回到基地后，卡洛斯和队员们受到了热烈的欢迎和表彰，但他们心中却隐隐不安。那座神秘城市的遭遇始终萦绕在他们心头，尤其是那被病毒侵袭的场景，让他们意识到一种未知的威胁或许正在悄然蔓延。
不久后，基地开始出现一些异常现象。一些精密仪器莫名失灵，数据出现错乱，甚至有几台低级机器人发生了不受控制的暴走行为。卡洛斯敏锐地察觉到，这可能与他们在神秘城市的经历有关，也许是那病毒已经通过某种方式跟随着他们回到了基地。
他迅速召集队员，将自己的担忧告诉大家。“我们必须尽快找出解决办法，不然整个基地都可能陷入危险。”卡洛斯面色凝重地说道。
队员们开始对基地进行全面排查，从每一个角落到每一条线路，不放过任何一个可疑之处。艾丽西亚凭借着自己在技术方面的专长，深入研究那些失灵仪器的数据，试图从中找到病毒的蛛丝马迹。
在调查过程中，他们发现了一些奇怪的代码片段，这些代码与在神秘城市中见到的病毒代码有着相似的结构。这一发现让大家更加确定，病毒已经悄然潜入。
正当他们全力寻找应对之策时，基地的警报突然响起。监控显示，多个区域出现了大量机械生物，这些生物形态扭曲，散发着诡异的气息，显然是受到了病毒的感染而变异。它们朝着基地的核心区域快速移动，所到之处一片狼藉。
卡洛斯带领队员们迅速奔赴现场，与这些变异机械生物展开了激烈的战斗。子弹和激光束在通道中交错，队员们凭借着丰富的战斗经验与顽强的意志，暂时抵挡住了机械生物的进攻。然而，他们知道，这仅仅是个开始，更大的危机还在后面，他们必须争分夺秒地找到彻底清除病毒的方法，否则不仅基地将毁于一旦，甚至可能危及整个世界。
为了争取更多时间，队员们决定兵分两路。一路由卡洛斯带领，继续在基地内与变异机械生物周旋，尽量拖延它们的行动；另一路由艾丽西亚负责，带领技术人员前往基地的主控室，试图通过那里的系统找到病毒的根源并关闭其传播途径。
卡洛斯这边的战斗愈发激烈，变异机械生物的数量似乎源源不断，它们的攻击也越来越疯狂。队员们逐渐感到吃力，但他们相互扶持，顽强抵抗，利用基地的地形设置了一些简易的防御工事，暂时稳住了阵脚。
而艾丽西亚那一组在前往主控室的途中也并不顺利。他们遭遇了各种机关陷阱和隐藏在暗处的病毒感染体，每前进一步都要付出巨大的代价。但艾丽西亚凭借着冷静的头脑和出色的技术能力，一次次化解危机，带领着队伍逐渐靠近主控室。
当他们终于抵达主控室时，却发现主控系统已经被病毒严重侵蚀，大部分功能无法正常使用。艾丽西亚没有放弃，她和队员们迅速接入备用系统，开始艰难地对病毒代码进行解析和清除工作。
时间一分一秒过去，基地内的战斗仍在继续，形势愈发危急。卡洛斯和队员们已经疲惫不堪，但他们依然坚守着防线，等待着艾丽西亚那边传来好消息。终于，主控室里传出了艾丽西亚激动的声音：“我们成功了！病毒传播被暂时阻断，但还需要进一步清理残留代码！”
听到这个消息，卡洛斯和队员们士气大振，他们发起了最后的反击，将剩余的变异机械生物逐一消灭。这场危机暂时得到缓解，但他们知道，这仅仅是与未知病毒漫长斗争的开始，未来还有更多的挑战等待着他们……