虽然炎黄部落有阐截二教众多金仙相助，貌似占据了上风，但巫族三位大巫的战力却是无人能及，那八十一位小巫又有合击之术，能布下九九寂灭大阵，竟能以小巫的修为发挥出大巫的实力。因此两族究竟孰强孰弱，却是难以预料。
两军阵前，轩辕一骑当先，向蚩尤叫道：“蚩尤，你我两族争夺共主之位，原本无可厚非，你却为何请巫族之人前来助战，难道你要将洪荒大地变成巫族天下么？”
蚩尤亦是跨虎前行，高声道：“天地乃是盘古所开，巫族乃是盘古血脉，巫族为天地主角，有何不可？轩辕小儿，你我相争，成王败寇而已，何必做口舌之争！”
轩辕闻言知道蚩尤主意已定，却是拨马而回，下令族人准备进攻；蚩尤亦是退回军中，命令族人准备战斗。
蚩尤心知今日便是最后一战，却是直接命令八十一名大将摆开寂灭大阵。此阵一成，只见蚩尤军中阴风怒号，杀气冲天，蚩尤站在阵中大叫道：“轩辕小儿，可敢前来一战！”
轩辕这边众多金仙却是无人识得这九九寂灭大阵，但看那阵势，也是知道非同小可，正在众人面面相嘘之时，却见玄都*师手持太极图从天而降，接着又有一杆大幡破空而来，落入广成子手中，最后却是四把寒光四射的宝剑分别落入截教四大弟子手中。
玄都落地后，却是直接对轩辕道：“玄都参见人皇，贫道受师命前来破此寂灭大阵！”
轩辕闻言大喜，赶忙施礼道：“如此便有劳仙长了！”
玄都闻言微微点头，却是对多宝与无当四人道：“待贫道用太极图定住此阵后，便有劳四位师弟前去擒拿蚩尤。”
多宝四人闻言纷纷点头。
玄都见几人答应，却是看向广成子道：“大巫雨师便有劳师弟了！”
广成子闻言亦是点头答应。
玄都闻言却是将手中的太极图徐徐展开，接着便见一座金桥向巫族大阵中延伸而去，金桥所过之处，无穷杀气消散一空。
众金仙见状大喜，却是直接向阵中杀去，蚩尤见状怒吼连连，欲要寻玄都拼命，却被多宝带着三位师弟团团围住。
蚩尤见多宝四人手持宝剑向自己杀来，却是不禁怒道：“小辈，本王随祖巫大人征战四方之时，尔等尚不知从娘胎里出来没有，如今竟敢坏本王的好事！”
蚩尤所言虽是实情，但四人听来却是无比刺耳，俱是一言不发，用手中宝剑向蚩尤身上狠狠招呼。
蚩尤却是不知诛仙四剑的厉害，仗着自己是大巫之身，欲要硬抗四剑，手中的虎魄刀狠狠向多宝劈去。
多宝见状冷笑连连，手中诛仙宝剑高举，架住了蚩尤的奋力一击，自己却被打得倒退数里。
蚩尤正欲乘胜追击，忽然觉得后背一阵剧痛，待回头看时，却见无当圣母手中的宝剑在后背狠狠划过。
蚩尤见状大惊，却是小心问道：“汝手中是何利器，竟能破本王的大巫之身！”
无当圣母闻言冷笑道：“枉你自称活了无穷岁月，难道连截教诛仙四剑的大名都未曾听过！”说罢再次向蚩尤杀去。
蚩尤闻言大惊，却是再不敢以身试剑，反而小心应付起来，但在四人联手之下亦是渐渐力不从心，身上渐渐多出了数道伤口，流血不止。
战场的另一端，广成子缓缓摇动手中的盘古幡，将雨师逼得东躲西藏，疲于奔命；而玄都*师则是手持拂尘对着风伯轻轻挥舞，神态说不出的潇洒自如，而风伯却是一阵阵手忙脚乱，恐怕稍不留神便会被拂尘缠住。
至于八十一位大将，由于失去了大阵的庇护，却是差了十二金仙一个境界，虽然近战能力强悍，却也是渐渐抵挡不住。
