参森扶着绫波丽，回到了NERV总部的医院。无独有偶，绫波所住的病房就跟参森先前住的病房相邻。
二人进入病房，绫波坐回到病床上，随即开始脱自己的校服。
“你在干嘛？”见此情景，参森吃了一惊，急忙问。
“换衣服。”绫波面无表情的回答。
听了绫波所说的，参森先是一愣，接着他马上说：“等一下，这种事情不应该当着别人尤其是异性的面做的！”
“？”听了参森说的，绫波一脸懵圈。
参森二话不说，马上给绫波拉上帐子，然后他转身来到病房外说：“现在可以了。”
说完，参森关上房门，怀着不安的心情看着这间病房。“真想不明白，那个叫元度的家伙究竟给这孩子灌输了些什么！”参森心想。
这时，参森忽然感到自己身旁还有其他人，他急忙转身一看，发现葛城美里正靠在病房旁边的墙壁上站着。
“葛城一尉……”参森有点儿诧异的说。
“阿姆斯特朗三尉！”葛城美里语气冰冷的对参森说，“请跟我来一趟。”
于是，参森疑惑的跟在美里的身后，二人回到了本部的地下基地中。
基地内的通道错综复杂，葛城美里引着参森在基地内七拐八绕，先后换乘了好几部电梯跟垂直梯，最终在一座巨大的外型酷似机库的设施前停了下来。参森抬起头看了一眼印在入口上方的字，只见上面写着“第四收容处”。
“请进来吧。”葛城美里说着打开入口的门，里面一片漆黑。
听了美里的话，参森谨慎的走进了这座设施。葛城美里也跟着走了进去，入口的门便在他们身后自动关闭。
“这是什么地方？”黑暗中，参森警觉的想。谁知，当葛城美里开启了这座设施内的灯后，眼前的一幕顿时让参森吓了一跳。
只见呈现在参森面前的，是一个覆盖着紫色金属头盔的巨形人头，头盔的正上方有一个如同尖角一般的天线状物体，下巴细而且长，让人联想到古埃及法老所佩戴的假胡子。两只空洞的眼睛闪着微弱的白光，脖子以下的身体部分全部都浸泡在一种粉红色的液体中……
“这…这是……”参森愣在那里，不敢相信的注视着眼前的这个巨人。
“是的，这就是E计划的产物，人类制造的终极泛用人形作战兵器，人造人EVANGELIoN.”葛城美里说，“这一台是EVA初号机，驾驶员由碇真嗣担任。”
“人造人！！”听了葛城美里所说的，参森再一次转过身，注视着面前的这个巨人，他的脸色忽然变的可怕起来，“开…开什么玩笑！这明明是……”
“你的表情怎么像是看见了鬼啊？”一个声音传来，引起了参森的注意，参森扭头一看，发现赤木律子正从通道的另一侧走来。
“赤木博士！”参森吃了一惊，连忙道歉：“失礼了。”
“没关系，这台初号机是在极其保密的状态下制造的，第一次见到难免会有些不适。”赤木律子说，“它是我们人类最后的王牌。”
听了赤木律子所说的，参森停下来思考了一小会儿，接着问道：“请问，让这么小的孩子驾驶这样的武器战斗，真的没有问题吗？”
“我们别无选择！”赤木律子摇着头回答。葛城美里则一直紧闭双唇，此刻她又回想起当初真嗣被命令去当初号机驾驶员时抗拒的神情。
听了赤木律子所说的，参森转过头再一次看了看面前的这台紫色的人形机甲，他不自觉的攥紧了手背上有六芒星印迹的拳头。
这天傍晚
夜幕降临，第三新东京又一次亮起了霓虹灯，大街小巷上人来人往，一片嘈杂。
在位于新歌舞伎町的一间饭馆内，一男一女正在喝酒聊天。
“那个不靠谱的mAGI电脑，去它的吧！！”葛城美里喝的面红耳赤，气急败坏的骂道。在她的正对面，加持良治一手端着酒杯，面无表情的在听美里抱怨。
“你不信任那个小兄弟吗？”加持问美里。
“唉，怎么说呢…总觉得把阿丽交给他来照顾让人难以放心！”葛城美里担忧的回答。
“那么把丽交给其他人来照顾，你就放心了？”加持振振有词的反问道。
“哼！”美里皱着眉头，一句话也不说。
“对了，我很想知道，那个神秘的‘岬’究竟在什么地方？”葛城美里突然扯开话题。
“岬！”听了美里的发问，加持的脸色变的严肃起来，他喝了一口酒，然后十分认真的说：“岬不是你该操心的地方！”
“我必须要弄清楚我们的上级，那个名叫Seele的秘密组织的真面目，以及...”葛城美里说，“他们所提出的那个‘人类补完计划’。”
听了葛城美里所说的，加持又拿起酒杯喝了一口，说：“其实，我也不知道。”
此时，在城的另一边
“哐当、哐当……”一辆列车正在夜色中行驶，车上坐满了回家的市民，参森独自一人坐在车箱的角落里，正在前往NERV为他安排的住处。不久前他听绫波丽的主治医生说，丽还需要住院观察一个星期，所以他有充足的时间在这座城市安顿下来。参森仍旧穿着那件他平时一直在穿的深绿色雨衣，只是跟平常不一样的是，此刻他正低着头，表情严肃的在读那本他的随身行李中的破旧的圣经......
