孙恩占据了海岛虽然立于了不败之地，但也同时限制了自己的发展。海岛上资源有限、人口有限，想维持基本生活，除了抢劫，还是抢劫，要想有所发展，最终还是要打回大陆去。没想到的是，机会来得如此之快。
为了对抗桓玄和刘牢之，司马元显强行在浙东征兵，免奴为客，让浙东的百姓全部集体大迁移，到京师服兵役，丢下了一路的死尸，搞得天怒人怨。这段历史，差不多是东晋王朝走向灭亡的转折点，有兴趣的道友可以找本书看看。孙恩收到消息以后，立刻发动手下教众，四处宣扬朝廷的恶行，大家都跟我来，去住海景公寓房，每天都能面朝大海，吃着海鲜。没有活路的百姓听到了孙恩画的大饼，有自由有饭吃，就算没有大海沙滩，那里也是人间天堂，哪里还能不团结过来？
399年，正是秋高气爽，放弃了享受大海沙滩晒太阳浴的享受，孙恩带着他的海盗大军抢滩登陆，发动了第一次反攻。起初非常顺利，一路平趟，先杀了上虞县长，接着打进会稽，把王羲之的儿子王凝之杀了，注意不是王献之，书圣有七个儿子呢。
据说孙恩的海盗大军攻打会稽时，这位王凝之居然不组织守城，反而关起门来一通焚香祷告，因为王家是忠实的五斗米道信徒，所以不信军队信鬼神。不知道是怎么折腾完这个仪式的，最后王凝之顶着一脑门子香灰跑出来，对大家说，安了安了，我请来鬼兵鬼将，一会就能把这帮子海盗打跑的，大家准备happy吧，结果happy是有了，人物却换成了孙恩。
占据会稽后，孙恩就有了根据地，手下也迅速扩充到数万人，于是自号征东将军，信徒们更是马屁如潮，送上了长生人的绰号。有学者专门就孙恩自号征东将军而没有按五斗米道的习惯称祭酒、大教主之类的进行了分析，还包括征的这个东是哪里，孙恩起义的原因、深层次的目的等，下一章再专门总结归纳。
很快，孙恩就向周边进行攻略，嗯，主要是抢劫。贼兵过处，如蝗虫过境，凡是能抢的全抢走运回会稽，凡是能烧的全烧光，更缺德的是，连水井都要给堵死，比鬼子进村还厉害三分。
经过几天的经略，孙恩的名声也打出去了，八郡之地，特别是五斗米信徒纷纷响应投效，这个海盗头子于是就有点膨胀了。站在会稽城头，衣袂飘飘，遥望西边的的苍茫寂寥，颇有指点江山，天下尽在掌握的气派，于是放下大话说：“自从我站出来以后，天下豪杰立刻响应来投，以后估计大家连仗都不用打了，大家都抓紧时间，回家让老婆做好官服，跟着我去建康当官去”。
大话放下没多久，刘牢之就带人到了长江对岸。刘牢之的能征惯战是有名的，旌旗招展，杀气扑面而来，随时准备过来痛扁他的样子。刚放下大话的孙恩，这脸被打得啪啪的，所幸还能站的住，指着对岸说：“就算刘牢之来了怎么样，有长江天险，量他也过不来。我就割据浙江，效仿勾践，早晚都能打跑他”。然后，刘牢之就渡江而来。脸接着被打，狠话还得继续说：“敌进我退，打不过还要打那是傻子，打不过就跑才是妙计”。
孙恩还没有自大的认为自己的乌合之众是身经百战的刘牢之的对手，跑是必须的，不过跑也不能白跑，孙恩一路上掳掠着二十多万百姓逃回了海上大本营。之所以能带着这么多百姓逃跑成功，也不得不说孙恩有点小聪明，让手下边跑边丢下很多宝物，反正抢的也足够多，为了活命也得舍得。刘牢之的军队看到这一路的金光闪闪，自然会忙着收拾，所以追击也就慢了下来。看到史书这段描写，我其实还是有点感慨的，刘牢之的统兵能力自然不必多说，但在那个荒唐的年代，再好的将军也没有能力管好饿兵，而且孙恩比刘备强多了。刘备在长坂坡不但把跟着的百姓都丢了，连自己的老婆都丢了，而孙恩却能安步当车，顺利带着二十万人退回了海上。
