帝释天于天门冰殿之中，运筹帷幄，其布局之深远，远超常人想象。他欲集齐七武屠龙，龙元乃其必得之物，而风云、绝世好剑皆是关键棋子。江湖这潭水，在他的暗中拨弄下，愈发浑浊。
断浪，这个野心勃勃、不甘人下的家伙，在天下会与无神绝宫相继覆灭后，并未沉寂。他投靠了一个名为“天池”的秘密门派（非早年十二煞，乃帝释天暗中扶植势力之一），凭借其阴狠与武功，迅速崭露头角。他觊觎着即将召开的“憎尼同盟”盟主之位，意图借此平台，攫取更大权力与资源，甚至暗中配合帝释天搅乱江湖。
然而，在盟主争夺战中，一个白衣胜雪、剑法超群的少年横空出世——龙儿！他乃当年剑圣龙儿（与第一部剑圣无关，乃新角色）之后，天赋异禀，得圣灵剑法真传。龙儿不仅轻易挫败了断浪的阴谋，更以其卓绝的武功与正气，折服众人，意外夺得了盟主之位，令断浪恨得牙痒痒，却也无可奈何。
龙儿与寻找步惊云下落的怀空，因缘际会于一座荒废的“兰若寺”。寺中，他们遇见了一位来自波斯的垂死剑客。那剑客见到龙儿，激动不已，用尽最后力气道出真相——他竟是龙儿的生身父亲！当年因故分离，如今寻来却已油尽灯枯。他留下遗言与信物，便溘然长逝。龙儿骤然得知身世，心中悲喜交集，更感肩头责任重大。
与此同时，聂风历经艰辛，终于找到了第二梦的踪迹。他怀着激动与愧疚的心情，在一处幽静的山谷中，与朝思暮想的梦重逢。两人相拥，恍如隔世，聂风正欲倾诉衷肠，解释当年失控之事。
恰在此时，龙儿因处理完盟中事务，前来寻找对他有养育之恩的第二梦（第二梦曾照顾龙儿一段时间，龙儿视其为母）。他远远便喊道：“娘！我回来了！”
这一声“娘”，如同晴天霹雳，狠狠砸在聂风心头！他浑身剧震，看着眼前俊秀非凡的龙儿，又看向神色复杂、欲言又止的第二梦，瞬间误会了！他以为第二梦在他“死”后，已然改嫁，甚至有了如此大的孩子！
巨大的打击与误解，让聂风心如刀绞，刚刚重逢的喜悦被无尽的苦涩与失落取代。他深深看了第二梦一眼，那眼神中充满了痛苦、不解与决绝，竟不发一言，转身施展风神腿，如风般消失在山谷之外，留下第二梦徒劳的呼喊与龙儿一脸的茫然。帝释天或其手下是否在此误会中推波助澜，已不得而知，但这阴差阳错，确实给了聂风沉重一击。
另一方面，怀空在无二（虽动机不纯，但打探消息确有一手）的帮助下，历经周折，终于查到了步惊云可能隐居的东海渔村。他立刻将消息传回铁心岛。
铁心岛岛主铁神，为治自身火毒，对绝世好剑志在必得。得知步惊云下落，他立刻派出其武功更高、性情更为冷峻霸道的师兄怀灭，以及数名岛中好手，前往渔村，务必要夺取绝世好剑！
平静的渔村，迎来了不速之客。怀灭等人找到已成为“阿铁”的步惊云，直接索要绝世好剑。步惊云记忆全失，自然不知何为绝世好剑，更无法交出。
怀灭见状，认为步惊云故意装傻，便出手相逼，试图以武力迫使他就范。渔村百姓何曾见过此等阵仗，惊恐逃散。紫凝护着两个孩子，惊恐地看着丈夫与那些凶神恶煞的人打斗。
步惊云虽失忆，但战斗本能与沉寂多年的深厚功力仍在。在怀灭凌厉的攻势下，他体内沉睡的云剑气被本能激发，开始自行运转护体，招式间竟隐隐带上了排云掌与莫名剑法的影子！
激斗中，怀灭一招狠辣的“炼铁手”直逼步惊云面门，生死关头，步惊云脑海中仿佛有惊雷炸响！无数破碎的记忆画面——天下会、雄霸、孔慈、绝世好剑、楚楚、聂风、摩诃无量……如同决堤洪水般汹涌而至！
“啊——！”步惊云抱住头颅，发出痛苦的长啸！强大的气劲以他为中心爆发开来，将怀灭等人震退数步！
他，想起来了！他是步惊云！不哭死神步惊云！
记忆恢复的狂喜尚未持续片刻，他便看到了不远处吓得瑟瑟发抖、用陌生而恐惧眼神看着他的紫凝和两个孩子。他也想起了这十二年来，与紫凝相濡以沫的平凡幸福。
然而，他是步惊云，注定不属于这宁静的渔村。怀灭等人虎视眈眈，江湖恩怨未了，他的身份一旦暴露，必将为这平凡的妻儿带来灭顶之灾。
一边是失而复得的记忆与无法推卸的江湖责任，一边是十二年来悉心守护的家庭温情。步惊云陷入了巨大的痛苦与挣扎。
最终，为了保护紫凝和孩子，他只能选择离开。他深深地、痛苦地看了紫凝和孩子最后一眼，那眼神中充满了愧疚与不舍，随即强忍心痛，抓起旁边一根铁棍（暂代剑器），爆发出惊人的云剑气，逼退怀灭等人，身影如云般掠出渔村，消失在远方。
他恢复了记忆，却也永远地失去了那个给予他十二年宁静的家。紫凝抱着孩子，望着他消失的方向，泪如雨下，她知道，她的“阿铁”，再也回不来了。
隐于虚空的李长青，见证着这一连串的悲欢离合、阴差阳错。
“帝释天手段，果然了得，于无声处搅动风云。断浪、龙儿、怀空、聂风误会、步惊云记忆恢复……诸般变故，皆在其算计之中，或至少被其利用。”李长青推演着这一切，对帝释天的谋划有了更清晰的认识。他并未直接干预这些情感纠葛与记忆恢复，这些是风云成长必经之痛。他的目光，已投向那即将因步惊云复出、聂风受挫而再次动荡的江湖，以及那隐藏在幕后，准备收割一切的帝释天。龙元之争的序幕，已然拉开。