“当人在世上多起来、又生女儿的时候，神的儿子们看见人的女子美貌，就随意挑选，娶来为妻……那时候有尼菲林人（Nephilim）在地上，后来神的儿子们和人的女子们交合生子；那就是上古英武有名之人……”
“你在读什么？”这时，一个声音传来，引起了参森的注意。参森抬起头来，只见一个年龄大约35岁左右，留着小胡子的汉子正坐在对面的位置上，用一种好奇的眼神看着自己。那人一身技工的打扮，身上可以闻到一股机油的味道，他的工作服上也有一个NERV的Logo.
“摩西五经-创世纪。”参森说着合上圣经。
“是吗？”那人回答，下一秒他忽然看见了参森右手手背上的六芒星印迹，脸色马上变得严肃起来。
这时，列车抵达了下一站，车箱内的旅客纷纷起身准备下车，只剩下参森和这个神秘的男子留在车上。那人来到参森身旁的位置上坐下，随即对参森自我介绍说：“我叫鱶尾信吉，隶属于NERV技术局二课。”
“参森·阿姆斯特朗。”参森回答，“现担任EVA驾驶员的保护监督主任，军阶为三尉。”
“这么巧，你也是混NERV的！”鱶尾风趣的说。
“嗯，听说住在这座城市里的人，总能找得着活干。”参森回答。
“十五年前的第二次冲击，使得全球气候恶化，地轴扭曲，天灾不断……现如今，全世界只有少数几个城市适宜人类居住，第三新东京市便是排名第一位的。所以今后会有越来越多的人迁来这里，给这座城市带来繁荣和发展，而这里的就业机会也会与日俱增。”鱶尾赞同的点了点头，接着他压低声音，小心问参森：“请问可不可以告诉我，你负责保护的是哪一位驾驶员？”
听见这话，参森立即警觉起来，因为凭着他的经历，这种事情最好守口如瓶，于是他看了一眼这个自称是隶属于技术局二课的男人，摇了摇头。
“没关系。”鱶尾信吉回答，说着他站起身，准备下车。
“对了，还有。”鱶尾临走前提醒参森，“以赛亚书第34章第14节，好好看一看。”
听了鱶尾所说的，参森立即翻开手上的圣经，只见以赛亚书第34章第14节上写道：“旷野的走兽要和豺狼相遇，野山羊要与伴偶对叫。夜间的怪物必在那里栖身，自找安歇之处。”
看着眼前的这段经文，参森用手托着下巴，陷入了沉思……
数小时后，在NERV为参森安排的住所
这是位于地下都市的一栋大厦内的一间偏辟的单人间，房间的位置在走廊的最深处，紧挨着楼梯口。尽管这栋大厦几乎住满了人，但是谁都不会去留意这样一个不起眼的地方。房间里只有一些基本的设施，唯一的窗户被装上了栅栏式的防盗窗，窗外的景色则被林立的悬挂式大楼堵了个严实，只有在几乎垂直的状态下才能看到NERV总部的那个金字塔型的建筑。总而言之，如果用一个词来形容住在这房间里的感觉，那就是“坐牢”。
这天下午
“为什么选择住这种地方？”看了参森选择的住处，葛城美里吃惊的问。
“这里离阿丽住的地方很近，方便我照顾她。”这是参森的答复。
听了参森的回答，美里愁容满面的看着他，一句话也没说出口……
回到现在
此时已经是夜里，地下都市和地上都市一样灯火通明，可由于所在位置和建筑结构的缘故，灯光无法照到到参森所住的房间。房间里，参森躺在床上，面无表情的注视着和NERV的医院病房内的一样陌生的天花板，一会儿，他将手伸进自己的裤兜，从里面掏出一枚银色的肩章，把它举到眼前，看着上面那颗由一个倒置的三角形，七只眼睛，一个苹果和一条蛇组成的奇怪的图案。
