如此大规模的清洗，鬼谷势力自然不会坐以待毙，疯狂的反扑接踵而至。
十一月二十日夜，约三百名身着黑衣、武功诡异的死士，如同暗夜蝙蝠，分三路突袭防卫森严的刑部天牢，目标直指关押在最深处的胡惟庸及其核心党羽。这些死士招式狠辣，不畏生死，守卫的官兵节节败退，眼看就要冲入死囚牢区。
千钧一发之际，一道白影如流星般划过夜空，轻飘飘地落在天牢最高的屋檐上。月光洒在他身上，仿佛为他披上了一层清辉。
“退去，可活。再进一步，死。”张无忌的声音不高，却清晰地传入每一个黑衣死士的耳中，带着一种直透灵魂的寒意。
死士们略一迟疑，为首者发出一声尖啸，数十人同时扬手，无数淬毒的暗器如同暴雨般向张无忌笼罩而去。然而，张无忌只是袖袍一拂，九阳神功沛然发动，一股至阳至刚的无形气墙凭空出现，所有暗器如同撞上铜墙铁壁，纷纷倒卷而回，反而伤了不少死士。
紧接着，他身影晃动，如穿花蝴蝶般落入人群之中，并未用兵刃，只是双掌翻飞。掌力吞吐间，至柔时如春风化雨，将凌厉攻势消弭于无形；至刚时如雷霆万钧，中者无不筋断骨折，倒飞而出。他施展乾坤大挪移，往往将攻向自己的刀剑引向旁边的同伙，让他们自相残杀。
不过一炷香的功夫，天牢外的广场上已躺满了黑衣死士的尸体，再无一人站立。幸存者寥寥无几，皆被废去武功，如同烂泥般瘫倒在地。
类似的刺杀与劫狱，在随后的数月内，针对朱元璋的御驾、蒋瓛的府邸、乃至几位主持清查的酷吏，共计发生了十七次。然而，无论计划多么周密，行动多么突然，总在那道神出鬼没的白衣身影面前功亏一篑。张无忌就像一尊无形的守护神，牢牢扼守着所有关键节点，让鬼谷的一切反扑都化为徒劳。他们终于绝望地意识到，有这位武功已臻化境的前明教教主在，任何直接的武力对抗都是自取灭亡。
这场席卷整个大明上层的肃清风暴，持续了整整三年。
三年间，金陵城的天空仿佛都被血色染红。菜市口的刑台，青石板的缝隙早已被凝固的鲜血填满，呈现出一种诡异的暗褐色。囚车每日穿梭于街道，押送着昔日不可一世的勋贵、道貌岸然的文官、富甲一方的巨贾，走向生命的终点。诏狱的哀嚎声夜夜不绝。据后世史官不完全统计，这三年间，因蓝玉案、胡惟庸案及清查鬼谷势力而被处决、流放、监禁者，超过四万人。整个洪武十年的官僚体系，几乎被彻底换血。
民间起初是巨大的恐慌，茶楼酒肆无人敢议朝政，入夜后街道早早空无一人。但渐渐地，人们发现，那些在街市上纵马伤人的勋贵子弟不见了，那些巧立名目盘剥百姓的酷吏倒台了，那些与官府勾结垄断市场、囤积居奇的豪商被查办了。虽然皇帝的手段酷烈得让人胆寒，但社会风气却为之一清，压在底层百姓身上的几座大山，似乎真的被搬开了。
洪武十三年春，最后一批与鬼谷有牵连的浙江官员被押赴刑场。次日早朝，朱元璋端坐龙椅，目光扫过下方明显稀疏了许多，但眼神中更多是敬畏与忠诚的朝臣队伍。他的声音带着一丝疲惫，却更显铿锵：
“众卿家，这三年，我大明经历了一场刮骨疗毒！痛吗？很痛！死了很多人，流了很多血。但，值得！”他缓缓起身，声音陡然提高，“从今日起，朕要看到的，是一个吏治清明、军纪严整、百姓安乐的大明！任何企图祸乱江山、残害黎民者，无论他是皇亲国戚，还是功勋元老，这就是他们的下场！”
满朝文武，无论是劫后余生的老臣，还是新近提拔的干吏，无不心悦诚服，跪伏在地，山呼万岁之声震彻殿宇。这一次，他们仰望的，不再是一个可能被幕后黑手影响的影子皇帝，而是一位真正执掌乾坤、意志如钢的洪武大帝！
时值洪武十三年的仲夏，持续数年的腥风血雨终于停歇。笼罩在大明帝国上空近十年的鬼谷阴霾，被一场由铁血意志和无上武力共同催动的雷霆风暴彻底涤荡。金陵城仿佛一个久病初愈的巨人，虽然伤痕累累，但肌体深处却焕发出前所未有的活力。街市间，贩夫走卒的吆喝声都比往日响亮了几分，那是一种挣脱了无形枷锁后的轻快。
这一日，天高云阔，烈日灼灼。
紫禁城最高处的南城门楼之上，洪武大帝朱元璋独立在猎猎旌旗之下。他并未穿戴那身象征至高权柄、却也承载着过往十年屈辱记忆的繁复龙袍，而是换上了一身玄色劲装，外罩一件绣有金色团龙纹的明黄罩甲，腰佩他那柄随他征战多年的宝剑。他身形挺拔，目光如鹰隼般扫视着脚下这座恢宏帝都，以及远方那绵延至天际线的、属于他的万里山河。那股被压抑已久的开国雄主之气魄，此刻毫无保留地释放出来，比以往更加凝练、更加深沉，仿佛一柄经过千锤百炼、终于拭去尘埃的绝世利剑。他，朱元璋，如今是名副其实、乾纲独断的洪武大帝！
在他身后三步之外，张无忌一袭白衣，静静而立。夏日的热风拂过，却未能吹动他的一片衣角，也未能在他平静无波的眼眸中留下一丝涟漪。他仿佛独立于这片时空之外，与这喧嚣的尘世、与这权力的巅峰，都格格不入。
朱元璋缓缓转过身来，目光落在张无忌身上。那眼神之中，再无半分帝王的倨傲与算计，只有如同赤子般纯粹的感激与发自肺腑的敬重。他深吸一口气，竟撩起衣袍，毫不犹豫地便要对着张无忌屈膝跪下！
“朱大哥，万万不可！”张无忌眉头微蹙，衣袖看似随意地一拂，一股柔和却如同山岳般无法抗拒的先天真气沛然涌出，稳稳托住了朱元璋下拜的身形。
然而，朱元璋此刻心意已决，他体内那股从底层厮杀而出的悍勇之气勃发，竟强行运转内力，硬生生突破了张无忌那层无形的气劲阻碍！
“噗通！”
这位掌控着亿兆生灵命运的洪武大帝，双膝重重地跪在了坚硬的城砖之上，对着张无忌，行了一个至重无比的大礼！他昂起头，声音洪亮，如同钟磬，在空旷的城楼上回荡，带着不容置疑的真诚：
“教主！恩同再造，功盖寰宇！此番恩情，于我朱元璋个人，是挣脱枷锁、涤荡魂灵的再造之恩！于这大明万里江山，是铲除奸邪、稳固国本的定鼎之功！朕，朱重八在此立誓，永世不忘！”
这一拜，这一声掷地有声的“朱重八”，道尽了他抛却帝王身份，以江湖草莽最质朴的方式，表达的最高谢意与承诺。