克尔凯郭尔所提倡的存在主义，强调哲学家应探讨现实中人生问题。他反对德国观念专门讲理想的东西，而以为人生最主要的是要很具体地把握住个人的存在，克尔凯郭尔个人对自己“孤独”与“例外”的感受，所以创造出对自己关心的哲学——存在主义。克尔凯郭尔的哲学，可以说是利用最简单的、感性的、我们日常生活里的方法，希望利用普通的、实际的、具体的方法来实现自己的存在，解消自己内心中的苦闷与荒谬。存在指此时、此地、此人的存在，是有血有肉的个人存在。个人存在中有喜怒哀乐，经由喜怒哀乐才能体验到真正人生。语言、理性和逻辑无法揭示每一个人独特的个性，无法揭示人的真正存在。对于后者，只能依靠每一个人本身内在的独特的主观体验。他的个人是一种为恐惧、颤栗、悲观、绝望等消极情绪所支配的个人。这种悲观消极的情绪是个人对自己的生存的最本真的体验。正是这种情绪驱使人采取行动，进行非此即彼的选择。
克尔凯郭尔又有单有理智思考不足以引发行动的观点，这种选择被形容为一种跨跃（leap）。必须有结束这一思考历程的决心，而且这决心必须由激情来产生。形成一个人的自我的这种激情，被他指为个体的内求性（inwardness）或主体性（subjectivity）。最重要的激情如爱情和信仰，并不只是偶然发生的，它们是必须被培育和养成的。克尔凯郭尔明确地把自己的哲学与传统哲学对立起来，特别是把对以黑格尔为代表的理性主义的批判当做自己哲学的根本方向。他认为黑格尔哲学的根本错误在于把逻辑必然性当做实在的统一性的最高原则以及理性和实在的统一性的保证，并由此而陷入了“客观主义”。世界无非是客观精神的必然显露，一切具体的、特殊的存在是这个普遍存在的实例，是这个整体中的某一阶段中某一成分。这样，人实际上失去了自己的自主性和独立性，失去了作出决定和进行选择的可能性，失去了自己的个性和自由，从而也将使自己忘却了对发生的事件责任，取消了个人从伦理上对待自己和世界的可能性。黑格尔哲学是一种用思想整体来牺牲个人、使人非人化的哲学，是对人的地位和尊严的一种蔑视。
克尔凯郭尔的存在主义有两大要义：其一是存在先于本质的理念，其意义是指人的生存是被动的、命定的（人之出生是男是女都不能由自己决定），可是人可以利用自己命定的这种存在，去创造自己的本质。所以人之所贵，并非由于他有一个命定的存在，并非由于他的历史背景、家世，亦非由于他出身的地位，而是在于人有选择改造自己的本质的自由，他如何选择做自己想要做的人，选择自己想要做的事，这就是人的本质。其二是克尔凯郭尔将存在分为三级：
感性存在：感性的存在通常是追求自己的快乐，追求轻薄的人生，追求自己自私的一面，是从维持生命到享乐方面的存在；
理性存在：是一种比较严肃的、尽责的人生，以理性的方法、哲学的方法，解决自己的问题，使自己对别人尽到伦理责任，合于社会道德的存在；
宗教性存在：是一种祈祷和爱的生活，是对神的自觉和崇敬，从而使精神有所寄托的存在。
在克尔凯郭尔一生的最后12年里着述甚多，同时出版了宗教、哲学、心理学，甚至关于幽默的书籍。在西格蒙德·弗洛伊德之前，他还写过一本完全针对焦虑的着作《恐惧的概念》，他在心理学方面的创新思想受到弗洛伊德的赞许。
信心的跳跃
克尔凯郭尔自认是反文化基督教的先知，他极其厌恶黑格尔的思想，认为黑格尔把圣经和先知的正宗基督教扭曲为文化性的基督教。这种文化基督教在他来看根本不是正宗的基督教。在他晚期的着作《讨伐基督教国度》中论到，这种每个人都是“基督徒”的社会，真正的基督教显然已经消失了。
