“为了自由。”那人伸出了手。
“来搞点大的吧。”依诺握住了他的手。
“算我一个。”护士转过身将手放在两人手上。
那精神病叫威廉·J·布莱兹科维奇，是【与德三对抗的同盟】的士兵，据护士安雅所了解，他被从战场上找到的时候脑子都烧糊了，经过了14年才恢复成现在这样。安雅询问威廉要去哪儿，威廉回答：“哪都行。”也是，后备箱还有一个【德三】要处理呢。
安雅开到她爷爷奶奶家，她父母在精神病院就被【德三】杀了，威廉把后备箱的【德三】留着，首先是可以问到革命军的位置，其次也可以让她爷爷奶奶发发气。发完气后，威廉把【德三】锁在地下室里。在和安雅一家了解完现在的局势后，他去地下拷问【德三】，对方供出被抓的反抗军被关在首都的艾森沃德监狱。
那里离这里很远，安雅一家打算先开车将他们送往火车站，两个年轻人和依诺坐火车过去。威廉和安雅被【德三】看到过，所以必须藏在后备箱里，依诺开着隐身站在后备箱上。路遇一个关卡，士兵要打开后备箱，依诺只能把他一刀杀了，然后溜进关卡里暗杀了所有士兵，并打开关卡，让他们得以继续前进。
上了火车，依诺隐身趴在火车顶上跟了一路，到站才下来。安雅帮威廉吸引注意力，让威廉爬到囚车上混进监狱，依诺直接走过去，进囚车里和犯人待在一块，对方没有反隐设备，无法察觉。他们溜进了监狱，依诺打开了b囚室的门，并在里面的【德三】还在懵逼的时候刺杀了他，解放了所有囚犯。然后所有囚犯在懵逼中看着通风道打开了，依诺从通风道溜到主控室，杀掉主管后，她和同样溜过来的威廉打开了所有囚室的大门，然后带着囚犯开始突围。
b囚室有一个威廉的熟人，是个老兵。依诺自己出去很简单，但要带这么多人出去不容易，于是她在阴死几个士兵后将他们的武器交给那些囚犯和威廉，让他们协助突围。即便如此，成功出去的也只有十个人而已。
他们抢到载具离开，但一路上都是敌人的眼线，除了威廉和老兵乘坐的载具，其他的都被毁掉了，成功逃出来的也只有老兵一个人和威廉一行而已。他们来到抵抗军藏身的地下基地，见到了另外几个同伴，安雅和依诺帮他们破译出一份敌人的文件，上面显示了一种新型直升机所在的位置。这种直升机拥有可以不被雷达侦测到的装置，这是机械教技术都做不到的，因为他们的敌人通常都没有雷达，灵能侦测比这玩意儿好用多了。而没有灵能的敌人大多数时候在莽，根本不会侦查，因此这东西有和没有差别不大。
依诺潜入进去寻找直升机，途中还顺便拿回了一些资料。那些资料显示，【德三】的黑科技来自于一个名叫神禁学社的组织。她找到之后暗杀了一波敌人，打开机库门，队友用滑翔翼飞进来，开了直升机就跑。他们驾驶直升机返回基地，并确保没有被敌人发现。
回到基地后，威廉去研究混凝土，依诺则和另一个反抗军老兵聊起来。那个老兵双腿残疾，只能坐在轮椅上，这次去抢夺直升机都是依诺把她抱上去的。这种伤在他们那个时代是不治之症，但在机械教，想治这种伤有很多办法。依诺问：“你想不想站起来？我们的技术可以治好你的伤，你可以站起来的。”
“过段时间再说吧，我们的人手已经严重不足了。”她摇着轮椅离开，见她没有兴趣，依诺也只能作罢。
安雅通过分析混凝土发现一位神禁学社的成员被关在集中营里，名叫塞特·罗斯，但能混进去的依诺不认识也没法认识塞特，其他人想混进集中营并顺利救人几乎不可能。依诺只能先溜进去寻找机会，但希望渺茫。
在找寻十天无果后，依诺叫来了9S和刃狼，9S骇入控制了集中营内火力最猛的自动机甲，和刃狼一起制造混乱。依诺趁机在人群里询问谁是塞特，一个囚犯给她指了一位老人，老人说：“如果你能把他们也救出去，我就跟你走。”于是依诺也加入了屠杀守卫的行列。
杀得差不多之后，依诺让田恩雅开启传送门，将那些囚犯引导进异世界暂时安置。而塞特·罗斯则被带回了基地，他和抵抗军说了神禁学社的事。据他所说，他们的科技超乎这个时代的人的想象，直到几十年前，他们还是个隐秘的团体，而现在，那些渣滓们发现了他们的一个保管库，不大，但里面的技术够他们用的。他们还有几百个这样的保管库，但考虑到抵抗军的能力，他只说了一个，其他的都单独告诉了依诺。
依诺将位置上传到了网络，机械教协助星际战士到达了那些宝库并取出了里面的知识，由于那些宝库都在各个犄角旮旯，他们的行动没有引起敌军注意。取回的技术大多给了抵抗军，但现在抵抗军没人没地，有科技也没法用。
他们去抢了一艘携带核子加农炮的潜艇，9S破译出了核子加农炮的密钥，正当他们准备进攻一位对敌人有巨大影响的将军的城堡时，基地被发现了。9S加载了山姆的数据，虽然机体差了点，但和刃狼配合解决掉第一波敌人绰绰有余。敌人的武器甚至无法击破他们的装甲。更好玩的是敌军带了一种有高智能AI的机械猎犬，而他们又没有强行控制这些猎犬的开关。于是刃狼一声嚎叫，所有的猎犬都造反了，开始掉头攻击他们之前的队友。
因为基地已经被发现，抵抗军不能坐以待毙，他们将基地转移到抢来的潜艇上。但猎犬太大登不上直升机，于是刃狼带领猎犬突破了当地军火库，救出一群猎犬从陆路转移。
在敌人专心追捕逃跑的猎犬时，潜艇开到了城堡，他们没有立刻使用核武器，因为里面还有囚犯，虽然少，但也必须要救出来。他们炸开了外墙，威廉和依诺杀进去救人，人救出来了，但威廉和依诺被电梯送到了那个将军面前。
那个将军用很类似无畏机甲的自动机甲迎击，不过那里面装的不是他自己人，而是威廉以前的战友，在战斗的时候还给予对方心灵上的重击。在让那个机甲失去动力后，那个将军驾驶着一架带护盾的机甲出现，但他的护盾挡不住相位刀，在护盾破掉后，他被从机甲里拽出来。他最后的反抗是拿出手雷试图让自己和对方同归于尽，但站在他面前的是依诺，他确实碎了，依诺身上连个划痕都没有。
两人离开城堡，潜艇发射核弹，然后潜入水下逃遁，敌军追都追不上他们。接下来的十几天，刃狼带着一群狗打游击，时不时再收编几个新成员。残疾的那位接受了治疗，回来之后不仅能站起来了，整个人都精神了不少，老兵为了战斗喝了延寿药物，威廉做了一点生化改造，还拿到了神禁学社提供的一套不算太高级但够用的动力甲。这种动力甲很适合没有任何改造的普通人，而且造价相对低廉，于是机械教将其改进了一下，配发给了骑士家族的下级士兵。敌人的武器和星界军手里的那些手电筒不相上下，没有必要更换。