数十年过去，魔族发动了数次抵抗，每一次都被镇压下去，魔界的魔力越来越少，逐渐难以支撑魔族的活动。正如卡贝勒斯所想的那样，魔族开始成片死亡，死的时候连反抗的力气都没有，绝望弥漫在魔界，为恶魔带来了丰富的能量。
接着是人类，人口大爆炸使得社会不稳定，矛盾开始加剧，最终演变成战争。等他们察觉到没有新生儿出生时已经太晚了，因战争而死的人不计其数，剩余人口在废墟中苟延残喘。负面力量让位于魔界的恶魔更加强大，大量的异教徒因吸收负面力量而成为深渊领主和大恶魔，直至人类灭亡，卡贝勒斯已经组建了一支不靠任何装备就可以完成复仇大计的恶魔军团。
卡贝勒斯以魔界作为兵营，又将世界内的异教徒多余人口移民至人间，在地狱建立属于他的循环：异教徒间相互竞争，死者在魔界重生为恶魔，恶魔间相互厮杀，死者又将在人间重获新生。这样的循环导致在这个世界搞科研几乎不可能，于是科研团队和大部分工厂都留在第一地狱世界，这边只有战士和罪犯。
卡贝勒斯率领恶魔大军回到亚山，在与夺取他地位的恶魔领主决斗后，他重新占据了亚山恶魔区的主导权。随后，他向血色黎明的统治者申请除亚山之外的地狱世界自治，得到许可后，他开始安心在两个地狱世界发展自己的势力，并公开和血色黎明进行技术交换，开始向着太空发展延伸。
在他们逐渐发展壮大，开始在太空建立殖民地时，奇迹探险队找到了一些有趣的东西。一个能满宇宙折跃的生态改造器，改造速度远超机械教现有技术。目前只有一种选项，但如果机械教能够顺利夺取它，稍微校准参数，一下造出卡塔昌这样的丛林世界也不是不可能。
亚当正在其内部进行侵入，但效果不太理想，而且这里不止他们，还有一个文明觊觎着这台生态改造器。他们称改造器为希瓦主机，其本身拥有可以迅速制造大量装甲部队的科技，还有先进的废料回收技术。
机械教希望亚当获取更多情报，必要时动用武力夺取科技。一个智控军团随时待命，只要亚当一声令下，机械教的舰队就会抵达，智控军团会精确打击敌人，并掠夺他们的科技。依诺已经潜入进敌方研究基地内部，正在寻找主计算机。
她转了几圈了，好多地方都重复走过几遍，但她仍然没有发现主计算机，唯一一个看起来像主计算机的地方连接的是一个脑子。如果这里的主计算机就是这个脑子的话，那依诺觉得可以直接呼叫智控军团了，以人类的角度来说，人脑指挥阵列这种事是很难接受的。
她与脑子的外接数据接口连接在一起，得到了情报。这脑子确实是这里的主计算机，但他是自愿的，他将AI设备植入大脑改造自己，更方便地管理他手下的一切。他拥有自我意识，所以在依诺入侵进来的时候他便拉响了警报。
依诺来不及下载资料，只能撤退，飞船上升到近地轨道，但这不够安全。就对方的科技水平看来，扔两艘太空战舰上来并不难，而他们这边就只有一艘维修舰，虽然有点自卫火力但也不是硬刚战舰用的。依诺渗透失败，想要夺取科技只能让智控军团入场进行强攻。这样也可能拿不到全部科技，对方可不是傻子，逼急了是可以把所有资料都删掉的。
但智控军团还是入场了，机械教不想放弃这里的科技，他们最少都要带走一台指挥机器人和希瓦主机。一个舰队出现在星球上空，临时基地被运送至地表，空降部队开始强攻研究基地。这时又来了另一个指挥官，那个指挥官使用的科技与地表上的研究基地相同，但他们似乎不是援军。因为他们一来就两边一起打，场面最终演变成了三方大混战。
新来的指挥官拥有更多的兵力，在进攻研究基地之余，他有足够的兵力牵制智控军团。智控军团不得不将大部队留着对付这位指挥官，放缓进攻研究基地的攻势。这导致研究基地有足够时间保存所有资料并逃脱，在他们逃走前，整个研究基地自毁了。
机械教命令智控军团派出一个师的兵力顺着传送痕迹进行追击，剩余部队全力进攻那个来搅局的指挥官，势必要拿下他手里的指挥机器人。追击部队在路上找到了一个被他们占据但没有守卫的服务器，几个技术神甫留下来破译服务器里的数据，其余部队继续追击。
他们追到另一个研究基地，这个研究基地也同样被围攻着，不过这次围攻的却是和他们风格完全不同的部队，数量同样不容小觑。智控军团在这里的兵力只够暂时拖住敌人，完全没有余裕去抢夺研究基地，这样下去他们可能又会带着数据逃走。机械教在那个星球增派了几艘战舰，上面搭载着很多泰坦，在智控军团阻挡敌人时，泰坦会全力进攻研究基地，强行带走里面的数据。
此时智控军团主力部队报告遭遇了新的敌人，其描述与这边遭遇的新敌人一致。目前主力部队已经靠强大的天基火力压制住了敌人，第一台指挥官机器人已顺利夺取，依诺杀死了一位指挥官。另一位指挥官仍在抵抗，不过等技术神甫搞明白指挥官机器人的运作模式，他们就可以用那些失控的部队攻击他了，局势将进一步向机械教倾倒。
由于一位指挥官倒下，智控军团得以抽调更多的兵力支援另一个战场。泰坦攻破了研究基地的防线，技术神甫带着一部分教徒突入研究设施，开始下载资料。敌方指挥官机器人被泰坦击毁时发生了剧烈的核爆炸，毫无防备的泰坦遭受了不小的损失。这个情报迅速通过网络传到其他智控军团那边，他们会在进攻另一位指挥官时小心一点。
或许是觉得自己处于严重的劣势，进攻两个研究基地的敌人同时撤退了，机械教得以在这个空档专心破译文件。文件显示，进攻研究基地两个指挥官分别来自“塞布兰”和“万古启示”，而他们夺取到的指挥机器人是塞布兰产物，研究基地也同样属于塞布兰。而位于希瓦主机旁边的研究基地是塞布兰领袖古斯塔夫博士的基地，被指挥官机器人殉爆炸死的那位是古斯塔夫的继承人。还有一个统一地球联邦没出现在战场上，但可以估计的是这个势力的势力绝不会比另外两个弱。这三个势力为了防卫另一个外星人势力的入侵组成了防御同盟，虽然联盟摇摇欲坠，但不难推断另一个势力的猛攻会让他们的联盟重新稳固。
机械教现在有两个选择，一个是把抢到的东西打包带走，二是继续侵略，他们会收获更多的科技，但同时要面对至少和两个势力死磕的局面。机械教结合现有情报估算了一下，在不使用神力的情况下，想要把三个势力全部征服，需要消耗机械教大半的兵力。毫无疑问，帝国会在这时候落井下石，到时候机械教的情况就会雪上加霜。
因此机械教决定撤退，情报显示这三个势力都没有跨越虚空的能力，而他们手头拿到的科技已经足够他们发展一阵了。等到他们能迈出虚空，机械教再去歼灭他们不迟。他们带走了能带走的东西，带不走的上传数据就地销毁。技术神甫们找到了希瓦主机的引擎启动方式，希瓦主机顺利升空并跟随舰队撤离。