1856年8月以后，中华大地上，清廷与英法进行第二次鸦片战争，太平天国天京事变王杀王，捻军与清军在安徽展开血战，湘军攻陷武昌后围攻安庆，各方大战让魏宣武顺利夺取河南全省并大力经营。
进入1857年，石达开回天京辅政，派古隆贤麾下书办王文德潜入河南开封，找到魏宣武，封其为天朝讨虏正将军，从王文德口中，魏宣武听到了罗大纲的死讯，不禁扼腕叹息。王文德还告诉魏宣武，因古隆贤是韦昌辉一系将领，早年间起义时魏宣武就是跟从韦家参加太平军的，起义以来，先在童子军后跟杨权当探子，一直都是白身，所以石达开仅封了魏宣武一个六等正将军之职，就这还说是破格提拔。“张乐行一块像样的地盘都没有，还搞了个北征主将，宣武打下河南整个省，只得个将军。”王文德很是为魏宣武抱不平，魏宣武微微一笑，嘴上说：“没关系，今后立了功，天王自然就会重视我等，那时封赏还会少吗？”心下却不以为然，天国经此一乱，其精锐广西老兄弟遭到大量杀戮，可谓元气大丧，到时凭借实力，何愁天下不得，岂在乎区区主将之职。从此魏宣武只向天朝要钱粮军械等物资，不理会石达开调令向太平军各战场发一兵一卒。
年初捻军基地雉河集再次失守后，张乐行带队向淮南进发，于三月初与太平军陈玉成、李秀成部汇合，受封为“征北主将”，从此，捻军一律蓄发，改换太平天国旗帜。1857年初捻军受挫，袁甲三得以抽调兵力进攻河南。袁甲三调都统穆腾阿部、开归总兵那图部、南阳总兵邱联恩部、开封知府刘成忠团练兵、安徽候补道台游敬堂团练兵、江苏常州候补知府苟权团练兵归河南布政使瑛棨指挥，总兵力达六万多人，集结于安徽颍州府毫州，从毫州向归德府商丘、永城发起猛攻，留都统武隆额部与河北总兵崇安部及其余团练兵继续追击捻军，自与副都统伊兴额带马队二千多人在柘城地主方步蝉、宁陵地主张旺业、杜辉、崔永元的配合下着太平军服饰从毫州间道绕过柘城拿下宁陵，击商丘之后。关保接到探子营密探报告，不禁惊出一身冷汗，忙命柘城县传教、县长、统领密捕方步蝉，聚集该县各乡村屯垦兵数万攻击袁甲三的假太平军，另命宁陵县传教、县长、统领镇压张、杜、崔三人的叛乱武装，又命任三应带骑兵营火速增援柘县。袁甲三和伊兴额的马队遭到柘县太平军的围攻，正组织抵抗间，任三应的骑兵杀到，清兵不支大溃，参领济泰以下战死多名军校、骁骑校、正副尉等，袁甲三在伊兴额的拼死保护下才突出重围，向亳州落荒而去。河南布政使瑛棨的各路清兵在商丘、永城遭到地方太平军的顽强抵抗，关保调集三卒精兵，集中火力，先击溃了进攻商丘的穆腾阿、邱联恩部，然后侧击围攻永城的瑛棨、那图等大队清兵，清兵大败，江苏常州候补知府苟权、副将周得功战死，其余都司、游击、守备、千总、把总战死者甚众。此战，清兵伤亡二万余人，被俘一万多人，丢弃大批枪炮军械物资，袁甲三收聚败兵于毫州，不敢再战。
石达开闻讯，又派王文德前来，加封魏宣武为指挥，同时带来银票十万两和典炮衙、铜炮衙、铅码衙、红粉衙七、八名工匠。张乐行带队与太平军在淮南会师后，接连取得胜利，袁甲三不得已，又调大队清兵去淮南剿捻。这时，余炳焘求见。袁甲三知道余炳焘被俘，这时来见必有故事，于是急忙请进书房。余炳焘被俘后，魏宣武等人以天道教感化，尤其顾嘉蘅，带着余炳焘看了太平军治下的河南，余炳焘再看到新黄河道的疏通、河道两岸堤坝的整修加固，以及各处水利的兴修，不禁叹息，清廷根本做不到的事情，太平军竟然做得这么好，于是余炳焘也加入了天道教，这次是受魏宣武之托，前来与袁甲三谈招安的事。袁甲三本就偏向于抚，以前就曾竭力招抚过张乐行，现见魏宣武派余炳焘主动要求招安，还是在自己新败之时，当下就应允了，参考了余炳焘带来的条件，就拟了折子，五百里加急送往北京。这时的咸丰，正被太平天国、捻军、英法联军、各地天灾搞得焦头烂额，前闻袁甲三大败，斥责的旨意已拟好正准备下发呢，袁甲三的折子来了，咸丰看了大怒，原来魏宣武在豫陕甘总督、河南陕西自治等之外，还狮子大开口要求清廷拨饷银二百万两、黄河治理费三百万两，为了平洪杨及捻等，咸丰现在已是库底朝天，十万两白银都难拿出来，如何能拿出五百万两，当下驳回袁甲三的折子，命其与魏宣武仔细协商再明白回奏。袁甲三不敢怠慢，请来余炳焘相商，余炳焘回报魏宣武，魏宣武改为求任豫陕总督，部下各官各有封赏，清廷出饷银二万两、河道费用一万两、粮食五十万担、布十万匹、棉花二十万斤、洋枪五百支、1000斤洋庄炮二十门、劈山炮一百门、枪弹一万发、各类炮弹五千发、火药十万斤、盐十万斤、各类药品若干，还允许魏宣武自费向国外购买军火物资，聘请洋人教习技师等。咸丰接奏，准了，但是要求三个月后魏宣武必须全军出击，攻打捻军和太平军。魏宣武接受了，1857年4月，魏宣武接受清廷豫陕甘总督封号，改太平军为清军，运回所有物资，派人到上海、广东等地与洋人接触，购买军火和机器设备。
这边，在石达开的指挥领导下，太平军在安徽、湖北两省屡战屡胜，并顺利解除武昌和九江的围困之局。太平天国的军事形势日益稳定，石达开的个人威望也达到了最高点，这引起了洪秀全的猜忌。洪秀全加封自己的兄弟洪仁发、洪仁达为王，抑制石达开，又把他留在天京城，企图剥夺他的军政大权。石达开不堪忍受，最终在咸丰七年（1857年）五月，率众多将领和数万太平军出走天京，并布告天下说明自己出走原因。石达开一走，太平军兵力骤减，各处空虚，魏宣武趁机派王文德回天京，密见洪仁发表示要反正回归天国。洪秀全正在慌急，听洪仁发说魏宣武主动来降，大喜，当下封魏宣武为平豫主将、豫天福，赏军饷银票一百万两，各衙工匠十五名。魏宣武又求石达开安庆造船厂工匠，洪秀全竟全部送了。
经过在清廷、太平天国之间周旋，魏宣武大发其财。