江南梅雨季，药香渡的水面浮着层薄雾。老艄公周有根撑着乌篷船，望着对岸背着药箱匆匆赶来的年轻郎中，忽然瞥见水面倒影里，船篷上竟垂着半截猩红绸缎。
林大夫，快些上船！周有根的吆喝声惊碎水面涟漪。林青崖踩着跳板跨进船舱，竹药箱里的铜铃叮咚作响。这是他来渡口坐诊的第三个年头，总在每月十五乘船去对岸的玉佛寺为香客义诊，却不知老艄公每次渡他时，都要在船头点三炷艾草香。
船行至江心，突然传来婴儿啼哭。林青崖掀开船帘，只见水面漂着口朱漆小箱，箱角缠着湿漉漉的红绸。周有根脸色煞白，抓起船桨就要绕开，却见林青崖已探身捞起箱子。箱盖推开的瞬间，众人倒吸冷气——里面躺着个襁褓中的女婴，眉眼间泛着诡异的青紫色。
水鬼送子周有根船桨差点脱手，二十年前渡口发大水，有对私奔的小夫妻溺亡，打那以后，每逢月圆就有人在江上见着红绸船......话音未落，江面骤然翻涌，一艘挂满红灯笼的画舫破水而出，甲板上的红衣女子怀抱琵琶，指尖流淌的曲调似泣似诉。
林青崖却顾不上害怕，从药箱掏出银针扎入女婴人中。婴儿哇地哭出声时，画舫突然化作万千红鲤沉入江底。周有根哆嗦着从腰间摸出符咒，却见林青崖已脱下长衫裹住孩子：送我去最近的村子，这孩子中了水毒。
渡船靠岸时，天色已暗。山坳里的寡妇阿秀收养了女婴，取名红鲤。林青崖隔三岔五来送药，发现红鲤虽体弱却聪慧过人，尤其对草药过目不忘。更奇异的是，每当她靠近水边，总有成群的游鱼围着打转。
三年后的上元节，药香渡突然热闹起来。镇上绸缎庄的少东家沈文轩雇了戏班，要在画舫上摆流水席。林青崖挤在看热闹的人群里，却见沈文轩盯着对岸的红鲤直发呆——十四岁的少女身着素衣，发间别着朵白菊，正蹲在溪边采药。
当晚，红鲤突然发起高热，说胡话要找娘亲的红绸。林青崖彻夜守在床边，恍惚间听见窗外传来琵琶声。他追出门，只见月光下的江面漂着那艘红绸画舫，甲板上的红衣女子冲他招手，怀中的琵琶赫然刻着沈记绸缎的徽记。
第二日，沈文轩带着厚礼上门提亲。阿秀正要答应，红鲤却打翻药碗：我要去江里找真相！林青崖想起昨夜所见，从药箱底层翻出泛黄的医案——原来二十年前溺亡的女子，正是沈文轩的姑母，当年因与戏子私定终身，被家族逼婚投江。
月圆之夜，红鲤身着嫁衣登上沈文轩的画舫。林青崖扮作乐师藏在角落，看着红鲤走向船头的红衣女子。那女子突然化作枯骨，抓起红绸缠住她的脖颈：我的孩儿，跟娘亲回家......
千钧一发之际，林青崖甩出浸了雄黄酒的银针，枯骨发出凄厉尖叫。红鲤趁机咬破指尖，血珠滴在红绸上，画舫轰然炸裂。沈文轩惊恐地发现，船底竟埋着姑母的琵琶和戏子的玉镯——正是当年族人沉江的证物。
江水退去时，岸边多出两座新坟。红鲤将红绸系在坟头，从此常在渡口施药救人。每当夜幕降临，药香渡的水面上，总飘着若有若无的琵琶声，伴着孩童清脆的笑声。老艄公周有根依然撑着乌篷船，只是船头的艾草香换成了安神的紫苏，他逢人便说：这渡口啊，该叫还魂渡才是......