黑格尔对德国和北欧国家的基督教有两方面的影响。首先，黑格尔把宗教与哲学合为一体，把基督教信仰理性化、神学思辨化。其次，黑格尔的国家主义理论适应了国家教会的社会潮流。祁克果对神学思辨化的思想潮流和教会国家化的社会潮流都持强烈的反对态度。所以，他不仅是公认的存在主义哲学先驱，而且被新保守主义尊为先驱。
克尔凯郭尔的信心跳跃是谈到当人面临抉择的时候会引发焦虑，而这种决定是一种跳跃的动作，它无法用逻辑方法来推演。克尔凯郭尔认为人的堕落也是一种非理性的跳跃。然而另有一种跳跃，就是信仰的跳跃，同样不能从处境中推演出来。当人面临致死的疾病或是无法克服的焦虑，信仰却能帮助人克服。
在克尔凯郭尔的理论中，信仰跳跃有三个阶段，但是这些阶段不是时间上的那种阶段，而是包含美学的、伦理的和宗教的，这三阶段彼此间相互联系，无法清楚分开，例如在最后的宗教阶段里，仍不免存在伦理思想和美感。尤其是他认为伦理宗教是具有主观性的，是源于他独特的审美观，而美感却不能用逻辑来推理。而上帝是所有行为与思想的终极前提，因此更无法用推理与逻辑证明上帝的存在。
有关美学阶段是他很值得一提的事。美学阶段的特征是与人的生存扭在一起，他在这里所谈到的美学不是指美学这门课程本身或艺术，而是一种衡量的标准。标准是按照每个人和每件事是否能够满足自己的美学，也就是圣经中描述犹太人对于好的事情或正确的事情，就称这事为善、为美的“美”，这就是属于美学的阶段。因此他曾批评罗马教宗曾醉心于异教风俗与道德败坏的希腊罗马艺术。
在伦理阶段，克尔凯郭尔提出“魔性的”（demonic）这一个概念，是“自我隔离”（self-seclusion）的意思，也就是没有走出自己。跟这种自我隔离的情况相反的是爱，爱可以引导人走出自我隔离的处境，也就克服了“魔性的”。这种爱的特征可以引导到爱的关系。也就是说在伦理阶段中，爱克服了孤立进而产生责任心，而透过责任心就可以达到伦理的阶段。宗教阶段超越了美学的和伦理的阶段，可以分为两种类型“宗教A”和“宗教b”，其代表性人物分别为“苏格拉底”和“耶稣”，两个者的共同之处在于对神的看法上都是存在主义者。
宗教A或苏格拉底的宗教认为真理可以在人的存在中找到，也就是说基本真理存在于人自身之中。苏格拉底想要用辩证法和存在主义把真理从人中召唤出来，他使用两种方式，一种是反讽，这意味透过彻底的追问来探寻真理。另一种方式是产婆术（midwifery）。教师不是单单地直接教导真理，要帮助人们发现存在他们之中的真理，而使本来存在人之中的知识诞生出来。
有论者提出，苏格拉底可被视为人道主义的创立者，这可以被视为准宗教之一，但是苏格拉底并没有转变别人之存在的总体状态，因为这种转变只能在宗教b中才能做到。宗教b认为真理无法在人之中找到，因此，上帝必须从人的外面进入，并对人进行教导，于是上帝以基督的形式进入到人之中。这是另一次的跳跃，上帝借着基督道成肉身产生跨越时间的跳跃。
因为神与人之间有“素质上的无限差异”（infinite qualitative difference），而人类不仅有限，更是有罪的；所以追根究底，人必须借着决心，也就是“信心的跳跃”，以内心的热情拥抱真理。没有信心的跳跃就会变成只有理性的宗教，但是这绝对不是正宗的基督教。