温体仁知道崇祯皇帝最恨有人造反，这一块是他的逆鳞，触之即死，是以便唆使手下，一顶造反的大帽子扣了下去，只盼通过打击孙元化，来实现打击周延儒的目的。
这时只见御史余应桂挺身而出，说道：“臣余应桂，弹劾登莱巡抚孙元化，山东巡抚余大成，有负天恩，枉顾职守，致使孔有德叛乱，祸乱山东，危害社稷，首辅周延儒收受孙元化人参，貂皮贿赂，举荐孙元化，也负有失察之责，也应一并处分。”
兵科给事中李梦辰也站出附议，说道：“孔有德造反，一路杀官破县，何以对孙元化另眼相看，轻轻放回，此必是孙元化与孔有德早有勾结，图谋造反，皇上不可不察。”
又有御史路振飞出列，禀道：“皇上，山东如今糜烂一片，山东巡抚余大成，登莱巡抚孙元化两人乃是罪魁祸首，其罪当诛，又有首辅周延儒，包庇二人，意图开脱，也应一并获罪，严加责罚。”
周延儒气得浑身发抖，但是他一向涵养甚好，过了片刻，平息了一下心情，这才出列说道：“皇上，臣从未接受过孙元化任何贿赂，臣之所以力保孙元化，也非想要包庇于他，实在是孙元化人才难得，当初宁远一战，轰死老奴努尔哈赤的火炮，就是元化带人建造，其人精通火炮，擅长铸炮，火炮技术，在我大明无人能出其右。”
停了停，他又继续说道：“孙元化从师于徐光启徐大人，孙元化为人如何，徐大人想必是最清楚不过的。”
礼部尚书徐光启此时也在场，此时他年岁已老，今年刚好七十岁，德高望重，深受崇祯皇帝信赖，听闻周延儒提到自己的爱徒孙元化，心忖这次是躲不过去了，当即也颤巍巍地出列说道：“皇上，老臣有话要说。”
徐光启历经万历，天启，崇祯三任皇帝，堪称三朝元老，便是崇祯也不能不给他个面子，当即便温言说道：“老大人有话请讲。”
徐光启定了定神，方才说道：“孙元化乃是老臣门生，登州兵变，他御下不严，用人失察，其罪当诛！”
“然而诚如周首辅所言，孙元化天资聪明，勤勤恳恳，自从上任辽东以来，直至登莱，一路裁减兵源，节省辽饷，为国家节省了大批银钱，又安抚难民，研究西学，于火炮一道，颇有建树，乃是难得的人才，所谓千军易得，一将难求，虽然有罪在身，诛杀此人，一了百了，但是何不使他将功折罪，利用其擅长火炮的长处，为我大明继续效力。”
说完这一席话，已经是气喘吁吁，崇祯连忙使人看座。
这时次辅温体仁也站了出来：“皇上，徐大人言之有理，周大人身为首辅，怎会收受贿赂，此必空穴来风，信口雌黄，孙元化人才难得，皇上还是使他戴罪立功吧。”
崇祯原本深恨孙元化，原本山东一片太平，只因余大成，孙元化两人无能，本来还想使二人派人增援祖大寿，结果按下葫芦起了瓢，不但没有救出来祖大寿，反而把原本平稳的山东也弄得一片战火，糜烂千里。
孔有德起兵反叛至今已有半年之久，至今官军仍然束手无策，这让朝廷的面子往哪放？孔有德反叛闹得越久，崇祯心里就越是生气，而这一切的罪魁祸首，当属用人不察的余大成，孙元化两人。
本来崇祯早已下定决心，若是孙元化两人死在乱军之中，倒也罢了，如今被乱军放回，岂能轻饶他们，所以孙元化刚进京城，便被抓到京城镇抚司，严刑拷打，奈何孙元化坚称没有造反，拒不认罪。
周延儒一向深获崇祯信赖，徐光启又是三朝元老，两人双双力保孙元化，崇祯一时也有些动摇，尤其是徐光启所言，千军易得，一将难求，孙元化虽然有罪在身，但是这样的能臣，也许让他戴罪立功，才是明智的选择。
然而一向与周延儒不对付的次辅温体仁也赞同释放孙元化，周延儒，温体仁两人几乎就是代表了朝廷上大部分朝臣的声音，自己若是轻轻放过孙元化，岂不是说明自己这个皇帝，就任由群臣摆布，虽然自己满腔怒火，但是也不能不遵循群臣的意见，如此一来，自己天子的威严往哪放？
想到这里，他一时又改变了对孙元化轻轻放过的心思，开口说道：“孙元化虽然人才难得，但是国有国法，家有家规，毕竟大错已经铸成，若是放过此人，此后再有人犯下滔天大罪，岂不是也可以以人才难得而脱罪？”
周延儒一听，心里一沉，看来皇上是不打算放过孙元化了，他偷偷瞥了温体仁一眼，暗骂温体仁老奸巨猾，明明是想处置孙元化，却装作赞同自己的意见，出列力保孙元化，结果造成皇上的逆反心理。
原本上朝之前，他已暗中与徐光启通气，希望利用自己的影响力，和徐光启三朝元老的地位，保住孙元化一命，如今看来，皇上心意已定，自己却是无力回天。
崇祯皇帝正想宣布对孙元化的处理，此时又有一人出列，禀曰：“臣听闻，亡羊补牢，为时未晚，如今头等大事，并非处置孙元化，而是应该如何应对孔有德这贼子。”
崇祯一看，正是太子少保，兵部尚书张凤翼，此人擅长兵事，又有识人之能，陈奇瑜，洪承畴，卢象升等名将都是他一手发掘出来的。
张凤翼也知孙元化是个人才，又善于揣摩上意，知道崇祯深恨孙元化，倒是大部分因孔有德而起，所谓处置孙元化，只是皇上无力应对孔有德，而把怨气发泄在孙元化身上罢了。
他擅长兵事，当即出列，想要为崇祯皇帝解忧，只见他继续说道：“此前连续围剿孔有德失利，只因所用非人，臣保举右佥都御史朱大典为山东巡抚，朱大典深谙兵事，才略过人，定然能不负陛下所托，剿灭叛贼孔有德。”
朱大典闻言，当即出列：“臣朱大典，愿为皇上，披坚持锐，讨伐逆贼！”