自从刘协决定离间李傕郭汜之后，他就渐渐地疏远了吴懿。
对此，吴懿也没有任何表示，他仍然如往常一样，在朝堂上任职，他也懒得向刘协再进行解释，不过有一点他其实也非常高兴，对他有知遇之恩的李傕，即将覆灭。虽然这么做有些忘恩负义，但是他知道李傕和董卓一样都是大恶人，而他自己将要面对李郭之乱，很可能受到波及，而将来他正好有机会摆脱李傕，让自己成为大汉天子任命的官员：只要自己协助曹操救出天子，那时候皇帝当然会原谅之前他为李傕所做的一切帮助。
而李傕在杨奉董承的安排后，看到了吞并樊稠的机会之后，他尽管也想召集吴懿商议，如果真的商议了，吴懿碍于面子也不可能不告诉他此时时机不成熟，那么这个平行历史就可能向另一个方向发展了。可惜由于诱惑过于巨大，时间也比较紧急，他没有和吴懿商议，就杀了樊稠，他想着如果自己顺利吞并樊稠就足以以现在的实力打败郭汜一统西凉军，可惜实际上樊稠的部队和郭汜一起合力攻击最强的李傕军，导致双方势力消耗巨大之后仍然不分胜负，于是和三国演义上一样，李傕劫持天子，郭汜劫持大臣，双方开始对峙。
然而这个位面上解决事件的杨彪已经病故了，所以刘协面对如此变局一下慌乱了，他没想到西凉军内乱的后果不仅没有解救出自己，反而导致了如此变故。没办法，他只能急召当初劝阻他离间李傕郭汜的吴懿，希望靠他来解决这次危机。
而吴懿也不负众望，他和历史上的杨彪一样成功劝说了两家释放天子和大臣，唯一不同的是，李傕本来想要留下他，但是吴懿选择了跟随刘协一起行动。
“吴懿，虽然我的部队损失惨重，但也比郭汜和樊稠旧部强大不少，如果你愿意帮助我，肯定能打败敌人，到时候不比跟着皇帝受苦强？”李傕问。
吴懿只是说：“不好意思，可是我还是更希望能在皇帝身边，毕竟我一直都是在保护他的。”
李傕明白吴懿的意思，吴懿打算抛弃自己了，但是吴懿在长安也给他出了不少主意，他最终还是放吴懿离开了。
但是李傕郭汜忙着内战，皇帝和逃出来的大臣都没有粮食吃，而直到此时，吴懿才说出了之前马忠去找曹操救援的事情，最终曹操也成功的到达并救出了皇帝一行人。
刘协对吴懿的态度立刻大为改观，他佩服吴懿的先见之明，成功救出了他们所有人，又责骂了杨奉等人，说：“悔不该当初不听吴懿的谏言，才遭此大祸啊！”于是，刘协立刻给吴懿加官进爵，吴懿也只是谢恩领赏，没有表现的特别喜悦。
戏志才听说了这件事，不顾自己的病躯，对曹操谏言：“宠辱莫惊，去留吴懿。吴懿有大才而且可以不管自己荣辱，主公可以尽快拉拢他，只要打动了吴懿，得到他的帮助，那么曹公便可轻易地平定天下，况且现在拉拢他很容易，如果吴懿走了那就麻烦了。如果能得到吴懿，我死而无憾。”