变种人没有直接参加战斗，而是直接朝着地面杀过去，那里是神盾局总部所在地，神盾局所有高层都在那里，只要把那里毁了，米国的最尖端战斗力也就不复存在了。
“站住，什么人？”神盾局守卫见到许多强大无比的家伙出现，顿时紧张起来，超级英雄们都在空中和敌人战斗，这时候却有强敌入侵总部，以区区几百个守卫的能力，根本无法阻挡如此强大的敌人。
绯红女巫拿着一颗勋章来到守卫面前，淡定地说：“我是奉了局长的命令去搬救兵的，这些人是应邀保护总部的，请你们放行！”“好……好的……”守卫立刻打开大门，同时通知里面的守卫撤掉防御，变种人大军鱼贯而入，走在最后的魔形女和蛤蟆拧断了两个守卫的脖子。
变种人大军进入总部，随即分散到各个部门，见到守卫直接干掉，那些普通人根本无法阻挡他们，没过多久，除了指挥室以外的所有地盘都被变种人接管了。
前任局长尼克、现任局长菲尔正在指挥室指挥全局，突然通讯中断了，所有的通讯器都是雪花，无法看到战场上的情形，两人立刻意识到不妙，立刻想要封闭指挥室，但是却悲催地发现，所有的操作都毫无用处，作为神盾局的总部，尼克和菲尔十分重视，拥有最先进的防御设施，还有无数的机关，绯红女巫正是明白这一点，才利用了尼克的信物，迅速占领了总部，把机关都破坏了。
两人大惊，想要逃走，却发现门口被万磁王和x教授堵住了，快银和绯红女巫站在两人身后。
看到这四个人，两位局长的心沉到了谷底，他们虽然不弱，但和这四位交手，只有被秒杀的份，守卫们纷纷拔出手枪，下一秒枪都飞到空中，反而对准了守卫们，吓得一众守卫高举双手投降。
菲尔看着绯红女巫和快银，不甘地问：“为什么？神盾局不曾亏待你们，为什么要背叛？”快银淡定地说：“因为我们是变种人。”绯红女巫继续说：“你们怎么伤害我们的族人的，你们忘了吗？今天，我要为所有变种人讨个公道！”说完一挥手，强大的能量光束射向两位局长……
飞行航母之上，战斗进行得异常激烈，夏宇一人压制雷神、海王和神奇女侠，其他的超级英雄也被忍者村的高手和超级赛亚人围攻，自顾不暇。
神奇女侠被木叶三忍围攻，几次想摆脱对方，都以失败告终，怒道：“你们为什么要给那家伙卖命？他可是毁灭了整个日出！”自来也摆手道：“不不不，我们和日出没有关系，我们只是忍者村的高贵忍者，日出，一个卑劣的民族，没资格和我们相提并论！”“你……”惊奇队长气到无语。
她不知道的是，忍者虽然发源于日出，而且曾经兴盛了很久，但是他们在一千多年前就没落了，当战国时代兴盛，忍者村就渐渐消亡，那些辉煌一时的高阶忍者也消失在历史的长河里，武士、剑客取代了他们的地位，虽然忍者的传承并未彻底断绝，但身份大大下降，直到现在，已经很少有人愿意做忍者了，反而以武士为基础的“死神”成了天皇的新宠，这也是那些传说中的忍者村传奇人物再次出现时，日出的忍者们纷纷倒戈的原因。
就在众人激战之时，神盾局总部突然红光四射，随后爆炸，冲击波延伸出几公里，原来的总部已经成了一个一百多米宽的大坑。
“得手了，撤！”水晶大喊一声，带着女儿和绯红女巫的两个儿子，还有他们麾下的变种人迅速撤离战场，而指挥飞行航母的马丽亚·希尔和麾下船员全都头痛难忍，一个个捂着头蜷缩在地上，痛不欲生。
惊奇队长大吃一惊，怒视夏宇道：“是查尔斯！你……你居然和变种人勾结？”夏宇一刀砍断海王的三叉戟，又一刀斩杀了海王和洛基，冷笑道：“这很奇怪吗？人类对待变种人的态度，早就招致了所有变种人的仇恨，现在他们的所有行为，都是你们对他们肆意伤害的结果，你们不应该觉得意外，相反，如果他们还像傻大柱那样跪舔你们，那才是脑子有坑吧？”说话间，又取出混元锤，一锤砸烂了雷神的锤子，把雷神狠狠地打飞出去，随后又打倒神奇女侠，把她踩在脚下。
眼看着超级英雄们抵挡不住了，惊奇队长焦急万分，怒视夏宇道：“你这个暴徒，真要对我们赶尽杀绝吗？”夏宇冷笑道：“你说对了，我就是要把你们赶尽杀绝，你们对我做过的事情，我要百倍、千倍奉还，现在，是时候结束这场闹剧了！”夏宇说完打出一发光弹，闪耀了整个天空，隐藏在云层中的猴哥、蝎子精、蜈蚣精、红孩儿等洪荒高手齐出，杀向超级英雄们，同时通天教主展开诛仙剑阵，三霄和赵公明祭出杀戮陷绝四剑，汹涌的煞气顿时笼罩了整片天地，超级英雄们只觉得呼吸困难，似乎要被恐怖的力量吞噬了一般。
