在秦朝初定天下，版图统一之际，秦始皇面对的是如何有效管理和巩固庞大帝国的挑战。丞相王绾等人遵循历史传统，提议恢复西周时期的分封制度，打算将皇子分封至各地为王，以此来加强中央对地方的控制。然而，李斯却持有迥异的观点。他深刻指出，春秋战国时期的连绵战火正是因为分封制所导致的割据局面，唯有实行中央集权，确保皇帝拥有绝对权威，才能避免分裂与战乱重演。秦始皇采纳了李斯的建议，废除了分封制，转而推行郡县制，并委任李斯为丞相，以实现对全国四十郡的直接管辖。
公元前214年，秦始皇进一步开疆拓土，平定岭南，派遣蒙恬北击匈奴，使得秦朝疆域更为稳固。然而，在文化与思想领域，秦始皇采取了一项极具争议的举措——焚书坑儒。
在始皇三十四年（公元前213年）的一次宫廷盛宴上，朝廷官员淳于越倡议恢复分封制，并强调遵循古代先贤的智慧是治国之本。秦始皇并未立即表态，而是将此议题抛给了群臣讨论。李斯对此态度坚决，反驳淳于越的观点，认为一味固守陈规陋习只会束缚新生国家的发展，古人的错误思想可能成为阻碍国家前进的桎梏。因此，李斯强烈要求加强对民众思想的管控，以防多元化的思想引发动乱。
李斯为此提出了三条具体措施：首先，除秦朝官方编纂的《秦记》以外，所有列国的历史文献以及民间收藏的《诗》、《书》等经典着作必须全部销毁，仅允许保留医药、占卜及农耕类实用书籍，逾期不上交者将受到黥刑并强制劳役五年的惩罚；其次，严禁百姓私下讨论禁书内容，传播古训思想，违者处以死刑，同时禁止议论现行政策，如有批评现行制度或提倡复古者亦同罪论处；第三，普通百姓不得擅自研习法律，学习法律须由官府人员指导。秦始皇认同了这一系列严格的思想管制措施，意图借此机会统一国民思想，消除潜在的异见声音。
紧接着，公元前212年发生的一系列事件更加剧了秦始皇对知识阶层的镇压。两位方士卢生、侯生因承诺为秦始皇寻觅长生不老药而得到厚待，但迟迟未能兑现承诺后选择逃离。他们的逃离不仅触犯了秦朝关于欺骗朝廷的严苛律法，还在逃亡途中散布秦始皇的负面言论，这引发了秦始皇的雷霆之怒。秦始皇下令追捕二人，并迁怒于咸阳城内的其他方士和儒生，怀疑他们与卢生、侯生勾结，制造舆论。在严酷审讯无果的情况下，秦始皇下令挖掘大坑，将牵涉其中的共计460名方士和儒生活埋，这便是历史上臭名昭着的“坑儒”事件。
这两起重大事件合称为“焚书坑儒”，其初衷在于秦始皇试图通过强力手段来统一民众思想，抑制旧有观念的复苏。然而，这一举措产生了极其严重的后果：一方面，大量先秦珍贵的文化典籍遭到毁灭，对中国文化的传承造成了不可估量的损失；另一方面，春秋战国以来繁荣兴盛的思想学术活动遭受重创，诸多学派随之衰败甚至消亡。尽管秦始皇企图借此举强化中央集权，却在无意间开启了对知识精英的残酷打压，为中国历史留下了沉重的一笔。