事后，重伤昏迷的绫波丽和凉波琴音被紧急送往NERV本部的医院进行抢救，同时NERV派人清理了现场，并尽可能搜集线索。鑫记酒店倒塌得十分彻底，许多有价值的线索都化为乌有了，然而当NERV的人调查到参森与单眼蛇的同伙战斗的那间厨房时，只发现了松坂由乃的尸体，而关住黄长濑九的那座锅炉却从中间裂成了两半，里面空无一人，水全洒了出来，地上还有人逃跑后留下的脚印……
单眼蛇西岛美弥弥的尸体在酒店隔壁那栋烂尾楼的楼道里被发现了，真嗣说她是被那个跟踪过他、绫波、还有明日香的黑衣蒙面人射杀的，于是此人被NERV谍报部列为重点侦察对象。宝拉被日本警方逮捕后，就移交给了美国政府，就她暗杀美国总统的罪行提出指控。至于加贺鸫，她在酒店倒塌后就不知去向，警方想对她进行通缉，但参森拒绝指控她，还为她被诬指为暗杀美国总统的凶犯为她开脱，这让所有人都感到不解。
“总之，能够平安无事的回来就好……”新歌舞伎町的一间居酒屋里，鱶尾信吉正和刚刚回来的参森在一起聚餐，这会儿已经是傍晚，第三新东京市刚刚解除了使徒警报，市民们又恢复了往日的生活，因此大街上车水马龙，人来人往，充满了生气。
“谢了…”参森喝了一大口苦茶，接着说，“对了，我听说使徒已经被真嗣他们打倒了，还保留了完整的样本。”
“是的，赤木博士对此大为赞赏，下一步她准备对使徒样本进行全面解析。”鱶尾告诉参森NERV的下一步计划。
“嗯…”参森的表情变得严肃起来，他小声对鱶尾说：“另外我还听说，这次胜利的代价相当高昂，初号机和零号机这两台机体都遭受了重创…”
鱶尾认真的点了点头，说：“不仅如此，NERV中还混入了内鬼捣乱，碇家少爷这次险些遭到毒手！”
“葛城一尉已经告诉我这件事了，请问具体情况是怎样的？”参森这次来见鱶尾，也是想趁机从他那里打听一下看有没有什么线索，他怀疑此次事件与EVA驾驶员们收到恐吓信有关。
听了参森的疑问，鱶尾打开放在自己身旁的包，从里面取出一个自制的扁圆形装置放在桌上让参森看。
“这是我在EVA初号机插入栓的外壳上找到的，似乎是某种磁性传感装置…”鱶尾把自己对这个装置的分析告诉了参森，“它能屏蔽NERV司令部与插入栓的连接，并黑入插入栓的控制系统获得访问权，然后用一种独立信号远程遥控插入栓改变栓内LcL的浓度使其达到最达值，这样驾驶员就会在几分钟之内死于断氧！”
“真够卑鄙的！”参森感到头皮发麻，“这东西究竟是谁做的？”
“不知道…”鱶尾表示他也搞不清楚，“不过我可以拆解它，然后分析它的配件的出处，再顺藤摸瓜找出采购这些元件的人的身份。”鱶尾表示这是唯一的途径。
“拜托了！”参森意识到对方极有可能再对EVA驾驶员出手，现在绫波丽等人的处境可以说相当危险。
吃完了晚饭，参森辞别了鱶尾，转身乘车回到了NERV的本部，毕竟他刚刚脱险，还未来得及跟NERV的人打声招呼，参森已经给家里人通过电话报平安了，罗杰和芙萝拉听说他平安无事都松了口气。
很快，参森来到了本部的会议室门口，这时他听见里面传来碇源渡大为光火的责备声。
“再有伤害EVA的行为，就给我走人！”源渡愤怒的对真嗣吼道，似乎是在怪罪他操纵初号机切腹杀死使徒的作法。
参森急忙闪到门后，偷听里面人的对话，下一秒里面传来真嗣的声音……
“爸爸才是…”真嗣一开始还结结巴巴，后来终于忍不住发作了，“杀了妈妈的人是爸爸吧！”
“真嗣！”一旁的美里、律子、还有流子都呆呆的看着真嗣，流子是因为有立功表现被美里请来的。
“呃…”听见这话，源渡吃了一惊，一时间竟愣在了原地。
“你以为我没有调查过吗？媒体还有报纸上那么多人都说是爸爸杀了妈妈！”真嗣义愤填胸的说，看样子他之前没少关注过这些。
“自从在莫尔格城看了该城主的经历，我就起疑心了…妈妈消失后，爸爸就像变了个人似的，整天把自己关在这里，不接触任何人，而且总是躲着我，对我一直都是用命令的语气说话……这不明摆着是做了亏心事不敢去面对，然后逃避现实的表现吗？”真嗣把自己的分析说了出来。
