慈爱的女神女娲，创造了各种神兽，借着它们的不同能力帮助世人，令世界变得更美好，人与兽之间和睦共处。可是，野心勃勃的元始天魔一心想要统治所有人类，便派出手下天地盟主将所有神兽变成凶恶的魔兽，为祸世人。四城之一的南宫城大少爷南宫问天得到一只能化身神兵的天晶兽，手持天晶剑一路击败魔兽，而妹妹南宫问雅则能将魔兽净化、驯服，变回善良本性的神兽。
问天与同伴一同打败了天地盟主，逐一解放受害城镇，令玉龙国恢复和平。然而，野心受挫的元始天魔，召唤出了更厉害的部下——玄天邪帝，前往侵略玉龙国的姐妹国——玉岛国。
玄天邪帝的魔兽能变身成魔兵蛛魂，也拥有令神兽魔化的力量。玉岛国迅速沦陷，玉岛国的女元首迫于压力之下只得向玉龙国求救。
岂料阴差阳错下，问天兄妹首先抵达玉岛国，再续救世助人之旅。最后，问天等人成功把邪帝唤醒感化，终止了战祸，大地得以恢复原貌。
大地慈爱的神兽之王――女娲，为了让人类的生活更美好，创造了各种能变化成神兵（拥有神奇力量的兵器）的神兵兽（动物）。借着各种神兵的不同能力，使获得帮助的世人日子过得更愉快，也跟神兵兽共处得很和谐。
想统治所有人类的大坏蛋天地盟主突然出现，利用魔兵兽――虎魄令所有神兵兽魔化成凶恶的魔兵兽，威胁人类。
魔兵兽进攻南宫剑堡，城主南宫逸率玉灵龙之父迎战而不敌，玉灵龙之父竟也被魔化且背叛南宫逸。南宫逸被捕获前，及时把一颗最厉害的神兵兽兽蛋，藉玉灵龙飞行带走，送给儿子问天求救。
问天跟妹妹问雅由三叔带领，代表父亲到民间帮助百姓。问天手上有父亲给予的绿珠护腕，力大无穷；问雅则天生能了解神兵兽的言语，极得动物欢心。
郊区内的神兵兽突然逐一变成魔兵兽，问天遇上四手猴袭击人类，借绿珠护腕之力把他击昏。问雅见农夫伤心，用慈爱去感化土拨鼠恢复良善之心。玉灵龙找到两兄妹，二人知道父亲遇险，决定前往相救。
但奉命追踪玉灵龙的天地盟主的手下凶阎王亦带着魔兵兽赶到，并变化成魔兵袭击问天。
问天的绿珠护腕之力敌不过魔兵兽。危急关头，问天令神兵兽兽蛋――天晶破壳诞生，化成神兵――天晶！问天与天晶将魔兵打回魔兵兽的样子；而问雅则配合玉灵龙，把魔兵兽净化驯服，变回善良的神兵兽。
三叔带着两兄妹及天晶和玉灵龙继续上路，决意打败天地盟主、救出南宫逸，将所有魔兵兽净化驯服为原来的神兵兽！
问天借天晶使出天晶斩，把凶阎王击退。兄妹二人、三叔、玉灵龙和天晶兽继续上路，问天雄心壮志，士气如虹！
西域的西域城被魔兵兽围攻，神兵兽太虚亦变成魔兵兽；西域城主西门豪及时把儿子西门孝由秘密通道送出城外。西门孝为救父亲，决定要找到一头属于自己的神兵兽。