夜影利用新获得的能力，与“音波吞噬者”展开激烈战斗。知夏则继续吟唱星幻咏叹调，在两人的配合下，终于成功击败了“音波吞噬者”，同时唤醒了被囚禁的天籁之魂。天籁之魂们恢复意识后，纷纷加入战斗，帮助知夏和夜影突破了城堡的重重守卫，顺利逃离了暗影城堡。
在逃亡的飞船上，夜影的意识逐渐清醒。他看着自己的双手，感受着体内新的力量，心中充满了迷茫。知夏轻轻握住他的手，坚定地说道：“无论发生什么，我们都一起面对。”夜影看着知夏，心中涌起一股暖流，点了点头。
从旋律星域逃脱后，知夏和夜影得知赛博神域的万神殿主脑与绿钢星域的世界树中枢达成了共生协议。他们意识到，这背后一定隐藏着巨大的阴谋，于是决定前往调查。
当他们抵达赛博神域时，眼前的景象让他们震惊不已。整个星域被一个巨大的机械生命体网络覆盖，无数的机械装置在虚空中运转，发出嗡嗡的声响。万神殿主脑与世界树中枢融合后，形成的核心区域散发着耀眼的光芒，一座巨型祭坛正在缓缓建造完成，祭坛核心赫然是远古机械神灵的躯壳。
知夏和夜影小心翼翼地靠近祭坛，却被机械守卫发现。一场激烈的战斗随即展开，夜影操控声波攻击机械守卫，知夏则利用深渊戒指的力量进行辅助。然而，机械守卫的数量实在太多，两人渐渐陷入困境。
就在这时，祭坛上传来一阵剧烈的震动。远古机械神灵的红宝石巨眼缓缓睁开，一道足以抹除行星的粒子光束从它眼中射出，朝着附近的星球射去。知夏看着这恐怖的力量，突然想起在始源星获得的记忆——宇宙之心的另一半能量能克制神灵。而启动装置的密钥，竟然藏在夜影被深渊侵蚀的记忆深处。
知夏急切地对夜影说道：“夜影，你一定要想起启动装置的密钥！这是我们唯一的机会！”夜影痛苦地抱头蹲下，脑海中无数记忆碎片不断闪现。在知夏的鼓励下，他努力回想着被深渊侵蚀前的记忆。终于，一段尘封的记忆被唤醒，夜影颤抖着说出了密钥。
知夏迅速冲向祭坛的启动装置，输入密钥。宇宙之心的两半能量在虚空中共鸣，一道璀璨的光芒照亮了整个星域。光芒中，远古机械神灵的攻击被成功抵消，它的身体开始出现裂痕。知夏和夜影抓住机会，发动最后的攻击。在两人的合力下，远古机械神灵终于彻底崩溃，化作无数碎片散落在星空中。
战斗结束后，知夏和夜影望着满目疮痍的星域，深知这只是漫长旅程中的一个节点。深渊的威胁依然存在，宇宙之心的秘密也尚未完全解开。
机械神灵的残骸坠落在绿钢星域的世界树根系，夜影在能量余波中昏迷不醒。知夏抱着他跌落在世界树的晶簇丛中，发现夜影额间浮现出与深渊戒指同源的纹路。当她将宇宙之心残片贴近夜影胸口时，两人的意识竟同时坠入一段尘封的记忆回廊。