敌人退去，崇祯皇上开始追究责任。
袁崇焕杀害毛文龙大帅引发一切，罪责第一当之无愧。
东林党主席钱龙锡参与谋害毛帅，罪责第二毋庸置疑。
兵部尚书王在晋刚刚上任适逢其会，罪责第三纯属倒霉。
此三人罪证确切做不容抵赖。其余大小官员担心自己受到殃及，纷纷推卸责任落井下石，对袁崇焕等人的罪行进行深挖，真真假假罗列不计其数（实事求是进行审判袁崇焕也是死罪）。经过几个月收集证据反复审理，会审时形成定案：
谕以袁崇焕付托不效，专恃欺隐，以市米则资盗，以谋款则斩帅，纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散，及兵薄城下，又潜携喇嘛，坚请入城，种种罪恶。命刑部会官磔示（3600刀凌迟），依律家属十六以上处斩，十五岁以下给功臣家为奴。今止流其妻妾，子女及同产兄弟于二千里外，余俱释不问。”
谕：『旧辅钱龙锡背公逞私，密谋主款；袁崇焕疏语已露，终不奏闻。并不重罚，何以惩后！命法司拟罪』。逮至，论死。”
袁崇焕受刑时京师震动，认为他通敌的北京百姓摩肩接踵前来观刑。袁崇焕在行刑前念出自己的遗言：“一生事业总成空，半世功名在梦中。死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。（这首诗献给毛文龙大元帅更合适。）”
数十万京人死在满洲手里，人人对袁崇焕恨之入骨，刽子手割一块肉，百姓付钱，取之生食。顷间肉已沽清。再开膛出五脏，截寸而沽。百姓买得，和烧酒生吞，血流齿颊。
到了夜里，袁崇焕的头颅在刑场，他的佘姓部下趁夜盗取头颅，埋在现在东花市斜街52号院内，还交代子孙不必再回岭南原籍，世世代代在这里守墓。
钱龙锡的罪名确凿无疑，袁崇焕罪名一大堆，不少模棱两可对错难辨，后人深有歧义。仁者见仁，智者见智，袁崇焕是否罪有应得争论不休，乾隆皇帝都参与进来，极力为袁崇焕翻案，宣称袁崇焕是忠臣，没有谋款（通敌议和）。他公开声称：袁崇焕督师蓟辽，虽与我朝为难，但尚能忠于所事，彼时主暗政昏，不能罄其忱悃，以致身罹重辟，深可悯恻。”
至此，袁崇焕彻底翻案，袁崇焕所有指控都有了新的说辞：
“托付不效”变成了“但尚能忠于所事”；
“谋款不战”变成了“会我大清设间……帝信之不疑”；
“纵敌长驱，顿兵不战，援兵四集，尽行遣散”变成了“千里赴救，自谓有功无罪”；
“谋款则斩帅”变成了“魏忠贤遗党……为逆党报仇，见崇焕下吏，遂以擅主和议、专戮大帅二事为两人罪”。
整个案情惊天逆转，袁崇焕由卖国误国的罪臣变成蒙冤的忠良。
袁崇焕确实蒙了不少冤，但矫召斩帅一事袁崇焕自己公开上书皇帝承认是他干的。满洲殖民头子乾隆帝居然替他狡辩，当真是非不分胡说八道。
乾隆帝称袁崇焕“尚能忠于所事”。他忠于什么事？矫召斩帅是忠于所事？搞乱皮岛是忠于所事？中原百万同胞饿死，皮岛饿死军士无数，他将军粮卖于蒙古是忠于所事？坐视满洲殖民军逼降朝鲜是忠于所事？大肆要饷要粮迫使朝廷加派辽饷逼反百姓是忠于所事？袁崇焕复起后除了拿朝廷的钱打造私军和北京城外大战之外他什么好事都没有干。
殖民头子乾隆帝那句：“魏忠贤遗党……为逆党报仇，见崇焕下吏，遂以擅主和议、专戮大帅二事为两人罪”。这一句话纯属放屁。魏忠贤垮台之时袁崇焕正在家“养病”，完全是崇祯帝和东林党所为，同离京师好几千里袁崇焕一点关系都没有。袁崇焕被杀是受钱龙锡连累，真不知道满清殖民头子乾隆帝是从哪儿考证出这层关系的？
袁崇焕身为前敌总司令，擅自杀害毛帅的罪行在法律层面上是死罪。作出错误的军事布署，导致敌国绕道入关，明朝遭到重创，数百万人被杀。这么大的战败罪责，那个朝代都要被问责处死。
钱龙锡，袁崇焕，勾结害死毛帅，绝对的同案犯，甚至算得上是主谋，公正审判就算不凌迟也得斩立决。
就算是阉党遗党报仇也是：“魏忠贤遗党深恨东林党魁钱龙锡，见袁罪重，揭发二人罪行，致袁钱同日殒命。”
