至于来自东南的御史言官的弹劾题本，不仅被朱由校留中不发，这些人也全都被朱由校贬到了西南当教谕。
至于李长庚建议的放缓西南战事，也因水西宣慰司安邦彦的造反不得不放弃，同时加平叛奢崇明有功的洪承畴为督察院右佥都御史兼贵州巡抚，而原播州副总兵秦邦屏为贵州总兵，前去支援的西南战事的杜文焕则被任命为援黔总兵。
朱由校之所以这样安排，是不想再次出现历史上的贵阳保卫战惨案，至于原先迟迟不肯前去解围贵阳的新贵州巡抚王三善，这会儿还在京城担任他的太常寺卿。
朱由校相信，由洪承畴主导贵州的土司的叛乱，同时给他高配了一万名拿着火枪的白杆兵、一个营的标配禁军、外加一个营的西北边军，将不会再像历史上一样将这场叛乱持续到崇祯十年。
而且，随着山地营的加入，将会进一步加快结束这场旷日持久的叛乱。
至于由徐鸿儒引发的大明其它地方起义，皆因时间仓促与响应的人不多，很快就被当地的官兵一一平叛。
而一直处于观望状态的闻香教创始人王森的儿子王好贤及其同党，则在锦衣卫与滦州禁军的配合下，被缉拿于滦州石佛口。
作为闻香教起义的发起者与最大势力方，自从杨国盛与梁栋被击退后，随着山东营兵王威与沈有容部的加入，迅速稳定了官军的不利局面，北面战线重新推进到了东平州与郓城一线，东线也在沈有容的进攻下，先后收复日照、沂州、郯城等地。
面对着官兵的步步紧逼，形势对徐鸿儒不利的情况下，他不得不重新审视自己的局面，将自己的势力退守至运河两岸的郓城、巨野、嘉祥、金乡、鱼台、滕县、邹县、滋阳、曲阜、泗水、上汶、东平一带，继续与官兵抗衡。
位于徐鸿儒势力中间的济宁，因是运河囤积粮草的重镇，在城内粮草十分充足并且有重兵把守的情况下，经受住了徐鸿儒起义军的长期围困与轮番攻城，依然矗立在运河边上。
在山东本地官兵与徐鸿儒义军形成对峙的局面时，都督府调屯驻在淮安府的禁军十一营北上，从南面进攻徐鸿儒的起义军。
同时，再调刚整顿完毕的天津府军沿运河直达东平州，支援北面的山东官兵。
随着两营全部新式火器装配的精锐军队加入平叛，双方的实力对比迅速发生了变化。
六月十一日，当第十一营到达徐州府后，一天剿灭沛县的叛军，再过一天剿灭鱼台与金乡的义军，再两天后，顺利解济宁之围。
至于济宁西边的嘉祥、巨野、郓城等处的义军，他们还未来得及转移时，就在官兵南北夹击之下，被围困在了巨野与嘉祥两城。
至于运河东岸的叛军，北线有全副火器的天津府军，战线也在他们到达后两天内从东平州推进到了汶上。
而东边的沈有容军，也顺利推进到了滕县。
面对着官兵的四路大军围攻，徐鸿儒只得调回滕县、汶上、宁阳、泗水的义军与粮草，选择坚守滋阳、曲阜与邹县三城。
至于巨野与嘉祥的义军，就算他想调，也已经调不回来了。
六月十八日，官兵连克巨野与嘉祥，第十一营留下山东都司的军队看守俘虏，之后他们调转方向，跨过运河参与围攻滋阳、邹县、曲阜三城。
六月二十三日，第十一营与沈有容军克邹县，二十四日，北线的天津府军与王威联军克曲阜。
当徐从治、杨嗣昌等人看到被破坏得面目全非的曲阜城，以及里面的衍圣公府、孔庙与孔林时，他们顿时感觉整个天都要塌了下来。
面对着满目疮痍的场景，两人久久无法发出一言，不知道将要如何面对满朝的弹劾与整个士林的唾弃。
徐鸿儒在滋阳城继续坚守了十六日后，于七月十一日城破时不得不选择突围。
但面对朝廷的几万官兵包围，他又能逃到哪去呢，在向北突围不足一里处，就被驻守在此处的天津府军俘虏。
之后随着天津府军一同回到了天津，之后在锦衣卫的押送下送到了京城，等待徐鸿儒等人的，将是与王好贤以及于弘志等人一样的命运，凌迟处死。
四月十一日起事，七月十一日被剿灭，时间刚好三个整月，比历史上的时间少了一个月。
随着义军的被剿灭，堵塞了近三个月的京杭大运河重新恢复了运转。
徐鸿儒起义被剿灭后，郓城、巨鹿、嘉祥、济宁、滋阳、曲阜、邹县、汶上、东平等地的百姓户口大减，呈现一片“流亡壁立少炊烟”的景象。
为了震慑与恐吓民心，山东巡抚赵彦将战死的义军与被胁迫的百姓尸体收集起来，筑成一个个“京观”，并立碑为记。
参与围剿的几支官军，天津府军押着徐鸿儒等义军首领以及缴获的大量财物返回了天津，沈有容的登莱军乘着渤海水师的船队也返回了登州，高居平叛首功的禁军第十一营则沿着运河一路南下，回到了他们的驻地扬州。
至于山东都司与山东总兵标兵营，则留下了近一半的军队继续驻扎在兖州，以防义军的反复。
而战后叙功与确认官员得失时，禁军第十一营被评为头功，天津府军与王威的标兵营以及沈有容的等援军则是次功。
禁军除了接受外朝的叙功与奖励，也接受都督府的奖励。
有功必有罚，赵彦因督促山东军政不力，致使此次徐鸿儒起义事件发生，被罢官夺职。
徐从治因巡查不力，亦被罢官夺职，但又因平叛有功，被降为巨野县令。
郓城、巨野、曹州、嘉祥等地知州与知县，因迫害百姓导致起义发生，而后又弃城而逃，被判斩立决。
至于邹县、滕县、峄县、费县等处的知县，也因弃城而逃被斩立决。
至于原兖州知府张铨，虽然守住了济宁州，但兖州起义他有不可推卸的责任，跟徐从治一样，被贬为邹县知县。
至于赵彦与张铨留下的空缺，山东巡抚由山西左布政使南居益接任，兖州知府由杨嗣昌赴任，而徐从治原先担任的兖东按察副使罢黜。