孙恩跑了以后，谢琰就来到会稽收复了失地，并且组织人手到海边站岗放哨，防备孙恩再打过来。谢琰是大族谢家的人，就是“王谢堂前燕”里说的那个谢家，本人也是位文武全才的名人，参加过淝水之战，打过王恭，所以大佬们才放心让他来看着这群海盗。
各位也许会问了，怎么不乘胜追击，彻底消灭这帮海盗呢？非不愿实不能也。孙恩非常熟悉浙江的海域，包括助手兼妹夫卢循也一样。这群海盗还掌握了先进的造船技术，航船技术也非常好，最多时拥有千余艘楼船，利用了浙东丰富的水域及舟山群岛的地理优势，成为海上的霸主，才能在数次对抗朝廷的大战中立于不败之地，坚持了十多年。
首战的失败没有让孙恩失去信心，主要他绝对是个不肯认输的疯子。第二年，400年五月孙恩的海盗军团第二次抢滩成功，这次绕了个圈子从余姚、上虞一路杀向会稽，看来孙恩是认准会稽是块风水宝地了。开始谢琰派人还打跑了孙恩，不过几天后再次杀了回来，这次谢琰就没那么好运气了，城破后也被杀。这下朝廷又害怕了，派刘牢之来打跑了孙恩，这次没让他回来，直接就在会稽驻守下来。
第二年，401年二月，孙恩第三次杀了回来，不过又被刘牢之打回了海上，不过这次没有直接回老巢，反而沿海攻到了户渎，就是现在的上海。当刘牢之带人追来时，又一路沿长江打到了京口，就是现在的镇江，这里离南京可是很近了，不幸遇上了另一位猛将兄刘裕。刘裕的勇猛就不多讲了，绝对是以勇武着称的开国皇帝，孙恩和刘裕一接触就知道和人家根本不是一个重量级的，如果自己是50公斤级的，人家绝对是200公斤++的，被一顿痛扁大败后继续上船，继续逃跑。
到了船上，孙恩自信心又回来了，在水上，孙恩还真的可以说无敌，刘牢之和刘裕再强也打不过水上的海盗，只能在岸上跟着孙恩跑。孙恩呢，回头就打下了广陵，就是扬州，搜刮一翻后，看着离人家老窝太近，没什么安全感，又沿江回到海上，一路向北。刘裕一路沿岸跟着，深情得凝望着孤帆远影、百舸争流、千帆竞过……所幸，总算是在郁洲，就是连云港追上了。双方多次交手，最后孙恩还是不敌，被刘裕收拾得没了脾气，这次出来消耗得也差不多了，再也没有实力抢滩，无奈之下，只好带着几条破船沿海向南，打算回老巢休整。此时的刘裕，再凝望着那几条破帆消失在夕阳之中，心情自然就不一样了。
到户渎时，孙恩又被刘裕截住，雪上加霜，几乎被全歼。此时此刻没有诗哪行！忍不住想把毛爷爷的着名七律“人民解放军占领南京”送给刘裕，也送给孙恩。钟山风雨起苍黄，百万雄师过大江。虎踞龙盘今胜昔，天翻地覆慨而康。宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王。天若有情天亦才，人间正道是沧桑。
反派人物孙恩，并没有被打死，就像小强一样，五月，回到海岛上舔舐着伤口，慢慢积攒着力量。
402的那一年，江南是一个乌烟瘴气，乱七八糟的一年，发生了很多大事。这一年恒玄打进了建康，刘牢之上吊自杀，三吴之地 大 饥荒?……。北方不安稳，饥荒、战乱，甚至连高句丽都打进了后燕，这个高句丽是哪大家应该都知道吧，后燕呢，就是金庸小说里的慕容复一心想恢复的那个国家。总之，这一年华夏命犯太岁，诸事不顺。
孙恩这个祸害，第四次抢滩来了，这次的目标是临海。但这次却没掀起多大浪花，直接被太守辛景打跑了，小强没能继续强下去的传说，所谓的穷途末路来了，从海里来，回海里去，孙恩最终兵败跳海自杀了。跟随孙恩自杀的还有几百个死忠。史书最后记载，“妖党及妓妾”说孙恩是水仙，是借水尸解成仙了，跳水自杀不是死而是成仙，这是宗教的力量，这也是信徒能跟着他跳海自杀的主要原因，稍后我们再分析。
至此，孙恩成了过去。