崇祯五年十月至六年春（1633-1634年）
接过崇祯皇帝赐予的尚方宝剑与总督川、湖、云、贵军务的重任，秦良玉没有丝毫迟疑。
她深知，皇帝要的不是击溃，而是根除；不是招抚，而是重塑。
她的战略，摒弃了一切怀柔与妥协，只剩下钢铁般的意志与精准如外科手术般的打击：兵分三路，以“犁庭扫穴”之势，彻底清除所有抵抗力量和组织，为接下来的“改土归流”铺平道路。
中路：直捣水西（主力——秦良玉亲率）
目标： 安邦彦的老巢，水西宣慰司腹地（今贵州大方、毕节一带），彻底铲除叛乱核心。
兵力： 白杆军主力两万，配属李由所部鲁军精锐五千（携带重型攻城炮），辅以熟悉地形的投降土司向导。
叛军预料秦良玉会从防守相对薄弱的东面进攻。
然而，秦良玉却选择了一条险路——强渡乌江天险。
在投降土司的指引下，白杆军利用其擅长的山地行军与架设索桥的能力，夜间潜渡，一举突破乌江防线，如同神兵天降，出现在水西腹地。
面对叛军凭借险要地势修建的层层寨堡，秦良玉一改以往强攻伤亡大的战法。
大军所至，先是派出使者劝降，申明“只诛首恶，胁从不问”。
若遇抵抗，则轻型野战炮前出，对寨门、箭楼进行精准轰击；若寨堡坚固，则调集鲁军携带的重型攻城炮，直至将寨墙轰塌。
寨破之后，负隅顽抗的土目、头人及其核心党羽，一律就地处决，枭首示众。
其家产抄没，充作军饷。对于安邦彦的直系亲属和铁杆追随者，则严密搜捕，一个不漏，全部擒拿，以囚车装载，派重兵押解进京，由朝廷明正典刑，以儆效尤。
主力大军过后，秦良玉派出无数支由白杆军小队和投降向导组成的 “清乡队” ，像梳子一样对水西的深山老林进行反复梳理。
所有隐匿的山洞、废弃的村寨、可疑的路径都被彻底搜查，残存的叛军散兵游勇要么被歼灭，要么被迫出山投降。
至崇祯六年春，水西地区所有成建制的抵抗被彻底粉碎。
安邦彦经营多年的势力被连根拔起，其家族势力几近灭绝。
水西，这片曾经独立王国般的土地，被彻底“犁”了一遍，为后续设立流官扫清了所有障碍。
北路：扫荡永宁（马祥麟部）
目标： 奢崇明父子的根据地，永宁宣抚司（今四川叙永、古蔺一带），彻底消灭奢氏残余。
兵力： 秦良玉之子马祥麟率领白杆军偏师一万，汇合部分川军。
摧枯拉朽，击溃主力： 此时，奢崇明因伤重已死，其子奢寅早被暗卫刺杀，奢部群龙无首，军心涣散。
马祥麟大军压境，在泸州外围与奢部最后的主力遭遇。
白杆军燧发枪轮番齐射，叛军简陋的装备和低落的士气无法抵挡，瞬间崩溃。
马祥麟乘胜追击，攻占永宁宣抚司治所。
将象征土司权力的官印、法典、族谱等物当众焚毁，宣布永久废除永宁宣抚司。
分兵剿灭各地负隅顽抗的小股叛军，安抚百姓，恢复秩序。
北路进军最为迅速，奢氏势力被彻底荡平。
永宁地区成为最早完成军事清算的区域，为后续设立流官县治奠定了基础。
南路：震慑云南（政治与军事双管齐下）
目标： 云南东北部（乌撒、乌蒙等地）动荡的土司区域，防止叛乱蔓延，以最小代价稳定局势。
策略： 以政治招抚为主，军事威慑为辅。
秦良玉派遣能言善辩、熟悉夷情的使者，手持她的令箭和崇祯皇帝的诏书，进入云南东北部各动荡土司领地。
胁从者，只要交出武器、土地清册、印信，并向朝廷宣誓效忠，可免罪，甚至酌情保留部分待遇；观望者，限期表明态度；仍有异动者，天兵即刻剿灭，玉石俱焚！
同时，派遣一支五千人的白杆军精锐，陈兵于云南边境，举行军事演习。
燧发枪的齐射声和野战炮的轰鸣，清晰地传达到边境线另一侧的土司耳中。
对态度恭顺的土司，给予赏赐，确认其地位（但权力已受限）；对首鼠两端者，严厉申饬，施加压力；对极少数企图顽抗的小土司，则果断出兵，以雷霆之势将其剿灭，部落首领处死，领地直接改流。
在强大的政治压力和军事威慑下，云南东北部的土司纷纷选择归顺。
乌撒土司安效良、乌蒙土司禄万钟等相继交出印信，表示臣服。
一场可能蔓延至整个云南的叛乱危机，被兵不血刃地化解于无形。
秦良玉指挥的这场“犁庭扫穴”战役，其残酷性与彻底性，在西南历史上是空前的。
它不再是以往那种击溃敌军主力、迫使土司表面归顺的传统模式，而是从物理上消灭反抗领袖，从组织上摧毁统治架构，从心理上彻底瓦解抵抗意志。
这是一场为“改土归流”这一深刻社会革命扫清一切障碍的终极军事清算。
当战争的硝烟散去，西南大地上的土司割据势力已被基本铲除，一片被“犁”得干净的土地，静待着大明治世文官的到来，以及那场更为深刻的“均田于民”的社会变革。
帝国的秩序，将以一种前所未有的方式，在这片古老的土地上扎根。