间，全身心地投入到案件侦破工作中。与此同时，县电视台、县广播电台连续多日滚动播出协查通报，向全县人民征集案件线索：“凡是提供直接线索，帮助公安机关抓获凶手的，公安机关将为其保密，并奖励现金 1 万元；凡是知情或了解重要情况，能主动到公安机关说明问题的，将依法从宽处理，否则将从严惩处。”
一时间，兰考县城掀起了一股 “全民破案” 的热潮。群众们纷纷行动起来，有的向公安机关提供自己知道的可疑情况，有的帮助干警们排查可疑人员，还有的自发组织起来，在街头巷尾巡逻，希望能够发现凶手的踪迹。一张巨大的法网，在兰考县城的每一个角落悄然展开。
根据现场勘验得到的线索，侦破小组首先将调查重点放在了火灾现场发现的汽油铁桶和铁链上。干警们兵分两路，一路前往县城及周边地区的加油站，排查近期购买过 25 公升汽油的人员；另一路则走访了县里所有的铁匠铺和五金店，了解铁链的销售情况，并排查是否有人员近期购买过类似的铁链。
在加油站排查过程中，干警们挨家挨户地走访，查看加油站的销售记录，询问工作人员是否记得有可疑人员购买过大量汽油。县城及周边十公里内的上百家加油站，都留下了干警们的足迹。他们顶着初秋的烈日，冒着连绵的阴雨，不放过任何一个可疑的细节。然而，由于汽油是易燃易爆物品，购买人员众多，且很多加油站没有详细的销售记录，排查工作进展得十分缓慢，并没有取得实质性的突破。
在铁链排查方面，干警们同样遇到了困难。铁链是日常生活中常见的物品，用途广泛，购买人员众多，想要从中找到与案件相关的线索，无疑是大海捞针。为了扩大排查范围，干警们还走访了县城里用铁链子拴狗的人家，查看他们使用的铁链是否与现场发现的铁链相符。经过一番努力，干警们排查了数百户人家，虽然发现了几条与现场铁链相似的链子，但经过技术比对，都排除了关联的可能性。
除了对汽油铁桶和铁链的排查，干警们还对连青海的社会关系进行了全面梳理。他们走访了连青海的亲属、朋友、同事和邻居，了解连青海的性格特点、工作情况以及是否与人结怨。经过走访，干警们了解到，连青海是一个为人耿直、性格开朗的人，平时在生活中与邻里相处融洽，没有与人发生过激烈的矛盾。在朋友眼中，他是一个重情重义的人，乐于助人，很少与人红脸。
然而，当干警们走访连青海所在的单位，兰考县农机监理站时，却发现了一些不寻常的情况。一些同事在谈到连青海时，语气中带着几分敬佩，也带着几分担忧。他们告诉干警们，连青海在工作中非常认真负责，原则性很强，从不徇私情，甚至因为坚持原则，得罪了单位里的一些领导。“连青海这个人，太耿直了，眼里揉不得沙子。上级领导写条子让他放被扣的车辆，他都敢顶着不办，所以私下里有人给他起了个‘黑脸’的外号。” 一位同事这样对干警们说。
这些信息引起了干警们的高度重视。他们意识到，连青海很可能是因为工作上的原因，与单位领导产生了矛盾，进而遭到了报复。于是，侦破小组调整了侦查方向，将调查重点转移到了兰考县农机局和农机监理站的领导身上。
干警们再次来到农机局，对农机局的领导和工作人员进行逐一询问。在询问过程中，农机局的一些领导在谈及与连青海的矛盾时，总是遮遮掩掩，避重就轻，要么说 “只是工作上的小摩擦，没什么大不了的”，要么就把矛盾焦点引向社会，说 “连青海可能在外面得罪了其他人”。
更让干警们感到可疑的是，在连青海一家遇害后，农机局的一些领导神情异常，行动诡异。他们不仅匆匆为连青海及死去的家属举行了隆重的遗体告别仪式，局长冯学良还亲自致悼词，称连青海为 “连青海同志”，并说 “连青海同志永垂不朽”。这种过于 “热情” 的表现，与他们之前对连青海的态度形成了鲜明的对比，显得格外反常。
种种迹象表明，兰考县农机局的领导，尤其是局长冯学良，很可能与这起纵火杀人案有着密切的关联。侦破指挥部决定，对冯学良以及农机局的其他几位领导进行进一步的调查和监控，争取尽快找到确凿的证据，将凶手绳之以法。
与此同时，干警们还在连青海的办公室和家中，进行了更加细致的搜查。在连青海的办公桌抽屉里，干警们发现了一个笔记本，笔记本上记录着大量的数据和文字，内容涉及农机监理站的收费情况、资金流向以及一些领导的违纪行为。此外，干警们还在连青海办公桌后面的墙上，发现了几张贴在上面的数据材料，这些材料详细地记录了农机局私设小金库、拖欠职工工资等问题。
这些发现让干警们兴奋不已，他们意识到，这些数据材料很可能就是连青海遭到报复的原因。连青海很可能是因为掌握了农机局领导的违纪证据，想要举报他们，结果却遭到了残忍的杀害。
为了核实这些材料的真实性，干警们立即对材料中涉及的内容进行了调查。他们查阅了农机局的财务账目，走访了农机监理站的职工，了解职工工资的发放情况。经过一段时间的调查，干警们终于确认，农机局领导确实存在严重的经济问题：从 1995 年到 1999 年 8 月，农机局私设的小金库金额高达 55 万元之多；与此同时，农机局还拖欠了职工工资达 160 多万元，很多职工的生活陷入了困境。
证据越来越清晰，矛头直指兰考县农机局的领导班子。侦破指挥部决定，采取下一步行动，对农机局的主要领导进行传讯，突破他们的心理防线，获取案件的关键证据。一场紧张而激烈的攻心战，即将拉开帷幕。