毛人凤系统的构陷与迫害日益酷烈，吴石身陷囹圄，几近孤立无援。然而，就在这至暗时刻，一股来自国民党内部深处的、意想不到的力量，开始悄然涌动，试图扭转这失衡的棋局。
这股力量的源头，可追溯至国民党内长期存在的派系斗争以及部分高层对当前危局的深层忧虑。以陈诚、张群等为代表的所谓“政学系”或务实派官员，对毛人凤所属的“cc系”及保密系统一贯的横行跋扈、尤其是其借“肃清”之名行排除异己之实的行为，早已心存不满，戒慎恐惧。当前，国民党政权溃退台湾在即，百废待兴（抑或百弊待除），亟需稳定人心、笼络各方力量以图存续。若在此刻，因莫须有的“通共”罪名，贸然处置一位像吴石这样颇具声望、且在军事筹划方面确有才干的资深将领，无疑会引发军心震荡、人心离散，更会授外界以“卸磨杀驴”、“内部倾轧”的口实，对即将在台湾建立的“新局”有百害而无一利。
此外，蒋介石本人虽对“通共”嫌疑极为敏感，但其内心深处亦存在矛盾。他需要毛人凤这把“快刀”来清除潜在的、真实或想象中的威胁，以巩固权力；但同时，他也需要维持表面上的“公正”与“团结”，尤其需要倚重那些真正有能力的军事和技术官僚来稳定残局。吴石的军事才华和过往忠诚，蒋介石并非全然不察。若证据始终无法坐实，一味严惩，恐寒了诸多追随者的心。
吴石通过绝密渠道传递出的信息，几经周折，最终确实触达了某些能够接近权力核心的人物。这些信息并未直接为吴石辩白，而是冷静、客观地分析了当前迫害行为的非理性、以及对“党国”利益的潜在危害，暗示毛人凤的行动已超出“肃奸”范畴，带有明显的派系清算色彩，恐将引发更大范围的恐慌与不稳。
与此同时，一些与吴石有旧、或对其遭遇抱有同情心的军界、政界人士，也开始在私下场合，以非常谨慎的方式表达关切。或言“值此用人之际，岂可因捕风捉影之事自毁长城？”或言“办案须重证据，岂能仅凭揣测与罗织便定大罪？”这些声音虽微弱，但汇聚起来，形成了一股不容忽视的暗流，传递到了最高决策层。
甚至，在蒋介石的亲信圈子里，也有人委婉进言，提醒他注意“分寸”与“影响”，避免在仓皇辞庙之际，再制造不必要的内部裂痕。
局势的微妙变化，开始显现效果。蒋介石的态度出现了些许松动。他再次召见毛人凤，询问吴石一案的“确凿证据”进展情况，语气中已带有一丝不耐与质疑。毛人凤虽极力保证正在深挖，但内心亦感压力倍增。他意识到，若再拿不出铁证，不仅扳不倒吴石，自己可能还会引火烧身。
就在这僵持不下、暗流汹涌之际，一个意外的事件，为破局提供了关键的转机。
原定运往台湾的机要档案，在福州保管期间，突遭一场罕见的、因连日暴雨引发的库房渗水险情。虽经保管人员全力抢救，仍有部分非核心文件受潮损毁。此事上报至国防部，引发了新一轮关于档案安全责任的追究。
这本是又一记可能砸向吴石的闷棍。然而，吴石以其一贯的缜密与远见，早已埋下伏笔。他此前坚持要求档案存放必须符合防潮、防火标准，并有详细的交接记录和后续巡查要求。调查发现，福州方面的保管疏忽是主因，而吴石在移交前的准备工作堪称完备，甚至曾对库房条件提出过改进建议，但未被采纳。更重要的是，受损档案经核查，均非最核心的密件，且吴石早已按规定将重要档案目录备份在案，可供查证。
这一突发事件，阴差阳错地反而洗刷了强加于吴石头上的“蓄意破坏档案”的嫌疑，甚至凸显了其工作的严谨与负责。那些原本对吴石抱有同情或认为处置过当的声音，此刻更有理由站出来说话。连之前态度强硬的某些人，也开始怀疑毛人凤指控的可靠性。
蒋介石面对新的调查结论和各方压力，不得不重新权衡利弊。继续纠缠于缺乏实据的“通共”案，不仅难以服众，更可能损害其力图塑造的“团结领导”形象。在退守台湾的关键时刻，稳定压倒一切。
数日后，一次高层军政会议上，蒋介石在听取其他汇报后，看似不经意地提及吴石案，语气已大为缓和：“……吴参谋长的事，调查了这些时日，看来有些情况还需核实。眼下局势艰难，正是用人之际。对于干部，还是要重证据，也要给机会。我看，可以先恢复部分工作，以观后效。”
此言一出，举座皆惊。虽未明确平反，但“恢复部分工作”的指示，已明确释放出信号：针对吴石的风暴，即将过去。
毛人凤闻讯，脸色铁青，却不敢再强辩。他知道，这一局，他暂时输了。
数日后，国防部发布命令：解除对吴石同志的审查隔离，恢复其国防部参谋次长职务，继续负责相关作战筹划事宜。
命令简短，却字字千钧。吴石以其非凡的定力、缜密的预判和关键时刻的一点“运气”，在这场凶险无比的高层博弈中，惊险胜出。然而，所有人都明白，这只是暂时的平静。猜忌的种子已然种下，未来的道路，依旧布满荆棘。而经此一劫，吴石对自身使命与所处环境的认识，也更为清醒与深刻。