在世界上几个地区都各自结盟之后，两个月后，在陈明的指挥之下，由三号仿生机器人带着暴鲤龙敖鲤、
巴大蝴蝴韧、耿鬼耿慎等神兽以及冠军级训练家十人、天王级训练家二十人，其他等级的训练家不等，乘坐暴鲤龙战舰，从橘子群岛方向进行。
同一时间傀儡胡地、千里、达马岚、吴狄带着十位冠军级训练家、十位天王级训练家，其他等级的训练家不等，乘坐巨沼怪号，从成都地区开始进攻。
与此同时陈明让二号仿生机器人，带着十只神兽，坐上装有和平武器的潜艇，随时准备对击沉卡洛斯、合众、伽勒尔派来的支援。
橘子群岛外面，被陈明治好的海之神洛奇亚与八十六级的暴鲤龙在橘子群岛的海面上等待着快龙家族的巨大快龙。
八十五级的烈咬陆鲨与八十五级的巴大蝴蝴韧也在橘子群岛等待着各自的对手而来。在这个世界里，有些时候一只高级神兽就能影响一场战斗的结果。
面对暴鲤龙与洛奇亚的联手，那只巨大快龙根本没有余力能够照付关都地区的人，御龙家族仅剩的那只八十四级的快龙被烈咬陆鲨与巴大蝴蝴韧给挡住。
在两只快龙被挡住的情况下，八十五级的喷火龙、八十五级的水箭龟、八十五级妙蛙花被八十五级的土台龟、烈焰猴、帝王拿波给挡住，
大木博士的八十三级的袋兽被八十四级的怪力给挡住，紫苑家族的八十四级的耿鬼被陈明的八十四级的耿鬼给拦下。
另一边的成都地区，御龙家族带着紧急培养出来的八十二级的暴鲤龙、八十二级刺龙王，八十四级的大竺葵、火爆兽、大力鳄，
八十六级班吉拉斯面对八十五级的蜥蜴王、火焰鸡、巨沼怪、波士可多拉，八十四级的请假王、八十六级的巨金怪。
大海上，当其他几个地区全部派出神兽来支援关都地区的时候，陈明二号仿生人不断使用潜艇上的导弹，在击沉他们的潜艇后，放出水系神兽与他们展开攻击。
神奥地区与关都地区这场战斗一打就是十年，之所以这场战斗要打十年，是因为陈明发现有一级神兽（九十级以上）在密切关注这场战斗，固拉多、烈空座、盖欧卡、梦幻、超梦、凤王等等都在关注。
另外一个原因也是因为处于在激战之中，在陈明提供足够的资源的情况之下，他的所有神奇宝贝的实力都飞速上涨，十年多的时间过去了，陈明已经亲自培养出十八只具备各种属性的神奇宝贝。
同时在这十年之中，陈明将整个神奥地区翻过来，终于寻找在一块石头中找到阿尔宙斯血液。
通过这些年对血液、十八块石板的不断的参悟，以及结合伊布身体结构，梦幻留下的基因样本，
陈明推导出一副能够容纳十八种力量的躯体，并且借助各系神兽的能量，收集到各系精纯的能量，
用这些精纯能量形成的宝石外加其他的天材地宝，创造出一具类似阿尔宙斯躯体。陈明给其命名为混沌。
就这样趁着双方进行休战的时候，陈明拿出十八个具有陈明灵魂力量的宝石神兽，将宝石之中的灵魂力量同时注入到混沌的躯体之中，
同时陈明将自己体内的上丹田的灵魂金丹，中丹田的生命金丹，下丹田的血气金丹全部注入到混沌的躯体之中。
在失去三颗金丹之后的陈明瞬间就苍老了五十多岁，不过混沌的躯体在容纳三颗金丹之后，身体开始散发出一丝丝的生命之力。
在注入三颗金丹之后，陈明的大部分的意识已经转移到混沌的躯体之中，在察觉到混沌的身体还是有一些问题之后，
陈明控制混沌的身体，进入到异空间开始吸收虚空之中的能量来提高自身的实力。在虚空能量的帮助下，混沌的实力从开始的零级，飞速提升到八十九级，
在八十九级的关卡上，陈明将混沌体内的三颗金丹完全破碎，将金丹中蕴含陈明的精气神与混沌的躯体完全融合，在这种情况之下，陈明的等级顺利突破到九十三级。
看到实力不会再提升之后，陈明撕开空间裂缝，来到了具有小部分灵魂的人类肉身的身边，
给肉身注入到五百年的寿命之后，陈明就缩小成为一颗宛如原子大小的球，进入到肉身的脑海之中。
在已经顺利突破到九十级以后，陈明也就不再隐藏神奥地区的实力，直接放出神奥地区所有的神兽，让他们进攻关都、成都地区。
当合众、卡洛斯、伽勒尔地区得知陈明这个举动之后，纷纷动用了各个地区大部分的神兽，准备进攻神奥地区，
但是就在他们一路顺风到达神奥地区的本土上之后，被混沌陈明随手一击的精神强念就全部给打昏了过去。
在收服这些神兽之后，陈明只是稍微露出了一丝丝混沌陈明的气势，就将他们给全部收服，
在得到这些神兽的帮助之下，关都地区直接被陈明给清除干净，所有御龙家族、大木家族、紫苑家族、
喷火龙纪家等家族全部被灭，所有与他们几家有关系的神奇宝贝全部被封印实力，等待他们的只有是联盟的审判。
在处理完关都、成都两个地区，其他几个地区也都阻挡不了陈明的脚步，一个接着一个被纳入到陈明帝国的控制范围内。
在做完这一切之后，原本陈明还准备去探索九个地区之外的迷雾之中的世界，但是就在混沌陈明进入到迷雾当中的时候，
陈明看到了阿尔宙斯遗留在迷雾当中的文字，通过这个文字，陈明了解到现如今的阿尔宙斯在其他的维度继续开辟着宇宙，
迷雾的对面是其他的世界，现在还没有到各个世界相互碰撞的时候。迷雾被他设下了封印，除非他解除迷雾，要不然谁也无法穿过迷雾。
在知道阿尔宙斯的留下来的消息之后，混沌陈明只能无功而返，回到神奥地区的天冠山上，一边继续培养自己的神奇宝贝，一边参悟法则。