“Seele，到底是个什么样的组织？跟NERV又有怎样的关系？”参森看着图案上那个奇怪的单词心想，一会儿竟睡着了……
“啊啊啊啊！！！”一阵强烈的电流电醒了参森。参森睁眼一看，发现自己被铐在一面阴冷潮湿的墙上，手臂伸展，姿势如同被钉在十字架上一般，身上还被接上了许多电极。他赶紧环顾了一下四周，发现这是一间黑暗的刑房！
“呵呵呵呵！”这时，黑暗中传来一个阴险的笑声，参森抬头一看，发现来者是杜立克。
“了不起，挨了瑞文的点穴居然还能活下来！你果然不是一般人，参森！”杜立克一脸狞笑的来到参森面前对他说。
“切，猪猡！”参森咬牙切齿的骂道。
“我本可以取你的性命，但典狱长不同意。她说这样太无聊了，留下你这条狗命反倒可以找点儿乐子！”杜立克说，底气比先前充足了许多。
“哼！”参森马上开始努力试图挣开铐住自己的铁链，但他很快发现自己根本使不上劲，这才明白先前瑞文的点穴对他造成的影响还没有完全消失。
“哈哈，现在狠不起来了吧！”杜立克得意的看着参森徒劳的挣扎。“你最好乖乖的回答我提出的问题，你来这里究竟有何目的？”杜立克继续问参森。
参森还是不回答，只是凶狠的注视着杜立克。
杜立克见参森仍旧不把自己当回事，马上转过身去，对着站在身后控制台前的一名狱警点了点头，那名狱警立即启动开关。
“兹兹兹……”电流又一次通过参森的身体，“啊啊啊啊！！！”参森痛苦的抽畜着。
“回答我的问题！”杜立克命令道。
“呸！”参森一口啐在杜立克脸上。
“好啊！！”杜立克气急败坏的拿出手帕擦了擦脸，随即命令道：“把电压调至十万伏特！”
“是！”那名狱警马上照做，电击变得比先前更强了。
“我叫你不说！”杜立克说着戴上绝缘手套，同时取出一根上面镶着许多倒钩的长鞭，对准参森赤裸的上半身狠狠的抽去！
“啊！啊！……”参森当场被打得皮开肉绽，血一行一行的流下来，染红了鞭子。
杜立克打了老半天，感到有些累了，这才罢手。这时参森全身上下都已经鲜血淋淋了，身上处处是见红的鞭痕，看着令人触目惊心！
“哈哧！哈哧！”参森喘着粗气，他抬起头，依旧是怒目圆睁，却不肯开口。
“你…你真是个怪物！”杜立克见参森都已经被打成这样了还不松口，感到自己低估了这个对手，但他还是不肯死心。于是杜立克转身对那名狱警说：“把参森关起来，饿上七天！看他倒底能坚持多久！”
“遵命！”那名狱警马上照做。
此时，在位于监狱中心的鬼堂院臯月的豪宅内
“哎呦～哎呦～……”狱长室里，东西两个管区的天王浑身缠满了绷带，坐在长椅上不住的哼唧，南天王大鹰志乃正在给他们上药。典狱长鬼堂院臯月仍旧坐在办公桌后，面不改色的在喝茶。
“唉～狮子君，人君，真是太难看了!”大鹰志乃不高兴的抱怨着。
“那…那家伙倒底是不是人？”想起刚才参森给自己的那几下，东天王狮子原苛依然心有余悸。
“跟据我的分析，参森的力量主要来自他右手手背上的六芒星，并且他本人也是力大无穷！”西天王真理人黄泉说。
这时志乃把头转向鬼堂院皐月说：“话说皐月大人刚才看见那颗六芒星时脸色忽然变得好难看，难不成皐月大人知道那颗六芒星的秘密？”
“就是啊，给我们说说嘛!”真理人黄泉也请求道。
听了黄泉和志乃所说的，鬼堂院皐月放下手中的茶杯，摆出一副十分认真的表情，开始讲解起来。