诗云：
紫府玄文隐翠微，尘寰谁解个中机？
莫道精诚金石透，从来造化最稀奇。
话说永乐七年，苏州府吴江县有个书生姓陶名允明，表字昭文。祖上原是洪武朝翰林学士，传下满架藏书并一方古砚。这允明年方十九，生得玉山朗朗，目若明星，只是时运不济，父母早亡，守着城外三亩薄田、半架残书度日。
这年清明，允明祭扫归来，见雨打桃花落满径，正自嗟叹，忽见青石缝中透出金光。拨开看时，却是个鎏金铜盒，刻着蝌蚪符文。盒中藏有羊皮卷，上书《太乙宝篆》四字古篆，内中图文皆用朱砂绘就，云霞明灭间似有灵光流动。
允明知是异宝，连夜秉烛研读。原来此卷乃汉末左慈所传，载有呼风唤雨、点石成金诸般法术。末页朱笔警告：“修此法者，非大德行不得善终。”允明笑道：“子不语怪力乱神。”便将宝篆供于案头，依旧苦读诗书。
岂料三日后怪事频生：先是灶台米瓮无端盈满，继而残破窗纸自补如新。这夜允明抄书困倦，伏案小憩，朦胧间见宝篆腾空展开，朱文化作红衣童子揖道：“小奴乃书灵云篆，感君正气，愿供驱策。”允明惊觉，竟是南柯一梦。
次日有媒婆上门，说是城中沈员外欲招西席。这沈万金原是徽州盐商，捐得员外郎衔，宅邸连云，仆婢成群。独生女名唤琼英，年方二八，精通诗画，只是体弱多病。允明正愁生计，便应了馆约。
谁想进了沈府才知端倪：那琼英小姐居所竟有武师把守，绣楼门窗皆镶铁板。老仆悄言：“小姐去岁中秋坠楼，醒来便得离魂症，时常夜半作男子声叱咤。”允明教书时，见琼英果然目滞神呆，唯谈及丹青时眸中偶现灵光。
这夜允明批课业至三更，忽闻西园哭声凄切。循声见琼独立于枯井边，作揖道：“陶先生救我！我本扬州举子张子衡，去年赴考途中被沈万金谋财害命，抛尸此井。冤魂附于小姐之身，求先生申冤！”言毕昏厥在地。
允明惊骇欲逃，却见宝篆自袖中飞出，朱文照彻井底——果有白骨森然！正犹豫间，闻得脚步声响，急忙背起小姐躲入假山。来者正是沈万金与管家，持刀查看井口：“方才明明听见人声...”
允明待其离去，忽觉掌心灼热。展看宝篆，现出新文：“速往县衙击鼓，自有神助。”当下咬牙背起琼英，逾墙而出。才至衙前，恰逢按察使微服夜巡，当即接下状纸。
却说沈万金见事败露，重金贿赂知县，反诬允明妖术惑众。公堂上剑拔弩张时，忽闻雷声大作，宝篆自允明怀中飞出，当空展现血书：“永乐六年八月十五，沈万金劫我纹银三百两，断喉于枯井！”字迹正是张子衡笔迹。
满堂骇然间，井中白骨竟自行飞至公堂，颈骨刀痕宛然。沈万金瘫软伏罪，秋后问斩。琼英小姐苏醒后全不记前事，只道：“恍惚见金甲神人喂我红丸。”沈夫人感念恩德，欲将琼英许配允明。
新婚夜，允明揭盖头时惊见琼英眸中异光：“陶郎莫怕，我乃宝篆书灵。张子衡冤魂已超生，特借小姐身躯报恩。”言罢取出金盒：“此乃左慈遗宝‘五雷印’，可镇妖邪。然三年后必有大劫，须往龙虎山求张天师化解。”
允明依言收藏法印，夫妻恩爱日甚。次年琼英诞下双胞胎，取名陶玄、陶素。恰逢永乐帝征召方士，有番僧献“移山填海”之术。允明仗义执言，以五雷印破其幻术，被荐入京任钦天监博士。
岂料番僧怀恨，暗将诅咒符箓埋于陶宅地基。一夜雷电交加，琼英突然披发跣足，取剪刺向婴孩！允明急祭五雷印，见妻子眼中红光挣扎：“妾身被妖僧咒力所控，快用宝篆镇我元神！”允明泪如雨下，不得已施法将琼英魂魄封入古砚。
次日番僧率东厂缇骑拿人，诬允明以妖术害妻。诏狱之中，允明忽见砚台渗血，浮现琼英血书：“妾魂暂寄砚中，夫速携儿南逃。三年后重阳，钱塘江口有舟相接。”当下狱墙无故崩塌，允明负双子逃出京师。
辗转至杭州时，玄素二子染疫。允明典当衣衫买药，昏倒断桥边。蒙渔家女阮氏相救，延医诊治。阮氏名唤阿蘅，原是放鹭舟人家女儿，虽布衣荆钗，却通晓岐黄之术。精心调治半月，二子渐愈。
允明感其恩德，帮衬渔市记账。这日清算鱼税，忽见市舶司文书中有“番僧贡礼”字样，细查竟是那妖僧奉旨出海求仙！夜观天象，见妖星犯帝座，急修血书托驿卒送京。谁知驿卒竟是东厂暗探，当即引来追兵。
仓皇逃窜间，允明负子跳入钱塘江。恍惚见琼英踏浪而来，抛下珍珠伞：“妾已求得太乙真人说情，许借东海龙宫暂避！”但见波涛分道，虾兵蟹将迎入水晶宫。龙王笑道：“张天师早传法旨，留君教养龙子三年。”
宫中无日月，允明教二子读书，兼修宝篆道法。忽一日虾将来报：“妖僧蛊惑圣驾东征，船队已至琉球！”允明掐指一算，急求龙王：“明日午时必有海啸，愿借分水犀救驾。”龙王叹道：“此乃天劫，然念君仁义，可遣赑屃负君往。”
但见巨龟劈浪而行，恰遇龙卷风摧折宝船。允明祭五雷印镇住风浪，妖僧作法引来巨鲸。正危急时，怀中宝篆飞化金网，罩住妖僧。忽闻仙乐悠扬，琼英乘丹鹤而至：“天师法旨：妖僧本蓬莱守鹤童子，私逃人间，今押返受审。”
永乐帝惊魂甫定，见允明救驾有功，赦免前罪。忽有御史呈上密卷：原是番僧诅咒案真相大白，东厂督主亦牵连下狱。帝欲加封允明，却见夫妻相携拜辞：“臣愿辞官归隐，守护宝篆。”
归途过吴江，见沈夫人已出家为尼。夜宿老宅时，古砚忽然开裂，琼英魂魄袅袅而出：“妾尘缘已尽，当返瑶池复命。双儿自有阮阿蘅抚育...”言毕化作虹霓消散。允明悲恸间，闻得叩门声，竟是阿蘅携医书来访：“梦见姐姐嘱我送药。”
后允明娶阿蘅为续弦，二子状元及第，宝篆供奉于朝天宫。百年后有人见允明骑鹤升仙，留下偈语：
玄文宝篆隐天机，沧海桑田几度移。
但存一点精诚在，白云深处是瑶池。
至今吴江有座“宝篆桥”，每逢雨霁，桥孔现七彩光晕。老辈人言：那是陶真人与夫人跨鹤归来，点数人间善恶哩！