【清顺治三年、南明隆武二年（公元 1646 年）二月十九日，多罗贝勒博洛被清廷任命为征南大将军，与额山固真图赖一起率领满洲八旗军自北京南下。他们抵达南京后，与约一万两千人的汉军八旗会合。
在此之前，鲁监国已经意识到了清军即将发起进攻，于是决定先下手为强，以攻代守。他派遣了一支精锐的水师部队，由王之仁率领，向杭州发起了反攻。这一行动让清军措手不及，也展现出了鲁监国的果断和勇敢。
王之仁，直隶保定人，崇祯年间官至浙江总兵。弘光皇帝赐其镇倭将军印，部下官兵达
人，他算是有实力的将领。
弘光与潞王政权覆灭后，王之仁向清朝贝勒博洛呈交了降表。随着剃发令一出，王之仁及其部下官兵再一次起义归明。王之仁举义后，浙东的反清之势迅猛发展。拒绝投降清朝的石浦参将张名振、占据舟山的副总兵黄斌卿以及总兵方国安等，皆领兵前来结盟。
鲁监国元年（公元 1646 年）三月，王之仁率领着大明水师，士气高昂地从钱塘扬帆起航。他们的战船如箭一般冲向敌军，与清军展开了激烈的海战。王之仁身先士卒，奋勇杀敌，他的士兵们也都勇猛无比，毫不畏惧。经过一番激战，明军终于取得了胜利，大败清军。
这场战役的胜利，让王之仁的军队信心倍增。他们乘胜追击，包围了杭州城。然而，由于杭州城墙坚固，城内防守严密，王之仁最终未能攻克城池。只能带领军队撤回了钱塘江南岸，继续加强防御工事，准备迎接清军的下一轮攻击。
五月二十日，清征南大将军贝勒博洛率部抵抗州，五天后，这支大军对鲁监国政权发起了攻击。
此次进攻，清军兵分两路。一路由陆军组成，从杭州六和塔、富阳、严州一线强渡江水。由于江水较浅，水深不及马腹，清军得以顺利过江，并迅速展开大规模攻势。另一路则由水师组成，从鳖子门沿海发起进攻。
事实上，鲁监国政权的军事实力并不弱小。当满清征南大将军博洛于五月十五日抵达杭州时，他远望钱塘江对岸的南明军队，发现其营帐在钱塘江东岸绵延两百余里。这一景象充分展示了鲁监国麾下拥有众多的官兵。
然而，鲁监国的军队却呈现出一种复杂的局面：不仅数量庞大，而且混乱无序。这意味着虽然鲁王拥有众多的军队，但这些军队的素质良莠不齐，缺乏一个统一有效的指挥体系。因此，这支军队实际上只是一群乌合之众，完全没有能力与强大的清军进行正面对决。除了那两万余名主力部队外，其余的都是新近招募而来的新兵，战斗力极为有限。
与此同时，上天似乎也不眷顾南明。原本应该是夏季多雨的钱塘江地区，由于受到小冰河气候的影响，竟然遭遇了罕见的干旱天气。这使得作为天险的钱塘江失去了其原有的作用，鲁监国政权的战船被迫搁浅在岸边。而清军则趁机骑着马轻松地渡过河流。
曾经活跃的越国公方国安如今陷入绝境，他的表现令人失望。当清军渡过钱塘江时，他惊慌失措，只能四处逃窜。钱塘江的守军看到清军渡江后，士气低落，毫无抵抗之力。方国安见状，愤怒不已，扬言要杀光士兵们留在船上的妻子和孩子。这个威胁引发了恐慌，惊恐万分的官兵们纷纷驾驶船只逃离战场，导致整个防线崩溃。最后，方国安无奈之下，只好带着侄子方元科及少量部众仓皇出逃。
在公元1647年（顺治四年）的六月初一这天，清军一路追杀方国安，直到追到了蒿坝这个地方。此时，方国安的侄子方元科挺身而出，带领着一支军队留下来断后，与清军展开了激烈的战斗。他们成功地将清军击退，但不幸的是，这只是一场短暂的胜利。
四天后的初四，方国安的残兵败将逃到了黄岩。而清军则紧追不舍，迅速截断了方部明军的退路。面对这种绝境，方元科想要杀尽将士们的妻妾，然后与清军决一死战。然而，早已失去斗志的越国公方国安却阻止了他侄子的疯狂举动，并决定率领残部向清军投降。
方元科等将领见大势已去，无奈之下只能选择跟随方氏叔侄一同投降。这次投降的规模相当庞大，其中包括总兵、副总兵数十人，还有五百名骑兵以及七千多名步兵。这些降军后来被清政府改编成了绿营兵。
清军统帅博洛亲自坐镇指挥，率领满、汉大军马不停蹄地从绍兴赶往金华，并迅速将金华城严密包围起来。面对气势汹汹的敌人，城内的明军并没有退缩，他们在朱大典的指挥下顽强抵抗。而博洛见久攻不下，便急调杭州的红衣大炮前来助战，这些火炮开始猛烈轰击金华城墙。
