第一层防线最后没能挡住第二波教会的攻击，和服刀鬼拒绝执行和上次一样的战术。
不过这一次出了问题，不少人认为只要采取和上次一样的战略，照样可以击退来势汹汹的教会。
当时担任联邦军二把手的卡特·斯洛和和服刀鬼大吵一架，卡特坚持把军队后撤，因为上次的失败，联邦对第二层防线进行了加固，现在守住第二层防线比第一次简单太多了。
这件事的结果是联邦的军令，卡特接收和服刀鬼的所有职务和军权，和服刀鬼愤怒之下宣布退出联邦军。
说回卡特，卡特是联邦议会长选定的接班人，虽说能力不怎么样，但是优点在于做人老实，没犯过什么大错，这次他亲自来到前线也是按照自己师父的安排来攒下一些功绩的。
所以和服刀鬼提出的有些激进的强袭计划自然没有收到他的认可，因为在上次的战斗中不要命的战斗立下的战功，他顺利接过了联邦军的指挥权，几乎是立刻执行了计划，可是他们失算了，第一防线沦陷后，教会军立刻占据了第一防线，而且因为第一次负重带来的问题，联邦军这次抛弃了大量的辎重，反倒让教会捡了个大漏，对方也没有立刻进攻第二层防线，而是派出一支支执法者绕开防线进入了联邦，数位要员被刺杀，这起事件被后世叫做第二防线事件，成为了无数未来学习历史的少年不得不学习和牢记的一天。
议员长不得不亲手罢免了自己提携的卡特，但是让联邦意外的是，和服刀鬼拒绝了联邦给的军权，教会军则是趁机攻破第二道防线，在补充了补给后大规模进攻第三道，也是倒数第三道防线。
关键时刻，浮空城派出了理事直属暗部之一的银发，带着武装接手了联邦军团，联邦本来不打算让浮空城过多干涉自己的事务，可是当下之际，教会军就像刺入了联邦胸口的利刃，而银发，正是浮空城派来拔刀的。
第三道防线被快速改为重装防线，并且依照计划把联邦保护的死死的，封住了帝国和联邦的边界，那是教会和联邦的战争中最为庞大的战役，联邦管这次事件叫第三防线保卫战，大量的无人机监视着教会军，日夜不息的炮火更是把教会打懵了，但是，教会军的信念远胜联邦，他们不顾炮火，硬生生爬上了城墙，最后在三天三夜的保卫战后，第三防线沦陷。
这一战联邦死伤一万余人，浮空城战死也不少，在对方骑兵入城以后，联邦人人自危，再加上前线的浮空城主将战死，浮空城公开对联邦追责，联邦最后把卡特拉出来当了替死鬼，因为卡特的决断失误，导致了眼前的状况，卡特必须负全责。
在议会吵得不可开交的时候，第四道防线被教会军正面突破，教会军跃进第五道防线，联邦抱着破釜沉舟的决心将所有的军队派到了前线。
联邦骑士团全员上前线，可是那些没有下过地的贵族怎么可能会打仗，在坚持了三个小时后，联邦骑士团团长打开第五防线，向教会投降，欢迎教会军入城。
联邦沦陷。
不过和投降的议会和联邦骑士团不同，联邦军转入暗处，开始了对教会的抵抗，后来战争结束，参与这次反抗的士兵也被叫做联邦自由军。
联邦剩下的一些城市仍在负隅顽抗，联邦地下的自由军也在暗中捅刀，不过联邦已经沦陷了，教会军不知道抱有了什么样的想法，把教会军司令部调到了联邦议会会场，但不论他们怎么想，都必须接受一个事实——教会和浮空城正式接壤了。
这场战争将真正打响了。
理事会任命罗根为浮空城保卫战的总指挥，不过当然不是没有条件的，罗根以自己和妻子的性命为代价，宣布会死守浮空城。
理事之间的关系并没有那么友善，让任何一位理事拿到浮空城兵权都是牵涉到所有理事的利益的，尤其是罗根这种以改革浮空城政府为自己的目的的年轻人，让他组织保卫战几乎就是要理事们做好退休的准备。
可是浮空城理事会也知道，这次战争他们必须占有主导权，理事必须直接插手指挥浮空城军。
相比较他们这些老一代的人，罗根就是新一代浮空城人的代表，他在这一代人的影响可以和当年称霸体术系的直人相提并论。
虽然不想承认，但是如果直人活着而且以浮空城的名义参战，那浮空城会立刻让他担任总指挥。
他带来的威胁比罗根小的多，罗根和他手下的那支愚者是如今理事们的心头大患。
罗根担任总指挥，调度大量暗部进行潜伏活动，对驻扎在联邦的教会军大加骚扰，同时又派各个系的学生建立防线，安置武器，在教会处理联邦期间，罗根完成了防线的铺设，又派人接来了大批联邦难民，安置在了地面上。
教会在和联邦战斗期间学会了攻克防线的方法，罗根也只好另辟蹊径，开始主动进攻，截断粮食，不过和以往从雪原调粮食到前线不同，教会鼓励联邦居民开荒，并且大肆使用联邦储备的粮食，截断了数次，教会军依旧食物充足。
但是浮空城贫弱的农业却拖了后腿，理事会议决定加快反攻，可是敌方就等着浮空城军阵型大乱，罗根看出来了，所以他没有遵从浮空城的意思，而是派出小队袭击对方。
教会的军队人员编制极为繁琐，简单来说就是魔法师团，这些人的单体作战能力不强，但是胜在人多和默契，浮空城的枪械根本打不穿魔法师团的集体防御魔术。
接下来是单兵作战的魔导师，每个魔导师都有一支魔术师团的战斗力，是教会战场中坚力量。
顺带一提，一般执法者的级别比魔导师低一级，要是高于魔导师，就是队长级执法者。
然后就是大后方作为大杀器的七十二柱魔神，此外还有负责统领教会的主教。