“真嗣…”源渡没想到自己的儿子竟能分析到这一步，着实感到出乎意料，但他既没有反驳也没有大发雷霆，只是轻蔑的说了一句：“成熟一些吧！”转身就朝会议室外走去……
“慢着！”见此情景，真嗣忍不住要追上前去，谁知一双手突然从旁边伸出来，抓住了他的衣领将其一把拽了回来，一下子按在了会议室的墙上。
“流…流子……”真嗣惊呆了，只见流子怒目圆睁，两只手紧紧的抓住他的衣领，一副要吃人的样子！
源渡刚走到会议室外，迎面就遇上了参森。
“哦，你回来了…”源渡忽然改变了说话的态度和语气，变得关心起参森来，“没事吧？”
“我没事…”参森叫源渡不用担心自己，但源渡翻脸比翻书还快的表现着实令他不舒服。
“看起来，你们父子俩的关系不怎么样啊！”参森试探着打听碇家的事情。
“以后他会理解我的。”源渡还是一幅轻描淡写的态度，似乎他已经知道结局会是什么样子的了。
“阿丽的事让你费心了，以后也请你能够关照一下真嗣。”源渡一点也不为绫波丽遭到恐怖分子虐待的事情责怪参森，相反还把真嗣也托付给了他，这让参森更疑惑了。
源渡转身离去，参森这才来到会议室门口，正好看见愤怒的流子抓着真嗣的衣领将他按在墙上，于是他停下脚步，想看一看接下来会发生什么。
“你个不肖子孙！仅仅因为得了点势，有了点儿理，就想以下犯上是吧！”流子瞪着真嗣咆哮道。
“我…”真嗣还想辩解，这时参森终于开口了：“真嗣，流子说的没错。”
“参森！”美里和律子见参森来了，顿时转忧为喜。流子这才放下了真嗣，然后把真嗣推到参森面前让他叫训。
“就算那个男人是杀人犯，你也没有资格审判他！”参森语重心长的对真嗣说，“因为第一，你不是审判官，第二，你是他的儿子…”
“对…对不起……”听参森说的有道理，真嗣这才冷静下来，并为自己刚才的行为感到羞愧。
“如果他有罪，自然会有人审判他，你所需要做的，只是尽好你自己的本分就足够了。”参森再次强调这一点。
“明…明白了。”真嗣点头答应了，不知为什么，只要参森一在身旁，真嗣就感到安全。
事后，流子和参森一道离开NERV，走在回去的路上…
“刚才我太过冲动了，希望你能替我向他道歉。”流子对自己刚的不理智行为感到抱歉，“我只是…个人情感丰富了些。”
“这种事情你该亲自去跟真嗣说。”参森觉得以流子的性格，不应该会这么表现。
“其实嘛，这也是我第一次真正喜欢上一个人。”流子红着脸说，她已经被真嗣吸引了，“我不明白这是为什么，但从小到大我的身边不是问题学生，就是一些像满舰饰家那样大大咧咧的人…像真嗣这样的小家伙还是头一次见到。”
“当你真正爱一个人时，你会首先考虑到他的需要并为他委身，这正是你目前对待真嗣的。”参森对流子说，“如果你有感动继续这样，那就不要放弃，也许在一起是你们两个最重的宿命。”
“谢谢…”流子感动的不知道该说什么好了，她向参森告别后，转身跑向了本能字町的方向。
与此同时，在贫民区的一栋破旧的六层小楼内…
“樋口老大，那群熊孩子把咱们的货给毁了！”一名黑社会的小弟向着坐在办公桌前，西装革履的樋口菊世报告，原来真嗣他们在烂尾楼里销毁的毒品是他们的。
“先是国分监狱的大麻园，现在又这样，参森那小子真是走到哪儿都能给我添乱！”樋口咬牙切齿的说，这次他们的损失超过了五千多万円。
“我们要不要给他们一点叫训？”依天这时说。
“不！”樋口表示越是这样，他们越需要隐忍，“我们还是得以大局为重，先按原计划进行下一步！”
“是！”所有人听罢都忙着准备去了。
这天深夜，在远离第三新东京市的偏远山区……
震耳欲聋的机器轰鸣声打破了夜晚的宁静，深山老林里，一扇安装在山体一侧的金属大门缓慢的朝两侧方向敞开，露出了一片明亮的机库，安装在机库前方跑道上的一长排航标灯也同时点亮。机库内，两架深紫色的恐龙造型的巨型机甲引擎马力全开，喷射着热气流慢慢的移出机库……
机甲的下方，一名穿着土黄色作战服，头戴特制钢盔的少女指挥着两架机甲离开机库，来到跑道上。
这时，警报响起，安装在这座基地周边的自动火炮调转炮口，朝着两架准备起飞的机甲开火了，看样子它们并没有收到起飞的命令。
两架机甲无视炮火的攻击，将引擎开到最大，慢慢的离开地面，朝天空中飞去了……