总务部，起初由中留中佐为部长，后由太田大佐兼任。该部是七三一部队本部的综合部门，权力很大，它不仅负责整个部队的财务管理、生产计划、人事分配，而且更重要的是直接与宪兵队联络和接收作细菌试验的人。
训练教育部，起初由园田大佐任部长，后来由西中佐接任部长。这个部专门负责培训从事细菌研究、生产和使用细菌武器的专业人才。据资料记载，仅少年队员的培训就进行了四期。
资料供应部，由大谷少将任部长。这个部负责各种器材、设备的供应。
诊疗部，由永山大佐任部长。这个部负责对细菌传染的预防和鸡脚盆人的疾病医疗事宜。
与各部平行的还有一个石井特别班，由石井四郎的家族人员亲自把持。石井四郎的二哥次男刚男负责\"特别秘密监狱\"的管理，石井四郎的三哥三男负责试验动物饲养的领导工作。
731部队是述鸡脚盆细菌部队的代称。鸡脚盆有七大细菌战部队，分别是:
在东京的陆军军医学校细菌武器研究室。
在哈尔滨的关东军659部队，其设于哈尔滨平房区的本部称731部队
在长春的关东军100部队
在北京的北支甲1855部队
设于南京的荣字1644部队
在广州的波字8604部队
在新加坡的冈字9420部队
陆军军医学校细菌武器研究室
设立于东京陆军军医学校，位于东京新宿，对外称防疫研究室。
关东军659部队
本部设于哈尔滨平房区，对外称关东军队防疫给水部，其本部称为731部队。
关东军100部队
本部设于长春的,对外称关东军兽疫预防部,下设2630部队等。负责人高桥隆犊兽医中将和松有次郎兽医少将。
北支甲1855部队
本部设在北京的天坛公园西门南侧的神乐署，原国民党中央防疫处，对外称华北派遣军防疫给水部，后称第151兵站医院。
1855部队部长初为黑江，后为菊池齐。1939年，西村英二继任。下设三个课:
第1课设于协和医学院，从事细菌(生物)战剂的研究
第2课设于天坛公园西门南侧,从事细菌生产。
第3课设于北海旁北京图书馆西，为细菌武器研究所
此外，在济南、天津、太原、青岛、郑州、开封、郾城派驻支队等。
荣字1644部队
本部设于南京，对外称华东派遣军防疫给水部，在上海、南京、岳阳、荆门、宜昌等地派驻12个支队。
波字8604部队
本部设于广州， 对外称华南派遣军防疫给水部。
冈字9420部队
本部设于新加坡，对外称南方防疫给水部。
鸡脚盆细菌部队在龙国境内有五大部队，63个支队。
731部队行径只是帝国陆军在占领满洲期间(从1931年到第二次世界大战结束的1945年)犯下的许多战争罪行之一，在这期间，1500万龙国人，高丽人，东南亚的平民，太平洋岛上居民和联军俘虏被杀害。
731部队的前身，是石井四郎于1932年在龙国东北哈尔滨市郊的背阴河设立的东乡部队，该部队最早的开始进行了在国内无法进行的人体实验。
1932年, 石井四郎率部队修建中马城，在哈尔滨市郊的监狱。1935年的一次监狱暴动迫使石井关闭中马城. 石井到离哈尔滨更近的平房区重新设立一个新的设施。
673部队在黑河孙吴县建立细菌实验基地，包括动物饲养、制菌室等300间建筑。
活体解剖 - 一个代号为\"马路大\"的特别项目进行人体试验:受试验者从龙国的住民中抓来，也被称为\"木头\" (丸太)
手榴弹试验，用人在不同的距离和位置进行手榴弹试验
冻伤试验 :冻伤试验资料为北支那防疫给水部专业人员与驻蒙军团联合进行的一次野外冻伤试验的资料，题目为《极秘·驻蒙军冬季卫生研究成绩》，资料编成者为冬季卫生研究班，形成年代为昭和十六年三月(1941年3月)。
该资料是细菌与毒气战研究所所长金成民，应横滨市立大学校长加藤佑三先生邀请，受平房区政府委派讲学访问期间，多次单独或与友人一同赴东京神田等地的图书馆及资料馆查阅资料，在一资料室内，发现这部保存较好的资料。
开发落叶剂和细菌弹
陆军中将石井四郎
陆军中佐内藤良一
医生北野政次
柄泽班筱冢良雄
731部队分为8个部和4个支队:
第一部: 在活体试验者身上研究淋巴腺鼠疫，霍乱，炭疽病，伤寒，肺结核。一个容纳300人左右人的监狱为这个目的建造起来。部长菊地齐军医少将。下设:
笠原班(病毒):研究滤过性病毒及当地风土病。班长笠原四郎军医大佐
田中班(昆虫):研究昆虫。班长田中英雄军医少佐
吉村班(冻伤):研究治疗冻伤的有效方法及航空医学。班长吉村寿人陆军技师
高桥班(鼠疫):研究鼠疫。班长高桥正彦军医少佐
江岛班(赤痢):研究赤痢及血清学。班长[[江岛真平]陆军技师。
太田班(炭疽):研究炭疽，班长太田澄军医大佐
凑 班(霍乱):研究霍乱。班长凑政雄陆军技师
冈本班(病理):研究病理、活体及死体解剖。班长冈本耕造陆军技师
石川班(病理):研究病理及制作人体组织标本。班长石川太刀雄丸陆军技师
内海班(血清):研究血清、开发疫苗及实行细菌战时当友军感染后对症疗法。
田部班(伤寒):研究伤寒。班长田部井和军医中佐
二木班(结合):研究结核菌。班长二木秀雄陆军技师
草味班(药理):研究药理、毒剂的化学结构。班长草味正夫药剂少佐
野口班(斑疹伤寒):研究斑疹伤寒。
肥之藤班(炭疽):研究炭疽，班长肥之藤信三。
碇班(炭疽):研究炭疽。班长碇常重
在田班(x光):研究x光等其他放射线。
特别班:负责特别秘密监狱的管理和实验动物的培养，负责人石井刚男和石井三男。