在清军拥有绝对优势的兵力压制之下，金华城仍然坚持了二十多天之久。然而，尽管守城军民奋勇抵抗，但在敌我力量悬殊的情况下，这样的坚守已经无法改变大局。到了七月十六日这一天，清军终于成功攻破了金华城。
此时，督师大学士朱大典深知大势已去，他毅然决然地带领着自己的亲属和亲信将领决心以死殉国。他们用绳索紧紧捆住火药桶，然后点燃了引线，随着一声巨响，他们与清兵同归于尽。与此同时，清军也进入了金华城中。他们借口城民不顺从，对这座城市展开了惨无人道的屠杀。
就这样，鲁监国军队的主力已经损失殆尽，不复存在。不过鲁王朱以海仍在，在金华失陷前，他在少数人的保护下逃到了浙东海上的舟山群岛，继续坚持抗清斗争，不过已经对清朝的统治造不成实际威胁了。
王之仁眼见大势已去，便带领着一部分士兵乘坐几百艘船只，携带大量物资从蛟门出海前往舟山，准备与肃虏伯黄斌卿会师共同行动。然而，让王之仁万万没有想到的是，黄斌卿竟然向他们开火，趁机抢夺了王之仁的战船。王之仁对黄斌卿这种背信弃义、趁火打劫的行为感到无比愤恨，于是将家人九十三人所乘的船只凿沉，导致全家老小全部溺水身亡。然后，他独自留下一艘大船，竖起大旗，径直驶向吴淞江口。当地的清兵误以为他是前来投降的明朝高官，不敢有丝毫怠慢，立刻将他送往南京。
王之仁见到清廷招抚江南大学士洪承畴的时候，大义凛然，慷慨激昂地说道：“国家灭亡，我应当去死，就怕被葬身鱼腹，死得不明不白，让后世的历史无法为我证明清白，所以前来只想死个明白罢了！”
洪承畴听后，一开始还以己度人，认为王之仁只是效仿自己当年松山之战的旧计，故意作秀而已，便对他礼遇有加，好言相劝，希望他能够像自己一样剃发投降。
然而，王之仁却毫不犹豫地拒绝了洪承畴的提议，并破口大骂道：“你这狗贼，背叛祖国，侍奉仇人，先帝曾经给你高官厚禄，建立庙宇祠堂祭祀你，庇佑你的子孙后代。可你竟然忘恩负义，拿起武器入侵我们的家园，铲平我们的陵墓，烧毁我们的宗庙。你的罪行简直比李陵和卫律还要严重！”
洪承畴听后，既羞愧又恼怒，无地自容，恼羞成怒地下令将王之仁杀害。】
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朱元璋站在天幕前，气得浑身发抖，指着天幕破口大骂：“朕当年以水师在鄱阳湖大败陈友谅，一举奠定天下！谁能想到，两百多年后，这大明的水师竟然变得如此不堪一击？你们这些不肖子孙啊，究竟都干了些什么？”
尽管朱元璋早已从天幕中得知，并非水师无能，而是钱塘江干涸无水，导致了这场悲剧，但此刻的他已经陷入了癫狂状态，根本无法冷静地思考和分析问题。他像个疯子一样在天幕前又蹦又跳，嘴里不停地骂着脏话，将心中的愤怒和失望一股脑儿地发泄出来。
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“鲁监国已经灭亡了，接下来恐怕就要轮到隆武了吧？而且看起来隆武的命运会比鲁监国更为悲惨，毕竟鲁王现在还躲在海上，说不定能活得更久呢！只希望大明的故土能够再次经历一场巨变，或许只有这样才能……”
有位万历朝的大臣在一旁低声嘟囔道，然而连他自己都感到心虚。即使出现了奇迹，可如今的军队毫无斗志，将领们纷纷投降，即便给他们刘秀那样的好运，又能如何呢？更何况，钱塘江竟然干涸无水，这让一些人开始怀疑上天是否真的要灭亡大明。
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“我朱大典！万历四十四年进士！这一届进士并非都如洪承畴、钱谦益一般投敌卖国！”
说话的人叫做朱大典，虽然也是万历四十四年的进士，但与那些一甲二甲的进士相比，名次并不高，所以直到现在仅仅只是一个知县而已。
但即便如此，朱大典还是忍不住在天幕下发言了，而且情绪激动，甚至有些眉飞色舞。没办法，这段时间他们这届进士真的太压抑了，就因为出了个洪承畴和钱谦益这种投敌卖国的败类，导致他们所有人都跟着蒙羞，连出门都得低着头，生怕被人戳脊梁骨骂汉奸。