乾隆帝还在史书对袁崇焕案作总结：“崇焕妄杀文龙，至是帝误杀崇焕。自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。”
这些话处处语病，根本无法理解：
依法律，胡乱杀人者偿命（不顾民族大局的情况下罪加一等）。袁崇焕杀害毛文龙大帅已经身犯死罪。他杀害毛文龙的手法是“矫召斩帅”，即假传圣旨。依照封建法律那是仅次于谋反的大罪，诛三族都是轻的。两条死罪加在一起又何来“误杀崇焕”？很显然自相矛盾。
“自崇焕死，边事益无人，明亡征决矣。”这段话更是不实，直至明朝灭亡，满洲也未能攻破山海关，只能从蒙古绕路，可见“边事益无人”完全不对。如果按对的理解，导致满洲入寇中华的袁崇焕自私自利鼠目寸光，更应该列入不是人的行列。
乾隆帝对袁崇焕的推崇无以复加，所有不利之言尽数删改，甚至袁崇焕的容貌都全面升级：
大学士钱龙锡见到袁崇焕下狱，担心他把自己为供出来，为给自己推卸责任，决定落井下石迅速弄死袁崇焕灭口。
他在给崇祯帝的折子中称：“崇焕初次陛见时，臣见其容貌丑陋，退谓同官，此人恐难胜任”。这个折子在《崇祯长编》里有记载，钱龙锡敢和皇上这样说，说明袁崇焕的丑大家都认可，那么到底有多丑呢？
明人张岱在《石匮书后集·袁崇焕列传》中称：“袁崇焕短小精悍，形如小猱，而性极躁暴。”就是说袁崇焕个子很矮，长得像猴，性格暴躁。
如今广为流传的袁崇焕画像皮肤白皙，容貌俊美，但画像上却写明画像作于乾隆戊寅年。乾隆年间的人如何得知袁崇焕相貌？就算考证史书上述的记载怎么视而不见？以此可见沐猴而冠的满清编写的《明史》多么不靠谱。
如果乾隆不是骑在汉族头上的殖民皇帝，完全以国家暴力推行自己的理念，强迫人们相信袁崇焕是好人，他那些前后矛盾的歪理邪说根本说动不了任何人。如果乾隆的工作是律师，相信他打不赢一场最小的官司。
被袁崇焕连累了的兵部尚书王在晋的话最是简单直白不留情面：“‘毛文龙径袭辽阳，旋兵相应，宁锦之围解，文龙与有力焉。’此出于崇焕自陈，剧称毛牵制之功，则文龙何可杀耶？文龙杀而虏直犯京城，明知而故悖之，崇焕之祸，其真自取耳！”
张廷玉理智而委婉：“崇焕智虽疏，差有胆略，庄烈帝又以谗间诛之（袁崇焕能力低下智商有限，有些胆子，崇祯帝中反间计将他杀掉）。”
《三朝辽事实录》说：“崇焕得信心行事，中奴之诱，先杀毛文龙除奴肘腋之患。己巳，虏遂从蓟镇深入薄都城，舍山海而以蓟、宣为屡犯之孔道。向使崇焕不使吊通奴，西夷必不叛，夷不叛则西路不可行，不杀岛帅，则奴顾巢穴必不敢长驱而入犯！”
没有无缘无故的爱，也没有无缘无故的恨，满清殖民头子乾隆帝为什么要给袁崇焕翻案？据我推测原因可能有两个。
第一个是满清殖民王朝发展到乾隆年间已经彻底消灭汉人的军事力量，统治已经稳固。在这种情况下，乾隆帝为进一步巩固殖民统治，掩盖民族矛盾，瓦解汉族反抗意识，强化奴隶思想，他需要大力表彰明末清初抗清遇难的明朝官员展示自己大公无私。
由此可见乾隆的出发点是吹嘘忠君思维，糊弄汉人向他效忠，而不是还历史人物清白，借以论功过，所以被推上神位的人物是谁不重要，对错不重要，重要的是有这么个人。
在明朝末年，殚精竭力保家卫国抗击满清侵略的汉族英豪大有人在，比如，孙承宗、熊廷弼、毛文龙、孔有德、袁崇焕等。
那些人有的因为战败去职忧虑而死，有的令满清创巨痛深恨之入骨，更有的投靠满清建功立业。
忧虑而死的孙承宗有些窝囊，形象不够深刻鲜明；
令满清恨之入骨的毛文龙更加不能列入选项；
投靠满清的没有做到君叫臣死臣立即就死，不该死也死的孔有德他们有强烈的自主思维，是反抗奴隶精神的典型，赞美他们有蛊惑臣子独立思考继尔反抗皇帝错误的嫌疑，干脆列入《二臣传》当反面教材。
这样一来出身好，功劳大，名声响，罪孽重，死得惨的熊廷弼、袁崇焕脱颖而出。二选一的时候我推想的第二个原因就显示出威力。