轩辕见此情景，向身后剩余的三百万人族战士道：“诸位，今日有敌无我，且随我冲！”说罢策马扬鞭，向着蚩尤大军冲去。
三百万人族战士见轩辕带头冲杀，顿时也是士气高涨，呐喊着向前冲去，顿时，两只大军混战在一起。
半日之后，巫族大军中却是再无一个小巫。腾出手来的众金仙，却是纷纷参与到围攻蚩尤等三位大巫的战斗中来。
雨师正在躲避广成子发出的混沌剑气，却见身后不知何时多出了一根绳索，瞬间便将自己捆了个严严实实，这绳索却正是惧留孙的捆仙绳。
风伯见状大惊，正要前去营救，却不防被玄都手中的拂尘扫中，亦是掉下云头，那拂尘亦是化作一条绳索将风伯紧紧捆住。
蚩尤见两兄弟被擒，众族人被杀，却是有些精神恍惚，动作稍微停顿，便被广成子看准机会，用翻天印打了一个跟头，随后便被赵公明用捆龙索锁住。
九黎族人见首领被擒无不拼死来救，玄都见状微微皱眉，多宝亦是约束众师弟不可妄造杀孽，只有广成子等人杀性已起，纷纷发动法宝，向这些凡人杀去，挥手间，便是上千条人命被夺。
待轩辕急忙制止时，九黎族战士已是只剩下不到万人。看到这些幸存的九黎族人纷纷用仇恨的眼光盯着自己，轩辕觉得心痛无比，正要下令放众人一条生路，却见九天玄女越众而出道：“启禀陛下，玄女有一事相求，还请陛下应允。”
轩辕此次能够战败蚩尤，九天玄女却是出力甚多，因此赶忙答道：“仙子请讲！只要本王能够做到的，本王定无不允！”
玄女闻言却是赶忙道：“昊天陛下有令！九黎族人犯上作乱，且身怀巫族血脉，需要斩草除根，还请陛下将这些九黎族人交由天庭发落。”
轩辕闻言颇为踌躇，九黎人族虽然身怀巫族血脉，但毕竟仍是人族，怎可交由天庭处理，但是自己却是已经将话说满，再难收回，于是只得点头道：“既如此，这些九黎族人便交由仙子处置吧！”
玄女闻言大喜，取出一金色巨网将幸存的九黎族人收去。众人中有见识不凡者，却是认出这金网正是天庭缉拿要犯的天罗地网。
众仙见玄女要走了九黎族人，却是纷纷催促轩辕将三位大巫斩杀，好早日分得功德，回山修炼。
轩辕正待下令，却见一阵风起，面前已经消失了风伯和雨师的身影，只留下一柄拂尘与一根绳索留在原地。
广成子见状不禁开口骂道：“何方鼠辈竟敢救走人族要犯？”
“贫道后羿！”遥远的天边，一声冷哼远远传来。
广成子闻言面色煞白，仰天吐出一口鲜血，却是被震伤了元神。
众仙见状大惊，俱是默默无言，却是谁都不愿招惹这尊杀神。
轩辕见后羿只是救走了风伯雨师，知道后羿不会再计较蚩尤的生死，于是下令道：“来人！将蚩尤斩首示众！”
巫族本来便是肉身强悍，而蚩尤更是巫族中的异数，一身本领全在肉身之上，刀砍油炸皆不能坏其分毫，就连诛仙四剑也只能在其身上留下道道剑伤，却是无法将其斩杀。
蚩尤见状哈哈大笑，“轩辕，你有何物能够杀我？”
轩辕闻言大怒，拔出随身佩剑随手挥下，大喝一声道：“本王便以此剑杀你！”言罢便见蚩尤的头颅随着血光滚落。
众人见状大惊，不知是何宝剑竟比诛仙四剑还要锋利，纷纷询问起此剑的来历。
轩辕见众人追问，却是满脸怀念道：“此剑名为屠巫，本是妖皇帝俊佩剑，轩辕却是蒙师尊错爱，赐下此剑防身！”
众人闻言大哗，想不到此剑便是屠巫剑，更想不到屠巫剑竟有如此威力，心中却是羡慕无比。
