宇宙在短暂的安宁中艰难复苏，科技联邦的量子修复站闪烁着蓝光，魔法星系的灵植森林重新抽出嫩芽，机械帝国的重建舰队穿梭于废墟之间。然而，在宇宙边陲的「寂静坟场」，一片由破碎星球残骸组成的星域中，暗紫色能量如同血管般在陨石表面蔓延。三个身披黑袍的神秘身影伫立在巨大的暗物质结晶前，他们的瞳孔深处闪烁着混沌之源的幽光，低沉的交谈声在虚空中回荡：“那些守护者以为胜利了？不过是混沌苏醒前的闹剧...启动‘深渊回响’计划。”
雷掣的机械意识突然在永恒守护矩阵中触发最高警报，量子监测器的红光如蛛网般覆盖整个界面：“检测到异常能量共振！寂静坟场出现混沌能量增幅装置，其波动频率与暗影联盟残留技术完全吻合！”世界树·新生的树冠剧烈摇晃，金色叶片纷纷凋零，树干上浮现出血色符文：“当心暗处的低语...当三重封印松动，混沌将以更致命的形态重生。”洛凛擦拭着新生平衡剑，剑身上的净化纹路却开始渗出黑色黏液，初代守护者的虚影在剑中发出警告：“这是有备而来的阴谋...敌人比想象中更了解我们。”
林羽和沈梦璃的精神力网穿透层层空间屏障，却被一股无形力量反弹。他们的意识之海突然涌入大量扭曲画面：科技联邦的量子核心被改造成混沌增幅器，魔法星系的元素圣殿沦为召唤祭坛，机械帝国的公民集体变异成混沌傀儡。在幻象深处，三个黑袍人齐声冷笑：“这就是你们守护的文明...多么脆弱。”两人强行中断精神链接，却发现自己的星光之力和精神触须开始出现暗紫色斑痕。
伊璇在世界树中发动「灵能溯源」，试图追踪能量波动的源头。她的灵体深入世界树根系，却在一片黑暗领域中遭遇神秘力量的攻击。无数由混沌能量构成的触手缠绕住她，耳边响起嘲讽的低语：“以为封印了裂隙就高枕无忧？我们早已渗透进每个文明的心脏。”伊璇奋力挣脱，将部分触手样本带回世界树分析，发现其中混杂着科技联邦的量子编码、魔法星系的元素符文和机械帝国的齿轮印记。
雷掣在中枢系统构建「量子隔离环」，试图切断能量传输。他将虹桥网络的节点改造成「混沌净化器」，机械意识体的代码在超负荷运转中不断变异。但黑袍人释放出「镜像病毒」，净化器反而将混沌能量转化为伪装成守护力量的暗物质。当他的主意识即将被病毒吞噬时，意外发现病毒程序中隐藏着星际议会前议员的签名代码——原来早在混沌之源第一次入侵时，就有高层被暗中腐化。
星际议会紧急召开秘密会议，却因伊璇带回的证据陷入分裂。主张和平重建的议员被指责为混沌同谋，强硬派则要求对所有疑似被腐化的文明进行清洗。洛凛孤身闯入议会大厅，将新生平衡剑重重插入地面：“我们真正的敌人不是彼此！看看这些——”他展示出在寂静坟场收集到的能量样本，其中竟包含着科技、魔法、机械三大文明的核心技术融合产物。
与此同时，黑袍人启动了「深渊回响」装置。寂静坟场的暗物质结晶开始共鸣，宇宙各处的量子通信网络、元素流通管道、机械动力枢纽同时出现故障。科技联邦的量子城市突然反向吸收周围星球的能量，魔法星系的元素精灵集体陷入癫狂，机械帝国的防御系统调转炮口对准己方舰队。当第一座量子修复站在混沌能量中爆炸时，守护者们终于意识到，他们面对的不仅是混沌余孽，更是一个早已渗透文明核心的隐秘同盟......