格式塔正式建成，玛丽安过来探望，询问有关雷内的情况。
玛丽安长期从事逐影庭工作，她从雅阁布的话语中找出了漏洞，于是层层逼问下导致了雅阁布长期紧张的琴弦崩溃，向她发了很大的火。
玛丽安随后伤心地离开，雅阁布也为此懊悔了一段时间。
后来，雅各布发现了首字母为R的坎瑞亚炼金术组织痕迹。
雷内昏迷的这段时间，雅阁布一边研究一边主持学会事件，他因对外自信的表现而受到学会的信服。
同时也时常向着昏迷的雷内汇报自己的情况，以寻求内心的安慰。
后来实验陷入瓶颈，结社内部出现了反对声音。
为了维持稳定，雅阁布将这些反对者们作为实验对象。
雅阁布最终完成了雷内的实验，成功将枫丹人化作了最初的纯水，又为这些纯水塑造了形态。
于是并将因二人而半死不活的卡特也提炼了出来，将卡特的意识移入到了一个丘丘游侠身上，是日后的“卡特皮拉”。
卡特皮拉后因纳齐森科鲁兹的缘故而能在外人前呈现孩提的样貌，实际上就是雷内。
雷内跟雅阁布在结社里的威望很高，被成员尊为大师，魔法师，也由此引发了很多令人啼笑皆非的故事。
卡特皮拉便是其中一例，他的诞生有两次，一次是雅阁布为他重塑了形体，一次是纳齐森科鲁兹将他的意识迁移到了丘丘游侠身上，卡特皮拉对卡特的记忆很是模糊。
但雷，雅二人显然对他怀有深深的期望。
卡特实验成功后，雅阁布开始为雷内塑造形态。他用阿兰留下的怀表作为雷内形态的基石，但雅阁布删除了雷内从前失败的记忆，因为他希望雷内能够摆脱这些旧日的阴影，为救世做准备。
雅阁布说：“他将不会记得自己曾经的两次失败，因为这些经历将使他无法超越。他将成为我们理想中的水仙十字。他将迈开脚步，再次远远走在我的前面……他将再次走向未来，在未来当中，会有阿兰与安的一席之地。”
后来醒了的雷内也发现了自己记忆的问题，但对此也不以为意。
于是雷内复活，变更姓名为纳奇森科鲁兹。是日后结社所谓的“大师”。
结社已经吸收了三名探员，获得了有用的技能，并从他们的记忆中发现枫丹廷官方已经对水仙十字结社的存在起了疑心。
结社的人还捕获到了阿兰的机械探测物，发现只要有合适的器官便能移植意识，从而知道了阿兰的最终选择，即机械救世。
对此，纳奇森科鲁兹表示遗憾。
而当知晓终有一天会与阿兰，玛丽安他们对立后，雅阁布罕见地产生了情绪。
阿兰来到了格式塔规劝纳奇森科鲁兹，在被其拒绝后说：“看来我们彼此已经注定无法挽回了。”
随后径直离开。纳奇森科鲁兹唾弃着他的无知，但内心也承诺在未来给予他与玛丽安一席之地。
对结社的清算已经迫在眉睫，纳奇森科鲁兹派遣几乎了所有结社成员去往厄里那斯，以争取时间。
彼时，结社事件正式引起了那维莱特重视。
在得知结社众人可能复活厄里纳斯后，沃特森或其他探员火速汇报给那维莱特的，彼时对结社的清算按常理应是以秘密进行，一网打尽为主。
但纳奇森科鲁兹显然预料到了这一情况，他让几乎所有结社成员进驻厄里那斯显然是为了混淆视听，拖延时间。
因为厄里纳斯的赫赫威名，那维莱特等也不敢对赌纳奇森科鲁兹是否就在此列，只能尽快全力镇压，那维莱特派遣逐影庭进行镇压。
在厄里那斯体内爆发了一场决战，原水精灵，雅阁布，结社成员，阿兰，玛丽安以及逐影成员互相厮杀，期间有人引发了大爆炸。
爆炸的碎片扎进厄里那斯的血肉，于是诞生出了美露辛。
厄里纳斯镇压期间，纳奇森科鲁兹投身进了原始胎海之水中，消弭在了水中，等待日后雅阁布对其的复活。
在临别前，雷内回首往昔，对着脑海中的阿兰，也是自言自语，说：”是啊，我不会怨恨。我明白，你不曾见到我曾目睹的景象。”
“所以你才会想阻止我。群星之兽会将世界的胎水饮尽。”
“在那之后又是百年，地表所有的生命都将被抹去。”
“我一定会归来拯救所有的灵魂。无论是十年、百年也好，我将作为新的宇宙诞生。“
幸存的结社成员大多被逮捕判刑，雅阁布，阿兰活了下来。
雅阁布不再爱哭，仍在暗处继续着雷内的计划。
阿兰奉令开始对格式塔进行查封，但阿兰也只是翻阅了这里的笔记，在弄清大概后便径直封闭了格式塔，此后再也没有来过。
阿兰在跟那维莱特签署了对结社的定案后就离开了逐影厅，主持能源研究，他的余生不再与任何人亲近。
阿兰后半生推动建立动能工程学院，他也因此二事被赐爵奇械公和护国公，老年退休后更是再也不见任何人。
当玛丽安第一次被贝瑟牵着手带入水仙孤儿院时，彼时的院长给了她一个湿漉漉的拥抱。
怀揣着玛丽安弥留的意识，红皇后莉莉丝最后一次回到了孤儿院，将“时间”凝成的水滴留下后怀抱着院塔化作了结晶。
后来，水滴中诞生了一个更为纯粹的小生灵，她的名字叫做“安”。
同时期，那维莱特正式进行改革，沃特林是他当时的主要助手。
后来，那维莱特接纳了美露莘卡萝蕾的请求，第一次接纳美露莘作为逐影庭成员。
沃特林对卡萝蕾的态度总是嘴硬心软，他们作为搭档破解了枫丹廷许多棘手的案子。
又五年，美露莘族逐渐被枫丹接纳。那维莱特于是授予沃特林和卡萝蕾以和平勋章。
提尔贝特和索维格莎等，是当时顽固派的贵族，策划了针对卡萝蕾的栽赃命案，之后着手制造恐慌，想要逼迫那维莱特承认错误以做出让步。
示威活动此起彼伏，枫丹警备队被愤怒的民众拦下，没法第一时间介入。
同期，卡萝蕾自焚明志。
沃特林从下属拉斯蒂涅那里得到了策划成员的名单，在杀死参与者后被逐影庭逮捕。
那维莱特说：“个人的正义并不等同于律法的正义。沃特森为了完成复仇，滥用职权、设立私刑，所作所为完全与律法相背离。因此有罪。”
那维莱特的判决与谕示裁定枢机判决一致。
沃特森在梅罗彼得堡期间，建立了互助会，直到今天也没有解散。
雷内事件后，阿兰继续进行着机械工程的研。后来枫丹再一次涨潮，淹没了枫丹科学院。晚年的阿兰便依靠自己奇械公的身份，推动建立了枫丹动能工程科学院，院在伊黎耶岛以北。阿兰出任第一任院长。
科学院竣工，为纪念自己的妹妹，阿兰便在伊黎耶岛南建立了玛丽安公园，花园与工程学院隔海相望。
随着雷内事件玛丽安的身死，阿兰愈发孤僻，最终辞去了院长职务，选择了隐居。阿兰在雷内死后仍继续自己的发条机关研究，但他到死也没有踏出灵魂附着机械这一尝试。