轩辕却无心去考虑众人的心思，在斩杀蚩尤后，又将蚩尤五马分尸，命人将蚩尤的四肢分别葬到天地四极，而蚩尤的头颅与躯体便葬在了太行山下。
却说黄帝斩杀蚩尤，班师而回，九天玄女率先向黄帝告辞，压着九黎族人回天庭复命。从此人族方知天庭尚有玉皇大帝。
众仙亦是先后告辞，纷纷回归洞府，其中多宝在路过东海时发现一只六翅金蝉正在化形，见其化形便有太乙中期的修为，心喜之下却是将其收为弟子，道号便唤作金蝉子。
自轩辕战胜蚩尤后，天下再无对手，自此轩辕才真正得到了洪荒所有部落的认可，成为真正的天下共主。而轩辕为了加强人族统治，并没有因此马放南山，而是继续派大军征伐，把所有部落都强行统一，然后建立诸侯制度，划分州野，制定礼乐，教化百姓。
待天下一统之后，轩辕却是听说西陵氏之女嫘祖以蚕丝做成了布匹，使人族从此不再穿兽皮树皮，于是便迎取嫘祖为妻，让她做自己的大妃。
嫘祖成为轩辕之妻后，便组织大批的女子育桑养蚕，但很快又遇到了一个大难题，蚕养了很多，茧也产了不少，但抽丝和织帛却有了困难。就在这时，群女中有一个身材矮小、皮肤黝黑、面部丑陋的女子发明了缠丝的纺轮和织丝的织机。
轩辕得知后，对此项发明大加赞赏，让她给众人传授技艺。后来在嫘祖的撮合下，轩辕娶了这位丑女，作为次妃，这位次妃被尊称为嫫母。这一切改变使得百姓甘其食，美其服，乐其俗，安其居，一派太平景象。
轩辕同时还鼓励众人发明各种器物，方便日用。其中，大臣曹胡发明了上衣，伯余造了下衣，於则做了鞋子。
黄帝还依浮叶飘于水上的道理作了舟船，共鼓又配上舟揖行于水上。又根据转蓬的道理发明了车辅，便利了交通。
在轩辕的统治下，物品逐渐丰富起来，人与人之间的交易也渐渐多了起来，这时，又一个难题摆在了轩辕面前。不同的物品之间完全没有判断价值的标准，轩辕甚至看到，有人牵着一头牛，仅仅换到了一只鸡蛋，而人们对距离的远近，物品的重量，同样没有清晰地意识。
就在轩辕为这些事情发愁的时候，缁衣氏适时地出现了，听到缁衣氏到来，轩辕赶忙跑去迎接。
看着毕恭毕敬的轩辕，缁衣氏突然一声长叹，“徒儿，你可曾怪为师袖手旁观！”
轩辕闻言赶忙道：“弟子不敢！”
缁衣氏闻言苦笑道：“是不敢，却非不是，对么？”
轩辕闻言不知如何回答，赶忙岔开话题道：“不知师尊此次降临，有何见教？”
缁衣氏闻言果然不再纠缠刚才的话题，缓缓开口道：“却是为你眼下的困惑而来！”说罢取出一枚铜钱与一把铜尺，并将其功用告诉了轩辕。
轩辕闻言大喜，赶忙召集群臣商议，推行天下。随后师徒二人又自行摸索，发明了第一杆称，自此后，人族终于有了长度、重量、价值的观念。
看到轩辕将国家治理的井井有条，缁衣氏心中异常满意，在一切走向正轨后，便告辞回火云宫静修去了。
缁衣氏走后，轩辕为了加强管理，再次在人族进行了改革，以八家为一井，三井为一邻，三邻为一朋，三朋为一里，五里为一邑，十邑为一都，十都为一师，十师为一州，将全国划分为九州；设官司职，置左右大监，监于万国，设三公、三少、四辅、四史、六相、九德共一百二十个官位管理国家。
而这一百二十个官员中，便出了一个功盖三皇的人物，在人族的发展史上写下了浓重的一笔。