另一边，十一只巨型高达也加入和汽车人的战斗，它们体型庞大，实力更是惊人，轻而易举地就破坏了好几只组合金刚，汽车人和超级英雄彻底抵挡不住了……
五十一区。
这里是米粒肝最大的天外文明研究中心，关押着大量的外星人流亡者，它们既是囚犯，也是试验品，总是被米国军方用来做各种实验，同时也会被审讯它们的核心科技。
囚犯的种类很多，有长满触手的，有全身鳞甲的，有软体生物，甚至还有霸天虎，米国军方把那些科研人才招揽进研发部门，从他们身上获得了大量黑科技，由此领先整个蓝星，成为唯一的超级大国。
不过现在，这里也遭到攻击，大量的终结者、人形机甲、飞行机甲猛烈地进攻着基地，大门被击碎，防御部队完全放弃了地面工事，撤到了地下负隅顽抗，但是终结者和机甲大军的强大火力依然打得他们节节败退。
在外星人关押区，大量被折磨得面目全非的天外来客躁动起来，它们早就被基地里的看守虐待得奄奄一息，听到基地的混乱，一个个都兴奋了，所有人都充满了求生的渴望，一个个都把手扒在囚笼的栏杆上，又被电流狠狠地击飞，然后又爬起来，发出了连续不断的怪叫，即使看守不断地呵斥，甚至用电击枪都无法让它们安静下来。
指挥中心也乱成一团，指挥官米切尔已经把欧肯博士等研究员都聚集在这里，所有的防御系统都启动了，但是防线依然逐渐向后压缩，敌人已经进攻到地下十层了。
米切尔心中充满了无力感，基地里配置了大量的外星黑科技，原以为整个蓝星都是不可匹敌的存在，谁知敌人如此强大，那么多强大的黑科技都无法阻止他们的进攻，他拽住一个身高两米、皮肤光滑如青蛙、四肢都被铁链锁住的外星人，急切地问道：“巴鲁巴特博士，你们还有什么高科技吗？敌人已经攻进来了，再没有阻挡他们的方法，51区就彻底失守了！”巴鲁巴特博士无奈地说：“很遗憾，我们所有的科技都贡献出来了，可是敌人强大得超出想象，他们的科技水平不在我们之下，甚至更恐怖，我们根本无法阻止他们的进攻。”“那我们就只能坐以待毙了吗？”米切尔满心不甘，作为整个蓝星最奢华的天外文明研究中心，米国在这里投入了数不清的心血，不管是时间还是财富，都是数不清的，米切尔自参军以来，就一直待在这里，这么多年过去了，对这里的一切都有了感情，让他就这么放弃苦心经营这么久的51区，他无论如何无法接受。
不过欧肯博士又给他浇了一盆凉水：“米切尔将军，我们除了放弃别无选择，敌人的强大已经超越了我们的认知，再这么打下去，我们这里也会被占领，守军抵挡不了多久的。”“可恶！”米切尔愤怒地拔出手枪，对着四周一阵乱射……
外星人关押区。
军士长巴德正带领看守镇压亢奋的外星人，灯光突然熄灭了，隔离室一片漆黑，所有的设备全部停机，牢笼也不再发出电流，囚犯也瞬间来了精神，守卫则陷入慌乱。
“怎么回事？是电机被破坏了吗？”巴德也慌了，设备都停了，周围一片漆黑，伸手不见五指，囚犯们凶猛撞击牢笼的声音越来越大，他们却没有好办法阻止。
几道紫色光线射出，巴德和身旁的守卫都被打倒，随后更多的光线射出，守卫们很快就被屠杀殆尽。
一根蓝光短棒插在墙上，照亮了整个监狱，再看出手那位，是个身高四米，蓝色皮肤，双眼呈紫色，红头发，背上长有蝙蝠翅膀的中年外星人，他的身体长满鳞片，手臂和后背上长着尖锐的鳍。
他直接走到最深处一个隔离室，里面关着两个年轻的外星人，一个和他长得很像，只是额头多一只眼睛，背后长得是羽翅，另一个是个女性，上半身是和这两位相似的样子，都是蓝皮肤红头发，但没有第三只眼睛，没有翅膀、鳞片和鳍，腹部以下则是梅花鹿，但四条腿和人类一样，两个人都被特大号的铁链锁着。
中年人眼中发出紫光，镣铐都被打断，两个年轻的外星人颓然倒地，中年外星人取出一支注射枪，给两人鼻孔一人来一针，两个年轻外星人悠悠醒转过来，中年外星人焦急地说：“储君殿下，公主殿下，你们没事吧？”