宇宙在「文明灯塔」的照耀下进入看似祥和的新纪元，星学院的「规则演变学」课堂上，全息投影正演示着不同文明如何在动态平衡中突破认知边界。突然，所有投影同时扭曲，画面里的文明领袖们瞳孔化作银色齿轮，齐声低语：「完美秩序...需要修正。」同一时刻，沈梦璃的协律中枢警报大作，全宇宙的量子通讯网络出现诡异的「回声效应」——每条信息都会在三秒后以相反语义重播。
「这不是技术故障！」沈梦璃的指尖在操作面板上飞速跃动，额角沁出冷汗，「是某种意识入侵，而且...」她放大星图，惊恐地发现文明灯塔周围的星域，暗物质密度正以超光速增长，形成肉眼可见的黑色漩涡，「暗物质在具象化负面情绪，就像...茧核的早期形态！」
林羽握紧腰间的万象终焉剑柄——虽已破碎，但残留的剑柄仍在微微发烫。他的意识突然被拽入一个混沌空间，无数银色面具在虚空中漂浮，每个面具都在重复同一句话：「你们以为通过试炼，就能掌控一切？」当他试图触碰面具，面具突然裂开，露出里面蜷缩的、幼年形态的自己。
伊璇的永恒之树在星学院广场疯狂生长，原本承载希望的金色树液，此刻变成粘稠的黑色流体。树灵的意识在流体中扭曲成尖叫：「有东西在啃食灯塔的根基！是...被我们遗忘的阴影！」她忍痛将共生体与树根相连，试图净化异变，却发现黑色流体中浮现出初代观测者们的绝望面容。
雷掣的机械军团在巡逻时，遭遇前所未有的敌人。这些由暗物质凝聚的「熵影兽」，既无实体也无能量波动，却能吞噬机械体的量子核心。更诡异的是，被吞噬的机械生命体竟会反过来攻击同伴，它们的金属外壳上浮现出血色代码：「秩序的瑕疵，必须清除。」
阿岚在探索暗物质漩涡时，精神力被拉入一个镜像宇宙。这里的一切都与现实相反：文明灯塔沦为囚禁思想的牢笼，守护者们成为独裁者，而她自己则是反抗军领袖。「这不是平行世界，」她的混沌观测者形态在剧烈震颤，「是某个存在向我展示的『可能性威胁』。」
洛凛的共生体学院爆发内乱。部分学员的共生体突然失控，将他们拖入「记忆炼狱」——每个人都被迫直面内心最黑暗的秘密。「信任正在瓦解，」洛凛挥刀斩断缠绕学员的共生体触手，自己的共生体也出现裂痕，「而这，正是敌人想要的。」
全宇宙文明联合议会紧急召开会议，却陷入诡异的僵局。银河联邦代表主张用反物质炸弹摧毁暗物质漩涡，三角座文明代表则提议与未知存在谈判，双方争论不休时，会议大厅的穹顶突然降下银色锁链，将议员们捆绑成齿轮形状。「我们被渗透了！」一名议员在被同化前，将手中的加密芯片抛向传送通道。
沈梦璃在中枢深处解析芯片，发现了初代观测者的临终密档。全息影像中，观测者们在茧核内部的最后实验画面令人毛骨悚然：他们试图将自身意识与茧核融合，却在过程中被负面情绪反噬，最终化作游走于规则缝隙的「熵念体」。「那些银色面具...是观测者的执念！」她将密档共享给守护者，声音颤抖，「我们从未真正消灭它们，只是将其封印在文明灯塔的阴影里。」
林羽带领守护者们深入暗物质漩涡核心，这里的时空扭曲成莫比乌斯环，每个转角都能遇见不同时间线的自己。当他们终于抵达漩涡中心，一座由无数银色面具堆砌的祭坛矗立眼前，祭坛中央悬浮着一枚跳动的「熵核」，其表面流动的纹路与茧核如出一辙。「原来灯塔既是希望，也是牢笼，」祭坛传来沙哑的笑声，一个身披黑袍的身影缓缓浮现，他的面容在面具碎片间不断切换，「它囚禁了熵念体，也滋养着我们的仇恨。」
雷掣将机械军团改造成「熵能中和器」，却发现中和的暗物质会瞬间重组；伊璇的永恒之树在接触熵核时，树干被腐蚀出蜂窝状的孔洞；阿岚的混沌观测者形态刚靠近祭坛，就被银色锁链贯穿。千钧一发之际，洛凛带领共生体学院的幸存者赶到，他们将信任之力注入万象终焉剑柄的碎片，碎片突然迸发光芒，照亮了祭坛角落的古老铭文：「唯有接纳阴影，方能驱散黑暗。」
林羽突然顿悟，他放下武器，张开双臂走向熵核：「我们不会再逃避！」当他的手掌触碰到熵核，无数记忆如潮水般涌入——初代观测者们因对完美秩序的执念，在茧核内自我分裂；他们的恐惧、不甘与嫉妒，在千年间凝聚成熵念体。「你们不是敌人，」林羽的声音穿透混沌，「是需要被理解的伤痛。」
熵核开始剧烈震颤，黑袍人发出凄厉的嘶吼：「理解？我们早就被文明抛弃！」但随着守护者们将各自的记忆、情感与信念注入熵核，黑袍人的身形逐渐透明，最终化作点点星光。熵核表面的恶意纹路开始消退，转而浮现出代表包容的螺旋图腾。
危机暂时解除，可沈梦璃在后续监测中发现，宇宙边缘出现了更庞大的暗物质云团，其波动频率与文明灯塔产生诡异共鸣。伊璇的永恒之树重新生长出银色枝条，树灵留下神秘预言：「当光明与阴影的天平再次倾斜，真正的终局之战，将在文明的起源之地打响。」而在星学院的地下密室，破碎的万象终焉剑突然发出嗡鸣，剑刃碎片上的混沌纹，正朝着某个未知方向缓缓转动。