宋仁宗天圣年间，汴京东郊有个叫周家堰的村落，村头住着个年轻郎中姓成名守仁，表字济世。此人虽才二十出头，却得了祖传的医道秘术，腰间常系个青布药囊，专治些疑难杂症。这日黄昏骤雨初歇，成郎中出诊归来，见槐树下蜷着个生疥疮的老丐，竟将刚得的诊金全数施与，自己反倒饿着肚子回那三间旧瓦房。
才推开斑驳木门，忽见檐下倒着个锦袍男子。提起风灯细看，这人约莫四十年纪，腰间悬着鎏金鱼袋，袖口暗纹却是五品官制。探其脉象似有还无，掀开衣襟竟见心口嵌着半枚青铜卦钱，创口泛着诡异的青紫色。
“好毒的暗器！”成守仁急忙将人扶进屋内，银针才触到卦钱边缘，那物件突然自行旋转，带出缕黑血。官人猛然睁眼，攥住他手腕：“青囊...葛仙翁...”话未说完又昏死过去。
正待施救，窗外传来马蹄声。三个戴斗笠的汉子跃下墙头，为首的黑面汉亮出腰牌：“开封府办案，交出钦犯！”成守仁瞥见那人靴底沾着墓土，心下雪亮，假意弯腰取药，袖中梅花针已激射而出。
恶斗间官人忽然跃起，袖中甩出三道金光。刺客应声倒地时，他亦喷出大口黑血，颤巍巍从怀中掏出卷帛书：“这是诸葛武侯墓室图...有人要...”话未竟便断了气。
成守仁展开帛书，见星图间缀着数行小字：“七星聚魁时，青囊启玄机。汴水照影处，玉璧现虹霓。”正沉吟时，尸身突然化作飞灰，只余那半枚卦钱在灯下泛着冷光。
三更时分，他忽闻梁上有窸窣声。但见日间所救老丐倒悬而下，咧嘴露出满口黄牙：“小子心善，且教你个乖——”抛来半块霉糕竟在空中变作玉符，“七日后子时，虹桥第三墩！”
翌日恰逢浴佛节，成守仁往相国寺施药。人群里有个戴帷帽的小娘子总在摊前徘徊，递药包时触到她冰凉的指尖，袖口隐约透着草药的清苦气。待日暮收摊，那女子竟尾随至巷口，掀帷帽露出张焦灼的脸：“奴家是已故刘太尉之女，求先生救救家母！”
随她穿街过巷，却进了一座荒废的绣楼。才踏进门槛，脑后风生，昨日逃脱的两个刺客自梁上扑下。小娘子反手甩出淬毒银簪，娇叱道：“快走！他们要找的是...”话音未落，窗外射进连珠弩箭，将她钉在柱上。
成守仁撞破板壁跌进邻院，正落在一堆干草间。忽闻香风扑面，有个着石榴裙的妓子正提灯照他：“可是成郎中？随奴家来！”七拐八绕引入暗室，烛火映出张艳丽面孔，“妾身萧三娘，受人之托等您多日。”
她取出半幅血书，与官人遗物恰好拼成完整墓图。图中显出新线索：太液池底沉着一面照影镜。三娘叹道：“那日死在您屋里的是枢密院承旨冯大人，刘小姐为护图已殒命，如今唯有开启武侯遗藏，方能破解卦钱之谜。”
当夜潜入禁苑，太液池底竟有铁索悬棺。劈开棺盖不见尸骨，唯置铜镜半面。镜背蝌蚪文记载着武侯临终预言：“甲子轮回，卦钱重现，青囊传人当镇妖邪。”
归途遭巡夜禁军围捕，危急时忽有丐帮弟子从阴沟钻出。跟着他们在汴京地底穿行，竟来到处雕梁画栋的秘窟。日间那老丐踞坐虎皮椅，九袋长老的污衣格外醒目：“成小子，你可知那卦钱本是诸葛锁妖钥？”
原来五代时妖道郭槐盗取卦钱，妄启汉陵阴兵，被陈抟老祖击碎法器。如今残片现世，必有妖人欲重炼邪物。说着掷来本《青囊补遗》，首页朱砂批注犹新：“七星连珠夜，以医者心血淬炼，可复神器。”
此后三日，汴京接连发生奇案。先有赌坊一夜之间所有人变成痴傻，再有画舫歌姬集体失声，最后连开封府大牢都出现囚犯梦游互噬的怪事。成守仁循迹查访，发现受害者皆接触过赝品卦钱——那些铜钱内侧都刻着蜘蛛细纹。
第七日黄昏，他配好驱邪药粉正要出门，萧三娘浑身是血撞进门来：“快...虹桥...”背起药囊赶到汴河，见第三桥墩裂开暗门。顺着石阶深入，竟是个祭坛，九个戴傩面的术士正围着鼎炉作法。
炉中悬浮的卦钱已修复大半，缕缕黑气正灌入鼎中。忽闻冷笑，祭坛穹顶落下铁笼，日间那黑面刺客摘下面具，赫然是枢密院都承旨赵允弼！“成郎中，多谢你送来最后半片卦钱。”扬手亮出从他药囊摸去的残铜。
原来这赵大人早与金国勾结，欲炼阴兵符颠覆朝廷。眼看卦钱将成，成守仁猛然撕开青囊，将祖传药砂混着舌尖血洒向妖阵。轰然巨响中，七星灯光芒大盛，墓顶现出武侯星图，照得妖人无所遁形。
混乱中赵允弼扑向卦钱，却被萧三娘从后心刺入匕首。这女子凄然一笑：“妾身本是冯承旨义女，潜伏三年就为今日...”话音未落，被妖火吞没。
成守仁抓起灼热的卦钱按进药鼎，依《青囊补遗》法门运转真气。但见青光冲霄，鼎中升起完整太极图，二十四道金纹没入他周身穴道。待尘埃落定，废墟里只剩半焦的《青囊经》残卷。
三个月后的清明，成郎中背着新缝的药囊离京。路过虹桥时，有顽童塞来字条：“诸葛遗策在人间，青囊济世即仙缘。”抬眼望去，只见丐帮弟子扛着米袋唱喏而过，相视一笑尽在不言。
此后汴京多了个游方神医，专治官家难愈的隐疾。有人说见他与丐帮长老对饮，也传说萧三娘其实未死，在江南开了间绣庄。只有成守仁自己知道，每至星斗阑珊时，腰间卦钱仍在发出温热的悸动，仿佛在等待下一个甲子轮回。
这日行医至终南山，采药时忽见崖壁显露天书。以卦钱映照，石纹竟化作《青囊经》失传的末章。正待细看，云雾中传来鹤唳，有个似曾相识的女声轻笑：“呆子，还不快来见过葛仙翁？”